| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 950,088 | T→A | 6.7% | intergenic (+875/‑280) | prsA1 → / → yqiG | peptidylprolyl isomerase/flavin reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 950,088 | 0 | T | A | 6.7% | 325.9 / 11.1 | 104 | intergenic (+875/‑280) | prsA1/yqiG | peptidylprolyl isomerase/flavin reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (52/45); new base A (3/4); total (55/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AAAGAACGCTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTT‑T‑GTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTATGTGGA > CP000730/949950‑950228 | aaaGAACGCTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAATGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTa < 1:745329/141‑1 (MQ=255) aaGAACGCTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTaa > 2:133633/1‑141 (MQ=255) aaGAACGCTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTaa > 2:477280/1‑141 (MQ=255) aGAACGCTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTaaa > 1:942689/1‑141 (MQ=255) 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2:490241/1‑141 (MQ=255) tAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTT‑T‑GTTTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAATGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGTTAGAATCGTTGAGTTGCAATAtt > 2:158456/1‑141 (MQ=255) aGTATCTAATAAAATTTAATAGATACTAATCTCTTTT‑T‑GTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTg > 1:289595/1‑141 (MQ=255) gTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTT‑T‑GTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGt > 1:192089/1‑141 (MQ=255) cTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTT‑T‑GTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTAtgt < 2:598500/141‑1 (MQ=255) aTTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTT‑T‑GTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTATGTgg < 1:33427/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |