Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA CP000730 2,257,029 C→A 5.4% intergenic (‑118/+82) dps ← / ← yuxK Dps family stress protein/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP0007302,257,0290CA 5.4% 324.1 / 4.8 101intergenic (‑118/+82)dps/yuxKDps family stress protein/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (58/37);  new base A (3/3);  total (61/40)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.41e-01

Only 100 of 102 total aligned reads displayed.

AACATCTTGTTGATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTAAAAAGAACGATTTTTCATAATCAT  >  CP000730/2256891‑2257169
                                                                                                                                          |                                                                                                                                            
aacaTCTTGTTGATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCg                                                                                                                                            >  1:675724/1‑141 (MQ=255)
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         ttgATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTTTAATCTAACCGCAAAGTGtt                                                                                                                                   >  2:900244/1‑141 (MQ=255)
         ttgATGAATCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTTTAAGCTAACAGTAACGTGtt                                                                                                                                   >  2:613571/1‑141 (MQ=255)
           gATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTTTTTTTTATTATTATTTTAATCTAAACTTAAAGTGttat                                                                                                                                 >  2:335258/1‑139 (MQ=255)
           gATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTcc                                                                                                                                 >  1:577830/1‑141 (MQ=255)
             ttACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGc                                                                                                                               <  2:970400/141‑1 (MQ=255)
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                  cATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATCTTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTACTCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTAttt                                                                                                                          >  1:448559/1‑141 (MQ=255)
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                       ttAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATg                                                                                                                     <  1:228361/141‑1 (MQ=255)
                          aTACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCt                                                                                                                  <  2:944760/141‑1 (MQ=255)
                          aTACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCt                                                                                                                  >  1:305833/1‑141 (MQ=255)
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                            acacTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATGATTCTAATCTGTAAAGTGTTTTTACTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAAATGTAAGGTGTTCCGCTTTTTAAATGTCTaa                                                                                                                >  1:459801/1‑141 (MQ=255)
                             cacTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTaaa                                                                                                               <  1:163645/141‑1 (MQ=255)
                             cacTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTaaa                                                                                                               >  1:291662/1‑141 (MQ=255)
                             cacTACTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTaaa                                                                                                               <  1:1042471/141‑1 (MQ=255)
                                tCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAAttt                                                                                                            <  1:294855/141‑1 (MQ=255)
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                                               aCGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTaa                                                                                             <  1:331923/141‑1 (MQ=255)
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                                                  tcatgcatgTTTATATAAATTATCATATAATAATACTTTTAATATGTAAAGTGTTTTTGCTATCTTTTTTATAATTATTATAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTACATGACTAATTTTTAATTAATCATCTCatat                                                                                          >  2:267862/4‑141 (MQ=255)
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                                                                      tattatattaTAATGATTCTAATCTGTAAAGTGTTTTTACTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAAATGTAAGGTGTTCCGCTTTTTAAATGTCTAAATTTTAATTCATCATCTAGTATATCCATTATCAATTAGCAAg                                                                      <  2:389920/141‑1 (MQ=255)
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                                                                       attatattatAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGt                                                                     >  1:216415/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                                                 ctTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCt                           >  1:34000/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                  ttttttATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTATTTCATCATTTAATATATCTTTTTTCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTa                          >  2:329758/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                     tttATAATTATTCTAATCTAAATGTAAGGTGTTCCGCTTTTTAAATGTCTAAATTTTAATTCATCATCTAGTATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTaaaa                       >  2:482747/1‑141 (MQ=255)
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                                                                                                                                    atctaaCCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTAAAAAGAACGATTTTTCAt        <  1:268757/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          ccGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTAAAAAGAACGATTTTTCATAATCAt  <  1:665722/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                          |                                                                                                                                            
AACATCTTGTTGATTACTCATATTTAATACACTCCTTAAAATTGTCTACGTCTTGCTTGTTTATATTAATTATTATATTATAATAATTTTAATCTGTAAAGTGTTTTTGCTCTCTTTTTTATAATTATTCTAATCTAACCGTAAAGTGTTCCGCTATTTAAATGCCTAAATTTTAATTCATCATCTAATATATCCATTATCAATTAGCAAGTATGTTTTATCAATCAGTAAGTTTTACTTTCGCATTATCATCTAAAAAGAACGATTTTTCATAATCAT  >  CP000730/2256891‑2257169

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: