| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 940,348 | T→C | 5.5% | R413R (CGT→CGC) | USA300HOU_0903 → | NhaC family sodium:proton (Na+:H+) antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 940,348 | 0 | T | C | 5.5% | 259.8 / 4.6 | 90 | R413R (CGT→CGC) | USA300HOU_0903 | NhaC family sodium:proton (Na+:H+) antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/41); new base C (3/2); total (47/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
CAATTGGACTAGATACAATGGCATTAATCGCATTGATTGGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATTGCTGCTATGGTACTATAAGCATAAAGAGGTGAAAATATGACTCATTTATTAGAGACATTTGAGATGTCAATAGATCAC > CP000730/940209‑940486 | cAATTGGACTAGATACAATGGCATTAATCGCATTGATTGGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTg < 1:469742/141‑1 (MQ=255) gACTAGATACAATGGCATTAATCGCATTGATTGGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACAt > 2:617237/1‑141 (MQ=255) aCTAGATACAATGGCATTAATCGCATTGATTGGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACAtg > 1:444752/1‑141 (MQ=255) cTAGATACAATGGCATTAATCGCATTGATTGGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACAtgt > 2:30268/1‑141 (MQ=255) tAGATACAATGGCATTAATCGCATTGATTGGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACAtgtg > 2:22649/1‑141 (MQ=255) aGATACAATGGCATTAATCGCATTGATTGGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATgtgt < 2:599951/141‑1 (MQ=255) gATACAATGGCATTAACCGTCCAGATGGGAACAGCGACTTCATTAGATTACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTa < 1:584961/141‑1 (MQ=255) tACAATGGCATTAATCGCATTGATTGGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTAcc > 1:588250/1‑141 (MQ=255) aatattgtaattaTCGCATTGATTGGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCa < 1:600126/129‑1 (MQ=255) cAATGGCATTAATCGCATTGATTGGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCaa > 1:831400/1‑141 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ttgGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTc > 1:353772/1‑141 (MQ=255) ggAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCt < 2:673378/141‑1 (MQ=255) ggAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCt > 1:385877/1‑141 (MQ=255) aCAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTa > 2:939699/1‑141 (MQ=255) aCAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTa > 2:3766/1‑141 (MQ=255) cAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTaa > 2:856761/1‑141 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1:182262/1‑141 (MQ=255) tGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACACTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTAt < 2:15421/141‑1 (MQ=255) cTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATtgc > 2:968749/1‑141 (MQ=255) cTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATtgc < 1:340429/141‑1 (MQ=255) tCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATtgct > 1:843579/1‑141 (MQ=255) tCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACGTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATtgct < 1:855154/141‑1 (MQ=255) tCAGGTTCGCCTGAATGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATtgct < 2:984453/141‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATTGCTGCTa > 2:931132/1‑141 (MQ=255) tCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATTGCTGCTATg < 2:160144/141‑1 (MQ=255) gCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATTGCTGCTATGGt < 2:230929/141‑1 (MQ=255) gCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATTGCTGCTATGGt < 2:339804/141‑1 (MQ=255) cTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATTGCTGCTATGGTAc > 2:808157/1‑141 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cGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATTGCTGCTATGGTACTATAAGCATAAAGAGGTGAAAATATGACTCATTTATTAGAGACATTTGAGATGTCAATAGATCAc > 2:255556/1‑141 (MQ=255) | CAATTGGACTAGATACAATGGCATTAATCGCATTGATTGGAACAGCGAGTGCATTAGGTGACTCAGGTTCGCCTGCAAGTGATTCAACATTAGGACCAACTGCGGGATTAAATGTTGATGGCCAACATGATCATATACGTGATACATGTGTACCAAACTTCTTGTTTTATAATATTCCTTTAATGATTTTCGGTACTATTGCTGCTATGGTACTATAAGCATAAAGAGGTGAAAATATGACTCATTTATTAGAGACATTTGAGATGTCAATAGATCAC > CP000730/940209‑940486 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |