| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 950,093 | T→A | 6.8% | intergenic (+880/‑275) | prsA1 → / → yqiG | peptidylprolyl isomerase/flavin reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 950,093 | 0 | T | A | 6.8% | 309.5 / 9.1 | 99 | intergenic (+880/‑275) | prsA1/yqiG | peptidylprolyl isomerase/flavin reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/43); new base A (3/4); total (52/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GAACGCTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTT‑T‑GTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTATGTGGATTTGT > CP000730/949953‑950233 | gAACGCTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAAt < 2:770514/141‑1 (MQ=255) ccGCTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAAttt > 2:520309/2‑141 (MQ=255) aCGCTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAGACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAAttt < 2:745321/141‑1 (MQ=255) gCTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTtta > 1:143668/1‑141 (MQ=255) 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2:189212/1‑141 (MQ=255) ttttATTAGATACTAATCTCTTTT‑T‑GTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTATGTGGATTTGt > 1:661310/1‑141 (MQ=255) | GAACGCTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTT‑T‑GTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTATGTGGATTTGT > CP000730/949953‑950233 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |