| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 1,789,169 | A→T | 5.6% | V117V (GTT→GTA) | gapB ← | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase (phosphorylating) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,789,169 | 0 | A | T | 5.6% | 271.8 / 5.9 | 90 | V117V (GTT→GTA) | gapB | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase (phosphorylating) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/37); new base T (2/3); total (49/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
ACTTTTGCAACTGGACCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTGCTTTAATATGTGCGATGGCTTTATCACCATGATTAAATTTACCAGTTGCATCTATAGCAATATCGATATCTAATTCTTTCCATGGCAAGTTTTCAGGATTGCGATCAGCAACCAATTTAATTTT > CP000730/1789029‑1789309 | aCTTTTGCAACTGGACCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGAATAAAAAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTACACCTTTTGAAGGACCAGTTAACaaa < 2:596306/141‑1 (MQ=255) ttttGCAACTGGACCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAAc < 2:1031766/141‑1 (MQ=255) tttGCAGCTGGACCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACt < 2:755775/141‑1 (MQ=255) tttGCAACTGGACCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACt > 2:1015770/1‑141 (MQ=255) ttGCAACTGGACCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAACTGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAATACtt < 2:863191/141‑1 (MQ=255) ttGCAACTGGACCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACtt > 2:335526/1‑141 (MQ=255) ttGCAACTGGACCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACtt < 2:300719/141‑1 (MQ=255) aCTGGACCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTg < 2:239630/141‑1 (MQ=255) tGGACCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGc > 2:184337/1‑141 (MQ=255) aCCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTTCGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCAcc < 1:1056378/141‑1 (MQ=255) aCCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCAcc < 2:111262/141‑1 (MQ=255) aCCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCAcc < 1:614998/141‑1 (MQ=255) aCCAATGCAAATAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTGTTTGGCAcc < 1:956176/141‑1 (MQ=255) ctcaagacgatataagtaCATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGGCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCt < 2:277410/127‑1 (MQ=255) ccAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAATACTTTTTTGGCACCt > 2:511455/1‑141 (MQ=255) cAATGCAATTAGTAGTACCAATAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTg < 1:283778/141‑1 (MQ=255) gCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTGCttt < 1:530110/141‑1 (MQ=255) ttAGTAGTACATTAAGCATTACTAAAAATGTCATATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTAACATTTTAACATGTCCACCTTTTTAAGGACCAGTTAACAATACTTTTTTGGCACCTGCTTTAata < 2:157776/141‑1 (MQ=255) ttAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTGCTTTAata < 1:474441/141‑1 (MQ=255) gtagtaCATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTGCTTTAATAtgt > 1:478763/1‑141 (MQ=255) gtaCATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTGCTTTAANATGTGCg > 2:811908/1‑141 (MQ=255) taCATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATGATTTACGCCTTTAGCGACCATCTGAACATGTCCACCTTTGGAAGGACCAGTTAACGGGTCTTTTTTGGCTTCTGCTTTTATATGTGCGa < 2:117273/141‑1 (MQ=255) taCATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTGCTTTAATATGTGCGa < 1:361533/141‑1 (MQ=255) gAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTGCTTTAATATGTGCGATGGCt > 1:465197/1‑141 (MQ=255) gAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTGCTTTAATATGTGCGATGGCt > 2:355009/1‑141 (MQ=255) aaGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTGCTTTAATATGTGCGATGGCtt < 2:161512/141‑1 (MQ=255) aaGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTGCTTTAATATGTGCGATGGCtt > 1:219531/1‑141 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1:556130/141‑1 (MQ=255) aaCTTTTTTGGCACCTGCTTTAATATGTGCGATGGCTTTATCACCATGATTAAATTTACCAGTTGCATCTATAGCAATATCGATATCTAATTCTTTCCATGGCAAGTTTTCAGGATTGCGATCAGCAACCAATTTAAtttt < 2:751550/141‑1 (MQ=255) | ACTTTTGCAACTGGACCAATGCAATTAGTAGTACATGAAGCATTACTAAAAATGTCAAATGCTTCTATATCTAATTGGTTATCATTTACGCCTTTAACTACCATTTGAACATGTCCACCTTTTGAAGGACCAGTTAACAAAACTTTTTTGGCACCTGCTTTAATATGTGCGATGGCTTTATCACCATGATTAAATTTACCAGTTGCATCTATAGCAATATCGATATCTAATTCTTTCCATGGCAAGTTTTCAGGATTGCGATCAGCAACCAATTTAATTTT > CP000730/1789029‑1789309 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |