| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,346,067 | T→C | 6.6% | intergenic (‑211/+259) | USA300HOU_1259 ← / ← ltaE | hypothetical protein/threonine aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,346,067 | 0 | T | C | 6.6% | 218.4 / 5.1 | 76 | intergenic (‑211/+259) | USA300HOU_1259/ltaE | hypothetical protein/threonine aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/46); new base C (2/3); total (27/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
GATGCACACCTATAAAAATCTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAAT > CP000730/1345930‑1346205 | gatgCACACCTATAAAAATCTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACt > 2:706152/1‑141 (MQ=255) cacaCCTATAAAAATCTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCa > 1:991958/1‑141 (MQ=255) cTATAAAAATCTTAAACATAGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATaaaa < 2:376679/141‑1 (MQ=255) tataAAAATCTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAAt < 2:880084/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACaa < 1:604415/141‑1 (MQ=255) ccatattcatcGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACaa < 1:817421/135‑1 (MQ=255) cTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAAc > 2:433767/1‑141 (MQ=255) cTTAATCATCGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAAc > 2:402476/1‑141 (MQ=255) tcatcGAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACcatca < 1:55831/141‑1 (MQ=255) gAAAAGTCACAAACATCTCCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCataata > 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(MQ=255) gctcCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATGTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATgtcgt < 2:894006/140‑1 (MQ=255) tcCATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTTCATTTAAACTAAACATAGATATTCTTACAAATATATACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATCACTTTCATAAAATAACTATAACCATCATAATACTTCTCAAATCTCGTCa < 1:98612/141‑1 (MQ=255) cATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCaaa > 1:321391/1‑141 (MQ=255) cATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCaaa < 2:138366/141‑1 (MQ=255) cATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCaaa > 1:618811/1‑141 (MQ=255) cATATTAAAAACTTAAATAGTGCATTCCATTTAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCaaa > 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(MQ=255) tttAAACTAAACATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCGCAAATGTCTTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACAtt < 1:414640/141‑1 (MQ=255) taaactaaacATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACAtttt > 2:639927/1‑141 (MQ=255) taaactaaacATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACAtttt > 1:927043/1‑141 (MQ=255) actaaacATCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTaa > 1:265815/1‑141 (MQ=255) aTCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAAtatata > 2:320232/1‑141 (MQ=255) tCGATATTCCTACCAATATAGACTTAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATataa < 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2:671660/1‑141 (MQ=255) tAGTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAGAATAGCTACGACCATCATAATAGTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATc < 1:644260/141‑1 (MQ=255) gTAATTCGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTg > 1:458594/1‑141 (MQ=255) cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 1:371647/141‑1 (MQ=255) cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 2:438336/141‑1 (MQ=255) cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTCCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 1:695818/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |