| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,346,192 | C→T | 6.5% | intergenic (‑336/+134) | USA300HOU_1259 ← / ← ltaE | hypothetical protein/threonine aldolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,346,192 | 0 | C | T | 6.5% | 247.4 / 2.8 | 80 | intergenic (‑336/+134) | USA300HOU_1259/ltaE | hypothetical protein/threonine aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/46); new base T (2/4); total (30/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCATTATTAGATT > CP000730/1346052‑1346332 | cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 1:371647/141‑1 (MQ=255)cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 2:438336/141‑1 (MQ=255)cGATTGTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTCCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTAc < 1:695818/141‑1 (MQ=255) gTTAATACATTACTTTCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGt < 2:1042032/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAAGACGGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTaa < 1:373613/141‑1 (MQ=255) cATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTATCAGTTTTTGGAATAATGTAAt > 1:826313/1‑141 (MQ=255) cATAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAAt < 2:720922/141‑1 (MQ=255) aTAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAAtt > 1:395875/1‑141 (MQ=255) aTAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAAtt > 1:29468/1‑141 (MQ=255) tAAAATAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAAttt < 2:941331/141‑1 (MQ=255) aaaTAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTta < 1:330212/141‑1 (MQ=255) aTAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTtata > 1:731298/1‑141 (MQ=255) tAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTatat < 1:547845/141‑1 (MQ=255) tAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTatat < 1:1006269/141‑1 (MQ=255) tAACTACAACCATCATAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTatat < 1:665753/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) catAATACTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTAc < 2:552808/141‑1 (MQ=255) ataataCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACa < 1:735921/141‑1 (MQ=255) taataCTTCTCAAATCTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTATCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTTCaa < 1:224328/141‑1 (MQ=255) aataCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACaaa > 1:648525/1‑141 (MQ=255) taCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATg < 2:189177/141‑1 (MQ=255) aCTTCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGa < 1:508426/141‑1 (MQ=255) ttCTCAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGc < 2:860160/141‑1 (MQ=255) tactcAAATGTCGTGAAATTAGAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCTATAATCTGTAGTACCGTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGc < 2:781022/139‑1 (MQ=255) cAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGtt < 2:618470/141‑1 (MQ=255) cAAATGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGtt < 2:618811/141‑1 (MQ=255) aaTGTCGTCAAATTAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTc > 1:368454/1‑141 (MQ=255) 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1:339678/141‑7 (MQ=255) ttAAAGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTATCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTTCAAATGAGTAGTTTCatat‑‑aaatcaat < 2:1043040/141‑8 (MQ=255) aGTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAacac > 2:141312/1‑141 (MQ=255) gTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAAcaca < 2:47531/141‑1 (MQ=255) gTAAATACAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTCTCATAT‑‑ATAAATAAAcaca < 1:924454/141‑1 (MQ=255) cAGCACAAATTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTc > 2:740430/1‑141 (MQ=255) 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1:671660/141‑1 (MQ=255) aTTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATc > 2:50223/1‑141 (MQ=255) aTTAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATc > 2:366573/1‑141 (MQ=255) ttAACATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCt < 2:297008/141‑1 (MQ=255) atAACATTTTTAAATATATATAATAAAACAAGTTTCTCATTAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATTTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGATCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTTCTCAACTGATCt < 2:644949/140‑1 (MQ=255) aCATTTTTAAATATATAAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCttaa < 1:402476/141‑1 (MQ=255) 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2:1017898/141‑1 (MQ=255) tatataAAATAAAACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATtaataa > 1:911700/1‑141 (MQ=255) ataaaataaaACAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCCTAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATg > 1:1084600/1‑141 (MQ=255) taaaataaaaCAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGa > 1:1002384/1‑141 (MQ=255) aaaataaaaCAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGAt < 1:94982/141‑1 (MQ=255) aaataaaaCAAGATACTCAATAATCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGAtt < 1:273656/141‑1 (MQ=255) 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2:265815/141‑1 (MQ=255) aatCTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACTAGATGACATATAACAGc > 2:545458/1‑141 (MQ=255) cTGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCatt > 2:717480/1‑141 (MQ=255) tGTAGTACCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCatta > 2:971638/1‑141 (MQ=255) gtagtaCCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCattat > 1:277445/1‑141 (MQ=255) taCCTTGTTTTGGAATAATGTAATTTTATATCATCAACGGCTACAAATGAGCAGTTTCATAT‑‑ATAAATAAACACATCTACTCAACTGATCTTAATTAATTAATAAATGATTTACCAGATGACATATAACAGCATTATTAGa < 1:419995/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |