| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,481,750 | C→T | 5.2% | A6758A (GCG→GCA) | ebh ← | extracellular matrix binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,481,750 | 0 | C | T | 5.2% | 368.6 / 5.9 | 114 | A6758A (GCG→GCA) | ebh | extracellular matrix binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/52); new base T (2/4); total (58/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTGTAACTGCTGTATTGTATG > CP000730/1481610‑1481889 | aaTTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTc > 1:352444/1‑141 (MQ=255) aTTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCg < 1:167042/141‑1 (MQ=255) ttCATCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTaa < 2:831697/141‑1 (MQ=255) tCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAg > 2:127160/1‑141 (MQ=255) tCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAg > 2:127170/1‑141 (MQ=255) cAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGt < 2:485598/141‑1 (MQ=255) cAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGt < 1:231039/141‑1 (MQ=255) aGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGTGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTGTTTAAATGACTTAATCGGTTGATGTTAGCAGTTGTTTCTTGC‑TTTTTATTTGCTAAGtt > 2:625324/1‑141 (MQ=255) aGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGtt > 2:1003816/1‑141 (MQ=255) gCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGttt > 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tCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCAt > 1:52625/1‑141 (MQ=255) cACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCAtt > 2:34591/1‑141 (MQ=255) tttACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCa > 1:593936/1‑141 (MQ=255) aCTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGtt > 2:334544/1‑141 (MQ=255) aCTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGtt < 2:416045/141‑1 (MQ=255) cTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGttt > 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atctttGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTACATGACTTAGTTGCTTGATGTTCGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTg < 1:269796/138‑1 (MQ=255) atatTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTg < 2:924208/141‑1 (MQ=255) tatTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGc < 2:870615/141‑1 (MQ=255) ggTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACt < 1:160361/141‑1 (MQ=255) gTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACtt > 1:295111/1‑141 (MQ=255) cATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGAt < 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tttGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTa > 2:635345/1‑141 (MQ=255) gTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAgct < 2:72329/141‑1 (MQ=255) tCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAgctg > 1:169109/1‑141 (MQ=255) cTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCtt > 1:157359/1‑141 (MQ=255) cTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCtt < 2:1082817/141‑1 (MQ=255) ttGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTtg < 2:357499/141‑1 (MQ=255) ttGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTtg < 1:477868/141‑1 (MQ=255) gCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTtgtg > 1:353080/1‑141 (MQ=255) gTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGtt > 2:429962/1‑141 (MQ=255) gTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGtt > 2:160576/1‑141 (MQ=255) gTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGtt < 1:1017985/141‑1 (MQ=255) 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aTTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTaa < 1:649528/141‑1 (MQ=255) aTTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTaa < 1:831616/141‑1 (MQ=255) aTTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTaa < 1:649525/141‑1 (MQ=255) ggTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGa > 2:802725/1‑141 (MQ=255) gTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGat < 2:612091/141‑1 (MQ=255) tGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGatat > 2:465260/1‑141 (MQ=255) tGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGatat > 1:976448/1‑141 (MQ=255) aGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGCTTAGCTGCTTGTGTTAATGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGCCTCGTTGCATTAATGATCTTTTCAGc > 2:593388/1‑141 (MQ=255) gCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCa > 2:162891/1‑141 (MQ=255) cAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCAt > 1:861574/1‑141 (MQ=255) cTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTGTAActg > 2:554670/1‑141 (MQ=255) ttGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTGTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTAACTGGACTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGTATCAAGTGTCGGCAGACTCGTTGCATCAATGATATTTTCAGCATTTGTAActgc < 2:621366/141‑1 (MQ=255) tcttCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTGTAACTGCtgtattgt < 2:1051564/139‑1 (MQ=255) tATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTGTAACTGCtgtattgt < 2:1006311/141‑1 (MQ=255) aTTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTGTAACTGCtgtattgta > 1:604519/1‑141 (MQ=255) aTTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTGTAACTGCtgtattgta > 1:135228/1‑141 (MQ=255) tCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGatat < 1:797561/111‑1 (MQ=255) tCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGatat > 2:797561/1‑111 (MQ=255) tCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTGTAACTGCTGTATTGTATg < 2:285146/141‑1 (MQ=255) | AATTGTTCAGCTTTAGTTTTCACTTGATTTACTGTGCTAATATTTGGTGCATTTGTCACTTGCGTATTTAAATCTTGCTTTTGAGCATTATTTAAATGACTTAATTGGTTGATGTTAGCAGTCGTTTCTTGC‑TTTTTATTCGCTAAGTTTTGTGCACCATTAAGCGCAGTTTTGTTAGTGCTCACTTGATTAGCTGCTTGTGTTACTGCAGATGGATCAAGTGTCGGCTGACTCGTTGCATTAATGATATTTTCAGCATTTGTAACTGCTGTATTGTATG > CP000730/1481610‑1481889 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |