| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,043,713 | C→T | 6.3% | L8L (CTA→TTA) | USA300HOU_0985 → | possible iron (Fe3+) ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,043,713 | 0 | C | T | 6.3% | 285.4 / 5.4 | 96 | L8L (CTA→TTA) | USA300HOU_0985 | possible iron (Fe3+) ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/42); new base T (2/4); total (49/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
AGAAGATTTGATAATTAACTATGATAAGAAAAAATAATA‑‑ATCCCCTAAATACATTATAAACAAATTAAATGATAAAATAATAATATATATTTCTACTAAAGTTGTTTGGAGGTAAATGTGTGAATAGGAATATCGTTAAACTAGTTGTGTTCATGCTAATTTTAGTTGTAGCAGTAGCGGGTTGTGGTCAAAAAGATACTGAAGAGAAAACTGAAATGACGACAATAAAAGATGAATTAGGAACTGAAAAAATTAAGAAAAATCCTAAACGTGTTGTTG > CP000730/1043573‑1043851 | agaagaTTTGATAATTAACTATGATAAGAAAAAATAATA‑‑ATCCCCTAAATACATTATAAACAAATTAAATGATAAAATAATAATATATATTTCTACTAAAGTTGTTTGGAGGTAAATGTGTGAATAGGAATATCGTTAAAc > 2:299587/1‑141 (MQ=255) aagaTTTGATAATTAACTATGATAAGAAAAAATAATA‑‑ATCCCCTAAATACATTATAAACAAATTAAATGATAAAATAATAATATATATTTCTACTAAAGTTGTTTGGAGGTAAATGTGTGAATAGGAATATCGTTAAACTa > 1:877359/1‑141 (MQ=255) aagaTTTGATAATTAACTATGATAAGAAAAAATAATA‑‑ATCCCCTAAATACATTATAAACAAATTAAATGATAAAATAATAATATATATTTCTACTAAAGTTGTTTGGAGGTAAATGTGTGAATAGGAATATCGTTAAACTa > 1:725059/1‑141 (MQ=255) gaTTTGATAATTAACTATGATAAGAAAAAATAATA‑‑ATCCCCTAAATACATTATAAACAAATTAAATGATAAAATAATAATATATATTTCTACTAAAGTTGTTTGGAGGTAAATGTGTGAATAGGAATATCGTTAAACTAGt < 1:382242/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tAAACTAGTTGTGTTCATGCTAATTTTAGTTGTAGCAGTAGCGGGTTGTGGTCAAAAAGATACTGAAGAGAAAACTGAAATGACGACAATAAAAGATGCATTAGGAACTGAAAAAATTAAGAAAAATCCTAAACGtgttgt > 2:1038032/1‑141 (MQ=255) tAAACTAGTTGTGTTCATGCTAATTTTAGTTGTAGCAGTAGCGGGTTGTGGTCAAAAAGATACTGAAGAGAAAACTGAAATGACGACAATAAAAGATGAATTAGGAACTGAAAAAATTAAGAAAAATCCTAAACGtgttgt > 2:350769/1‑141 (MQ=255) aaCTAGTTGTGTTCATGCTAATTTTAGTTGTAGCAGTAGCGGGTTGTGGTCAAAAAGATACTGAAGAGAAAACTGAAATGACGACAATAAAAGATGAATTAGGAACTGAAAAAATTAAGAAAAATCCTAAACGtgttgttg < 1:597180/141‑1 (MQ=255) | AGAAGATTTGATAATTAACTATGATAAGAAAAAATAATA‑‑ATCCCCTAAATACATTATAAACAAATTAAATGATAAAATAATAATATATATTTCTACTAAAGTTGTTTGGAGGTAAATGTGTGAATAGGAATATCGTTAAACTAGTTGTGTTCATGCTAATTTTAGTTGTAGCAGTAGCGGGTTGTGGTCAAAAAGATACTGAAGAGAAAACTGAAATGACGACAATAAAAGATGAATTAGGAACTGAAAAAATTAAGAAAAATCCTAAACGTGTTGTTG > CP000730/1043573‑1043851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |