| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 1,049,317 | G→A | 5.9% | A325A (GCG→GCA) | menD → | 2‑oxoglutarate decarboxylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,049,317 | 0 | G | A | 5.9% | 260.0 / 4.3 | 84 | A325A (GCG→GCA) | menD | 2‑oxoglutarate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/40); new base A (3/2); total (42/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.14e-01 | |||||||||||
ATTCGTGTTGGGAAACCAGTGATTTCTAAAAAGTTAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAATCGCGTAAGTTGGTTAGAAAAATGGCAATGCTTAGAGAAAAAAGGGCGTAAAGAAATTAAATGTTATTTGGAACAAGCTACAGATGAGAGTGCATTCGT > CP000730/1049177‑1049457 | aTTCGTGTTGGGAAACCAGTGATTTCTAAAAAGTTAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCg > 2:886185/1‑141 (MQ=255) gtgtTGGGAAACCAGTGATTTCTAAATAGTTAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGTTGCATATCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATg < 2:862376/141‑1 (MQ=255) tgtTGGGAAACCAGTGATTTCTAAAAAGTTAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGa < 2:730098/141‑1 (MQ=255) tgtTGGGAAACCAGTGATTTCTAAAAAGTTAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGa < 2:730151/141‑1 (MQ=255) ttGGGAACCCAGTGATTTCTAAAAAGTTAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGAtt > 1:858768/1‑141 (MQ=255) tGGGAAACCAGTGATTTCTAAAAAGTTAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGAttt < 1:626194/141‑1 (MQ=255) aCCAGTGATTTCTAAAAAGTTAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAg > 1:143048/1‑141 (MQ=255) aCCAGTGATTTCTAAAAAGTTAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAg < 1:491537/141‑1 (MQ=255) cAGTGATTTCTAAAAAGTTAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGt > 1:577566/1‑141 (MQ=255) gTGATTTCTAAAAAGTTAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCa < 1:454298/141‑1 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tAAATCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGa < 2:44635/141‑1 (MQ=255) aaTCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTATAGGTCATTAATGGAAGACACGACa > 1:622617/1‑141 (MQ=255) tCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGt > 2:142504/1‑141 (MQ=255) tCAATGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGt > 2:622624/1‑141 (MQ=255) tGGTTAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAAt > 2:631663/1‑141 (MQ=255) tAAAGAAAACTGATGCATTTCAAATATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCTATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCAAATGATTTCTTTAGATCATTAATGGAAGACACGAccatcaatcgcg < 1:107686/141‑12 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aaTATTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAATCGCGTAAGTTGGTTAGAAAAATGGCa < 2:430973/141‑1 (MQ=255) atatTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAATCGCGTAAGTTGGTTAGAAAAATGGCaa < 1:332166/141‑1 (MQ=255) atatTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAATCGCGTAAGTTGGTTAGAAAAATGGCaa < 1:180295/141‑1 (MQ=255) atTAGTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAATCGCGTAAGTTGGTTAGAAAAATGGCAATg > 1:1066993/1‑141 (MQ=255) tAGTGAAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATTGAAGACACGACAGTTAATCGCGTAAGTTGGTTAGAAAAATGGCAATGCt < 1:705479/141‑1 (MQ=255) gTGCAAAACAATGATAAGATTGATGTCTTTCCGATAGCGCCAGATATTTCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAATCGCGTAAGTTGGTTAGAAAAATGGCAATGCTTa > 2:250684/1‑141 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tCATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAATCGCGTAAGGTGGTTAGAAAAATGGCAATGCTTAGAGAAAAAAGGGCGTAAAGAAATTAAATGTTATTTGGAACAAGCTACa > 1:70226/1‑141 (MQ=255) cATATGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAATCGCGTAAGTTGGTTAGAAAAATGGCAATGCTTAGAGAAAAAAGGGCGTAAAGAAATTAAATGTTATTTGGAACAAGCTACAg > 1:165371/1‑141 (MQ=255) atatGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAATCGCGTCAGTTGGTTAGAAAAATGGCAATGCTTAGAGAAAAAAGGGCGTAAAGAAATTAAATGTTATTTGGAACAAGCTACAGa > 1:739859/1‑141 (MQ=255) tGAGATTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAATCGCGTAAGTTGGTTAGAAAAATGGCAATGCTTAGAGAAAAAAGGGCGTAAAGAAATTAAATGTTATTTGGAACAAGCTACAGATga > 2:72817/1‑141 (MQ=255) gaTTTCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTTAATCGCGTAAGTTGGTTAGAAAAATGGCAATGCTTAGAGAAAAAAGGGCGTAAAGAAATTAAATGTTATTTGGAACAAGCTACAGATGagag > 2:870859/1‑141 (MQ=255) tttCTGCGAATGATTTCTTTAGGTCATTAATGGAAGACACGACAGTGAATCGCGTAAGTTGGTTAGAAAAATGGCAATGCTTAGAGAAAAAAGGGCGTAAAGAAATTAAATGTTATTTGGAACAAGCTACAGATGAGAGTg < 2:548554/141‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |