| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,086,487 | A→C | 7.3% | intergenic (‑377/+12) | USA300HOU_1945 ← / ← USA300HOU_1946 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,086,487 | 0 | A | C | 7.3% | 225.6 / 12.1 | 84 | intergenic (‑377/+12) | USA300HOU_1945/USA300HOU_1946 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/44); new base C (3/3); total (37/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
GATATTTATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGAAATTTTTAT > CP000730/2086347‑2086627 | gATATTTATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTaaaa < 1:225824/141‑1 (MQ=255) tttATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATTCTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAgtgt > 2:227745/1‑141 (MQ=255) aaaaaCAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTTCTTTTTTAAATAAATTAATGTTTGATAATACTCTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCTTTTACGGGTGGttt < 1:647831/141‑1 (MQ=255) aaaCAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTTAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGttttt > 2:123485/1‑141 (MQ=255) aaCAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAATCTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGtttttt < 2:127007/141‑1 (MQ=255) aaCAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGtttttt > 2:884554/1‑141 (MQ=255) aCAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCTTTTACGGGTGGttttaat < 2:81171/141‑4 (MQ=255) cAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTa > 1:718755/1‑141 (MQ=255) aaGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAata > 2:684581/1‑141 (MQ=255) aGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCTTTTACGGGTGGttttacatatct > 2:807995/1‑133 (MQ=255) aGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAatat > 1:427099/1‑141 (MQ=255) gATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTTATTTCTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATAtt > 2:73857/1‑141 (MQ=255) gATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATAtt < 2:836588/141‑1 (MQ=255) tGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTa > 1:1005927/1‑141 (MQ=255) gTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACttt > 1:796739/1‑141 (MQ=255) ttAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTg > 1:364898/1‑141 (MQ=255) aaCAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCt < 1:350916/141‑1 (MQ=255) aCAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATTTTATCTAGAAAATTAATACCACCCGTACTTGGGTGGTTTTTTTAATTTTTACTTTTTTGTGttt > 2:758465/1‑141 (MQ=255) aCAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCtt > 1:400649/1‑141 (MQ=255) aaTTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCg < 1:672105/141‑1 (MQ=255) ttCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCaa < 1:1043182/141‑1 (MQ=255) ttCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTACAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCaa < 1:381814/141‑1 (MQ=255) tatTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTc < 1:368472/141‑1 (MQ=255) aaCTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTATAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTtat < 2:525217/141‑1 (MQ=255) aaCTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCT‑GAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTtata < 2:414937/141‑1 (MQ=255) tacttTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAAt < 1:809707/141‑1 (MQ=255) tttttCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCttt < 1:309008/141‑1 (MQ=255) ttttttatatTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGTTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCtttt > 2:922848/7‑141 (MQ=255) ttCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTATATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGa < 2:231630/141‑1 (MQ=255) aaTACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGt < 2:448127/141‑1 (MQ=255) aTACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGtt < 1:528274/141‑1 (MQ=255) tACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATAtt < 1:546642/95‑1 (MQ=255) tACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATAtt > 2:546642/1‑95 (MQ=255) tACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTg < 1:631977/141‑1 (MQ=255) tACTTTATTGTTTACCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCTTTTACGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCATTATAAATCTTTTGAAGTTg > 2:1022747/1‑141 (MQ=255) tttATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGata > 1:512609/1‑141 (MQ=255) ttATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGatat < 1:220405/141‑1 (MQ=255) ttATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGatat < 2:255325/141‑1 (MQ=255) ttATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGatat < 1:454018/141‑1 (MQ=255) tATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATAtt < 1:128919/141‑1 (MQ=255) tATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATAtt < 2:456423/141‑1 (MQ=255) aTTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATAttt < 1:478318/141‑1 (MQ=255) aTTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATAttt < 1:478907/141‑1 (MQ=255) ttGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGt < 2:716920/106‑1 (MQ=255) ttGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGt > 1:716920/1‑106 (MQ=255) ttGCCTATACTGTTTTATTTAAGAACACTTTTATCTTATCTAGAACATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAACGTCGTTTTACTTCTTTTGATGATGATATTTTGCtt > 2:184535/1‑141 (MQ=255) tGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTc > 1:747487/1‑141 (MQ=255) gCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCt < 1:769900/141‑1 (MQ=255) gCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCt < 2:284703/141‑1 (MQ=255) gCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCt < 2:526113/141‑1 (MQ=255) cTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGa > 1:768064/1‑141 (MQ=255) cTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGa > 2:782060/1‑141 (MQ=255) ctaCTGTTTTATTTATGAACACTTTGATATTATCTAGAAAAGTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACa < 1:585285/140‑1 (MQ=255) taCTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACAt < 2:151042/141‑1 (MQ=255) taCTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACAt < 1:123485/141‑1 (MQ=255) ttttttATTTATTAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAGAACCACTCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACAtttt < 2:1063983/139‑1 (MQ=255) gTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTATTATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTc > 2:1022292/1‑141 (MQ=255) ttttATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCt < 1:165220/141‑1 (MQ=255) tttatttaTGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCtt > 2:1076385/1‑141 (MQ=255) atttatGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCTTTTACGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCATTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTaaa < 1:1022747/141‑1 (MQ=255) atttatGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTaaa < 1:1050866/141‑1 (MQ=255) tttatGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAg < 1:813640/141‑1 (MQ=255) tatGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTc < 1:492863/141‑1 (MQ=255) tGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCTTTTACGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCATTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCtt > 1:506989/1‑141 (MQ=255) cacTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGa > 1:824067/1‑141 (MQ=255) acTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGAc < 1:338999/141‑1 (MQ=255) ttttATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACtt < 1:46744/141‑1 (MQ=255) tataTTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAag > 2:497672/1‑141 (MQ=255) atCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTTGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATa < 2:975120/141‑1 (MQ=255) atCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATa < 1:10700/141‑1 (MQ=255) tCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATAc < 2:743009/141‑1 (MQ=255) tCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATAc > 2:40636/1‑141 (MQ=255) aaTTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCtt > 1:652531/1‑141 (MQ=255) aaTTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTATAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCtt > 1:762844/1‑141 (MQ=255) aTTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCttt > 1:363796/1‑141 (MQ=255) aTTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTGTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCttt > 2:864521/1‑141 (MQ=255) aaaaCCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTg > 1:420575/1‑141 (MQ=255) aaaCCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGa > 1:70580/1‑141 (MQ=255) accaccCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGAcc < 1:288933/141‑1 (MQ=255) accaccCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTGTATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGAcc < 2:217869/141‑1 (MQ=255) accCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGa > 1:540961/1‑141 (MQ=255) cccGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGaa < 2:674351/141‑1 (MQ=255) cccGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGaa > 1:1075569/1‑141 (MQ=255) cccGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGaa < 2:1065259/141‑1 (MQ=255) gTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGAAAtt > 1:764610/1‑141 (MQ=255) aaaGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGAAAttttt < 2:540961/141‑1 (MQ=255) aaGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGTTTCTTATTTTTTTTTAAAGTCTTTTTACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGAAttttttt > 2:743941/1‑140 (MQ=255) aGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGAAATTTTtat > 1:660575/1‑141 (MQ=255) | GATATTTATAAAAACAAAAGATGTCGTTCATTTAACAATTTTCATATTAAACTTACTTTTTTCAATACTTTATTGTTTGCCTATACTGTTTTATTTATGAACACTTTTATATTATCTAGAAAATTAAAACCACCCGTAAAAGGGTGGTTTTTTTAATATTTACTTTTTAGTGCTTCGTCAATTTCGTTATAAATCTTTTGAAGTTGATATTTTGCTTCTGACATTTTCTTAAAGTCTTTTGACTTAAGAGCATACATTGCTTTTTGACCTGAAATTTTTAT > CP000730/2086347‑2086627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |