| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 36,581 | C→T | 20.7% | intergenic (‑30/‑493) | tpn ← / → USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,581 | 0 | C | T | 20.7% | 270.9 / 52.9 | 124 | intergenic (‑30/‑493) | tpn/USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/37); new base T (11/15); total (72/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.71e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
TTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTAGT > CP000730/36441‑36721 | ttCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATAc < 2:549031/141‑1 (MQ=32) ttAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATCGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACATAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaa > 2:105418/1‑141 (MQ=17) ttAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaa > 2:105410/1‑141 (MQ=32) ttAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaa > 1:672161/1‑141 (MQ=33) ttAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaa > 1:1082292/1‑141 (MQ=33) ttAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGAAAATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaa > 1:846087/1‑141 (MQ=2) tAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCGTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATaaa < 2:451019/141‑1 (MQ=18) tatTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTc < 1:931557/141‑1 (MQ=35) tatTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTc < 2:333457/141‑1 (MQ=35) atTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCa < 2:300428/141‑1 (MQ=35) tttCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCaa > 2:794052/1‑141 (MQ=35) tttCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCaa < 1:310764/141‑1 (MQ=35) ttCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAAc > 1:1031587/1‑141 (MQ=35) ttCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAAc < 1:1032055/141‑1 (MQ=35) tCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACt > 2:1082886/1‑141 (MQ=34) gATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTg < 2:215340/141‑1 (MQ=35) aCGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGaa > 2:845841/1‑141 (MQ=35) atagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATATCCTACTTGTTAGATTAATTATATCGGAAATAGTTCTGACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCg < 1:212880/137‑1 (MQ=11) tagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 1:464968/138‑1 (MQ=9) tagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt > 1:374730/4‑141 (MQ=9) tagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt > 1:736000/4‑141 (MQ=9) tAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt > 1:1078491/1‑141 (MQ=38) aaCTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGta > 2:430076/1‑141 (MQ=38) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 2:218895/2‑141 (MQ=12) cTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatt > 1:119156/1‑141 (MQ=17) tCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatta > 1:301716/1‑141 (MQ=40) cAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattat > 1:928575/1‑141 (MQ=255) cAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtatttt > 2:116828/1‑139 (MQ=12) cAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACACCCTTGTTAAATGGTTAATATCTGAAATAGTCAATACAGAAGCCTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAATTTCAACTTTGCAACAGACCCGtatttt > 2:908089/1‑139 (MQ=11) atgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttat > 1:667340/5‑137 (MQ=255) tgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg < 2:360202/138‑6 (MQ=255) tGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTTTTTTTTTATTATAAATTCAACTTTGCAACAGTACCGTATTATGGa > 2:645916/1‑141 (MQ=14) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgta < 2:386365/139‑12 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactat > 2:922987/3‑130 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactat > 2:20106/3‑130 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactat > 1:578716/3‑130 (MQ=11) gTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGaa > 1:508824/1‑141 (MQ=255) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGCTACCATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGCCTCCTTTTTGTTACACTTATATTCTAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgag < 2:648159/140‑8 (MQ=11) catatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgag > 2:528987/2‑134 (MQ=255) catatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactata < 1:559030/140‑13 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGATcctcctaactgtatta < 2:780223/141‑15 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTCTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagta < 1:565889/141‑10 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcatttactatatg > 2:627693/1‑127 (MQ=11) tCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATATCCACTTTGATAAATAGTTTATAACTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAGAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATagag > 2:914679/1‑141 (MQ=14) tCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTAAACTTTGCAACATAACCGTATTATGGAATagaa > 2:180580/1‑140 (MQ=255) cTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacac < 2:719571/141‑13 (MQ=11) cTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAgaga > 2:238776/1‑141 (MQ=255) ttAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacact < 2:676216/141‑14 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGACCCGtattttatgagtacactc < 1:410413/141‑15 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 1:1006266/141‑15 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 2:212917/141‑15 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 1:410352/141‑15 (MQ=11) tagtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTgg > 1:338000/1‑141 (MQ=255) gtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTTTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTa < 1:342357/141‑1 (MQ=255) gtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTa > 1:288403/1‑141 (MQ=255) gtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTa < 1:997489/141‑1 (MQ=255) gttggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAttt > 2:145131/4‑141 (MQ=255) aaCGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAttt < 2:979217/141‑1 (MQ=255) cGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTTTAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtat > 2:458197/1‑141 (MQ=255) cGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtat > 2:649118/1‑141 (MQ=255) cGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtat > 1:453912/1‑141 (MQ=255) cGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtat < 2:867666/141‑1 (MQ=255) aCAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAgg > 1:951363/1‑141 (MQ=255) aCAGTGATAACATCCTTGCTAAATTGTGTATATCGGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAgg > 2:545667/1‑141 (MQ=255) aGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGAt > 2:906958/1‑141 (MQ=255) gATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCAt < 1:273827/141‑1 (MQ=255) gATAACATCCTTGTTAAATGTTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCAt < 1:59227/141‑1 (MQ=255) aTCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTTAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGTATCATTATACt > 2:782959/1‑141 (MQ=255) ccTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTa > 1:1061140/1‑141 (MQ=255) cTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTaa < 1:506629/141‑1 (MQ=255) ttGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAg < 1:148014/141‑1 (MQ=255) gTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGtt < 2:861983/141‑1 (MQ=255) gTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGtt < 2:389750/141‑1 (MQ=255) aTTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAAtt < 2:1074017/141‑1 (MQ=255) atatCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGttat > 1:722710/1‑141 (MQ=255) tatCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGttatt > 1:311600/1‑141 (MQ=255) gAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATAc < 1:995837/103‑1 (MQ=255) aaTAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGCTGATTGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAAc > 1:342686/1‑141 (MQ=255) aaTAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAAc > 1:1010340/1‑141 (MQ=255) aTAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAAcc < 1:26510/141‑1 (MQ=255) aGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcac > 1:744821/1‑141 (MQ=255) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcaca < 1:238776/141‑1 (MQ=255) gTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATGATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcaca < 1:194980/141‑1 (MQ=255) ttCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcacac > 2:486812/1‑141 (MQ=255) tCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcacaca > 1:12643/1‑141 (MQ=255) aCAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAATTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTcc < 2:97284/141‑1 (MQ=255) aagaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAAcc < 1:175159/141‑1 (MQ=255) aagaCTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAAcc > 2:785866/1‑141 (MQ=255) ttattaTTTTACTATAAATTCAACATTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTGGGTAGCCTTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTAGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGGGAAAGTAt > 2:1042807/6‑141 (MQ=255) ttAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTAt > 1:469127/1‑141 (MQ=255) ttAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTAt > 1:541015/1‑141 (MQ=255) aaaaTTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGCTGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCAAACCAGAAGAGAAAGTATGt > 2:1081607/1‑141 (MQ=255) aaaaTTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATATATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGAATGt > 2:200796/1‑141 (MQ=255) tataCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTAtt > 1:139254/1‑141 (MQ=255) taCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTa > 2:298602/1‑141 (MQ=255) aCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTAg > 2:356952/1‑141 (MQ=255) aCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGCCTATCTAg > 2:962288/1‑141 (MQ=255) aCTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCAAACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTAg < 2:686402/141‑1 (MQ=255) cTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTAGt > 1:823486/1‑141 (MQ=255) cTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTAGt < 1:330097/141‑1 (MQ=255) | TTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTATGTCTATTTAGT > CP000730/36441‑36721 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |