| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,284,800 | T→C | 6.8% | intergenic (+6468/+1564) | mtlD → / ← glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,284,800 | 0 | T | C | 6.8% | 282.0 / 6.7 | 98 | intergenic (+6468/+1564) | mtlD/glmM | mannitol‑1‑phosphate 5‑dehydrogenase/phosphoglucosamine mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/38); new base C (4/3); total (57/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTAAAT > CP000730/2284664‑2284940 | gtgtgtgtACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAAttatta > 2:203126/1‑141 (MQ=255) tgtgtACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACg < 1:33440/141‑1 (MQ=255) gtgtACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGt < 2:864100/141‑1 (MQ=255) gtACCACGTGCCTCTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTaa > 2:496382/1‑141 (MQ=255) aCCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGt < 2:467937/141‑1 (MQ=255) ccACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGtt < 2:774077/141‑1 (MQ=255) ccACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGtt > 2:797738/1‑141 (MQ=255) ccACGTGCCGTTATCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATATTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGtt > 2:837953/1‑141 (MQ=255) aCGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTac > 2:571489/1‑141 (MQ=255) aCGTGCAGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTATCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTac > 2:85459/1‑141 (MQ=255) cGTGCCGTTGTCCCAACTTGGCTTGTAAATGTAACATTATTTGCAGTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGGCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTaca > 2:914396/1‑141 (MQ=255) cGTGCCGGTGACGCACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTATGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTaca > 2:282908/1‑141 (MQ=255) gCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCt > 2:880744/1‑141 (MQ=255) gCCGATGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGATGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCt > 1:1004996/1‑141 (MQ=255) gTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTCACTTTATTTGCATTTTGATAATAATTAACAGTCATATTTATCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTtgt < 1:169200/141‑1 (MQ=255) gTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTtgt > 2:955113/1‑141 (MQ=255) gTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTtgt > 2:192832/1‑141 (MQ=255) gTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGt < 2:750572/141‑1 (MQ=255) tCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCAGTTTGATTATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTa > 1:934507/1‑141 (MQ=255) cacaCCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTaa < 2:195490/141‑1 (MQ=255) ccTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGtt < 2:248508/141‑1 (MQ=255) ggCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACtt > 2:316200/1‑141 (MQ=255) gCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGt < 1:675730/117‑1 (MQ=255) gCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGt > 2:675730/1‑117 (MQ=255) tGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTaaa > 1:110561/1‑141 (MQ=255) tGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATAAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTaaa < 2:581096/141‑1 (MQ=255) gTAACTTTATTTGCAGTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAAt > 1:965894/1‑141 (MQ=255) tAACTTTATTTGCATCTTGATCATAATTAACAGTAATATTTTTCAATCCTGTACTGTCTTCATTACCATTAGAGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTGGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAttt > 2:208364/1‑141 (MQ=255) aaCTTTATTTGCAGTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTg < 2:319043/141‑1 (MQ=255) cTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGAt < 1:265463/141‑1 (MQ=255) tttATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATc < 1:1085005/141‑1 (MQ=255) tttATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATc > 1:114716/1‑141 (MQ=255) tttATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATc > 1:114813/1‑141 (MQ=255) tttATTTGCAGTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATc > 2:764832/1‑141 (MQ=255) ttATTTGCATTTTGCTCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCt < 2:44257/141‑1 (MQ=255) ttATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCt > 2:558391/1‑141 (MQ=255) tATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTg < 2:1029490/141‑1 (MQ=255) ttttGCATGTTTATCATAAGTAACATTCAGATCGGCCAACACTGTACTGTCGTCATTACCATGAGGTAAGGTTGTAGTTAATGCATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGc < 1:98856/140‑1 (MQ=255) aTTTGCAGTTTTATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAAGGAATGTTGTCGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGc < 1:377738/141‑1 (MQ=255) tttGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCt > 2:66374/1‑141 (MQ=255) tttGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCt > 1:390718/1‑141 (MQ=255) gCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCtttt < 1:571489/141‑1 (MQ=255) cATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTa < 2:1000032/141‑1 (MQ=255) cATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTa < 2:1000261/141‑1 (MQ=255) ttGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAAAGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTaaaaa < 2:885685/141‑4 (MQ=255) gATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAg > 1:636747/1‑141 (MQ=255) gATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAg > 1:221180/1‑141 (MQ=255) aTCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGc > 1:288441/1‑141 (MQ=255) aaTTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCaa > 1:287593/1‑141 (MQ=255) ttAACAGTCATATTTTTCACTCCTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCaaaa < 1:429206/141‑1 (MQ=255) tAACAGTCATATTGTTCTATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAAt < 2:205311/141‑1 (MQ=255) cAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAGATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTAc > 1:92495/1‑141 (MQ=255) cAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTAc > 2:90179/1‑141 (MQ=255) aGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTAcc > 2:734200/1‑141 (MQ=255) ttCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCa < 2:551468/140‑1 (MQ=255) tCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCAt > 1:586556/1‑141 (MQ=255) tCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCAt > 1:729689/1‑141 (MQ=255) atTTTTCATTACTTTTCTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGtt > 2:556000/1‑141 (MQ=255) tttttCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTa < 1:978135/141‑1 (MQ=255) tttttCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTa < 1:616030/141‑1 (MQ=255) tttttCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTa > 2:1042888/1‑141 (MQ=255) ttCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCg < 1:939048/141‑1 (MQ=255) tccaTACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGCATGTTGTAGTTAATGAATCATTAACGTAAGTTCCACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGa > 2:327046/4‑141 (MQ=255) tCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGa > 1:780516/1‑141 (MQ=255) tactgtactgTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTc > 2:852545/1‑141 (MQ=255) tactgtactgTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTc < 1:1038623/141‑1 (MQ=255) tctgttctgtCTTCATTACCATTCGGGAATGTTGTCGTTAATGAATTATTAACTTAAGTTACACCTTGTGTTAATGTTACTTTATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCATCAAAATTACCATAGTTACCGATTTCa > 2:299012/2‑141 (MQ=255) actgtactgtCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCa > 1:37780/1‑141 (MQ=255) ctgtactgtCTTCATTACCATTAGGTAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAg < 2:590019/141‑1 (MQ=255) gtactgtCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTa > 2:747677/1‑141 (MQ=255) actgtCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTAtt < 2:338029/141‑1 (MQ=255) ctgtCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTa > 2:326020/1‑141 (MQ=255) ctgtCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTCTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTa > 1:854843/1‑141 (MQ=255) gtCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTTCTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAAt > 2:625671/1‑141 (MQ=255) ttCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGt > 2:557262/1‑141 (MQ=255) ttCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGt > 2:621509/1‑141 (MQ=255) aTTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTCCCGATTTCAGTATTAATAGtata < 1:1068349/141‑1 (MQ=255) tACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATAtt > 2:206811/1‑141 (MQ=255) tACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATAtt < 1:92095/141‑1 (MQ=255) tACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATAtt < 2:5250/141‑1 (MQ=255) ccATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCt > 2:83175/1‑141 (MQ=255) ccATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCt < 1:599203/141‑1 (MQ=255) aTTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCttt < 2:96687/141‑1 (MQ=255) ttAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTa < 1:183337/141‑1 (MQ=255) aGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTAtt > 1:60900/1‑141 (MQ=255) aaTGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTa < 2:738332/141‑1 (MQ=255) aaTGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTa > 2:7398/1‑141 (MQ=255) aTGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAg > 2:474312/1‑141 (MQ=255) gttgtAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGtt < 2:194992/141‑1 (MQ=255) gttgtAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGtt < 1:262758/141‑1 (MQ=255) tAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCtt > 2:13238/1‑141 (MQ=255) aGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCttt > 1:142886/1‑141 (MQ=255) aGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCttt > 1:189255/1‑141 (MQ=255) aaTGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGt > 2:421710/1‑141 (MQ=255) aaTTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTa > 2:483544/1‑141 (MQ=255) aaTTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTa < 1:326020/141‑1 (MQ=255) attattAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCCTATTGAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTaa > 1:792635/1‑141 (MQ=255) tattaACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTAAAt > 2:701948/1‑141 (MQ=255) tattaACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTAAAt < 1:734200/141‑1 (MQ=255) tattaACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATAACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTAAAt < 2:802607/141‑1 (MQ=255) | GTGTGTGTACCACGTGCCGTTGTCACACCTTGGCTTGTAAATGTAACTTTATTTGCATTTTGATCATAATTAACAGTCATATTTTTCAATACTGTACTGTCTTCATTACCATTAGGGAATGTTGTAGTTAATGAATTATTAACGTAAGTTACACCTTGTGGTAATGTTACTTCATATTTAAATTGATCTGCTTTTAATGAAGCACCAAAATTACCATTGTTACCGATTTCAGTATTAATAGTATATTCTTTATTGTTAGTTGCTTTCGGTGCTAAAT > CP000730/2284664‑2284940 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |