| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,039,417 | T→G | 5.9% | intergenic (‑5834/‑1872) | USA300HOU_0983 ← / → USA300HOU_0984 | competence protein/glycosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,039,417 | 0 | T | G | 5.9% | 264.7 / 8.7 | 85 | intergenic (‑5834/‑1872) | USA300HOU_0983/USA300HOU_0984 | competence protein/glycosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/46); new base G (3/2); total (37/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
ATGATGTTATTTGCAACGATTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGTATAGTTATGCCAAAGTGCCAAAAGGTACGCAACAATATGTTAATATTACGGCTTATAGTGAAAG > CP000730/1039277‑1039556 | atgatgTTATTTGCAACGATTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAatat < 1:612692/141‑1 (MQ=255)atgatgTTATTTGCAACGATTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAatat < 1:773658/141‑1 (MQ=255) tgatgTTATTTGCAACGATTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGCTTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGCTTTAACTATGAGATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAAtatt > 1:584285/1‑141 (MQ=255) gatgTTATTTGCAACGATTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATGTGCAGCCTTTACTATCATGGCAGACG‑TTTAATTAAGTTATCATGCAGTGTTGACTAGGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAAtattat < 2:1084355/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCtt < 1:639685/141‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGCTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCttt < 1:103628/141‑1 (MQ=255) tCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCtttt < 2:590551/141‑1 (MQ=255) gTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCa > 1:400903/1‑123 (MQ=255) gTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCa < 2:400903/123‑1 (MQ=255) gTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACaa < 2:488342/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTCTACtt > 2:420101/1‑141 (MQ=255) aTTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTg < 1:595067/141‑1 (MQ=255) tttGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGa < 2:198638/141‑1 (MQ=255) tGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACCATCATACATCATCCTATACTTGATc < 2:565167/141‑1 (MQ=255) tGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATc < 2:91428/141‑1 (MQ=255) tGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATc < 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taCTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATc < 1:863350/141‑1 (MQ=255) aCTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATcc < 2:202306/141‑1 (MQ=255) aTCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCttt > 1:79394/1‑141 (MQ=255) tCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTc > 1:202464/1‑141 (MQ=255) tCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTc > 1:271725/1‑141 (MQ=255) aTGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCtt < 1:502845/141‑1 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tAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGtat > 2:147628/1‑141 (MQ=255) aaggAAGTTATCAGTAATTTTAAACTATTAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACAGCTTCCTATGCTTGAGCGTTTTAAACCTTTCTAAAAAACGGAGtata < 2:52248/138‑1 (MQ=255) aaTGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGtata > 2:997527/1‑141 (MQ=255) aaTGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGtata > 1:351098/1‑141 (MQ=255) aaTGAAGTTATCAAGGAGTTTTAAATATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATAAATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGtata < 2:130734/141‑1 (MQ=255) aTGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGTATAg > 1:75232/1‑141 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2:265847/1‑141 (MQ=255) tattatTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGTATAGTTATGCCGAAGTGCCAAAAGGTACGCAACAATATGTTAATATTa < 1:997527/141‑1 (MQ=255) tattatTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGTATAGTTATGCCAAAGTGCCAAAAGGTACGCAACAATATGTTAATATTa < 2:452618/141‑1 (MQ=255) tattatTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGTATAGTTATGCCAAAGTGCCAAAAGGTACGCAACAATATGTTAATATTa > 2:687107/1‑141 (MQ=255) tattatTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGTATAGTTATGCCAAAGTGCCAAAAGGTACGCAACAATATGTTAATATTa < 2:85226/141‑1 (MQ=255) tattaGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGTATAGTTATGCCAAAGTGCCAAAAGGTACGCAACAATATGTTAATATTACgg > 2:726165/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) | ATGATGTTATTTGCAACGATTCTTGTCGTTCAAATATTATTGCAGATTTGCAGCCTATACTATCATGGCCGACGTTTTAATGAAGTTATCAAGGAGTTTTAACTATGAAATTTATCATTGCAATATTATTAGGATTAATATTATCCATTACTATTGCTTTTACAATCATACATCATCCTATACTTGATCGTTTTAATCCTTTCTTAAAAACGGAGTATAGTTATGCCAAAGTGCCAAAAGGTACGCAACAATATGTTAATATTACGGCTTATAGTGAAAG > CP000730/1039277‑1039556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |