| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,292,077 | G→A | 12.4% | intergenic (+63/‑73) | USA300HOU_2155 → / → USA300HOU_2156 | transposase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,292,077 | 0 | G | A | 12.4% | 322.2 / 26.1 | 120 | intergenic (+63/‑73) | USA300HOU_2155/USA300HOU_2156 | transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (54/51); new base A (8/7); total (62/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ATACAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCA > CP000730/2291941‑2292217 | aTACAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACa > 1:69336/1‑141 (MQ=32)aTACAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACa < 2:486747/141‑1 (MQ=32) aCAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACaaa > 2:741799/1‑141 (MQ=32) aaTTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAgg < 1:403014/141‑1 (MQ=32) tttATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGgag < 2:917102/141‑1 (MQ=32) tgtatgaatcatcATTTAATGATGGGCCTATAGAAGTAATTAATAATAGGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAAGTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGgag < 2:638630/129‑1 (MQ=11) ttattaCCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGgaga > 1:57637/1‑141 (MQ=32) ttattaCCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGgaga > 1:711/1‑141 (MQ=32) aGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAaagaa < 1:447131/141‑1 (MQ=35) aataatGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAAcc > 1:509326/1‑141 (MQ=38) aataatGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAAcc > 2:735314/1‑141 (MQ=38) ataatGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCa > 1:739304/1‑141 (MQ=38) taatGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCaa < 2:400721/141‑1 (MQ=37) aatGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAg < 2:419514/141‑1 (MQ=37) aatGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAg < 2:1034724/141‑1 (MQ=37) atGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAGAATTAATCAAGAGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGATTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCATGc < 2:839479/141‑1 (MQ=11) ggTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGccc > 2:896474/1‑141 (MQ=38) ggTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGccc < 1:777653/141‑1 (MQ=38) cTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCaata < 2:50700/141‑1 (MQ=38) tataGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCaataa < 2:26340/141‑1 (MQ=38) aGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATgg < 1:834350/141‑1 (MQ=38) gAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGa > 1:690739/1‑141 (MQ=38) aaGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGAc > 1:185379/1‑141 (MQ=38) ggAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTAAAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTg < 1:16162/141‑1 (MQ=37) aTTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGgcc > 1:888344/1‑141 (MQ=38) aTTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTAGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCACAATACTGGACTGgca > 2:1024194/1‑140 (MQ=255) ttAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTGGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGgccg > 1:857437/1‑141 (MQ=37) taataataaGATAAAATTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGgccgc > 1:480932/1‑141 (MQ=9) ataataaGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCt > 1:460609/1‑141 (MQ=38) ataataaGATAAAATTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGATTGGCCGCCt < 1:816025/141‑1 (MQ=12) ataaGATAAAATTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCtaat > 2:419402/1‑141 (MQ=9) aaaGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCtaata < 2:603779/140‑1 (MQ=37) aGATAAAATTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCtaataat > 1:1005605/1‑141 (MQ=17) aaaaTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATaaaa < 2:201443/141‑1 (MQ=37) aaaTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAg < 1:1023405/141‑1 (MQ=38) aaaTTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCtaataa < 1:177376/135‑1 (MQ=12) aaaTTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCtaataa > 2:177376/1‑135 (MQ=9) aaaTTAATCAAGCGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATaaaaa > 1:674568/1‑140 (MQ=2) aaTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGc > 1:880023/1‑141 (MQ=39) aaTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGc < 1:602292/141‑1 (MQ=39) atttaccAAGTGAATTTCTTTTGGTTACCCACATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGCGAAAAACAGAAGCCACCCCACCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGct < 2:270318/135‑1 (MQ=11) aTTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGct < 2:21701/141‑1 (MQ=40) aaTCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTa < 2:557344/141‑1 (MQ=40) aaTCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACCTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTa < 1:301327/141‑1 (MQ=255) aTCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTaa > 1:111452/1‑141 (MQ=40) aTCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTaa < 2:1070811/141‑1 (MQ=40) cAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTaaaa > 2:68875/1‑141 (MQ=40) gTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGtt > 1:870118/1‑141 (MQ=39) gTGAAGTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGtt < 1:513/141‑1 (MQ=255) tGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTg < 1:458787/141‑1 (MQ=38) tGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTg < 1:1056287/141‑1 (MQ=38) tGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTg > 1:35081/1‑141 (MQ=38) cgAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTg > 1:212360/2‑141 (MQ=2) gAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGt < 1:13767/141‑1 (MQ=38) aTTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTAt < 2:42462/141‑1 (MQ=38) tttCTCTTGGTTACAGAAATTTCAACAAATTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAACGCTCTCAAAGTTGTAtt > 2:247740/1‑141 (MQ=255) tctcTTGGTTAGAGAAATTGCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGCTGTAtttt > 2:496492/1‑141 (MQ=255) cTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑a > 1:686434/1‑141 (MQ=38) ttttGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑aa > 1:192292/1‑141 (MQ=38) ttttGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑aa > 1:493358/1‑141 (MQ=37) tgtGGTTACAGAAATTTCAACAACTATAAAGCACGTATAATGATGATGTTCAGCATGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑aaa < 2:756584/139‑1 (MQ=255) ttGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑aaaa > 1:866925/1‑141 (MQ=38) gTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCATGTATCATAATGATTTTCAGCTTATACAAAGAAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTT‑aaaatag < 2:442948/141‑4 (MQ=11) ttACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAg < 2:473054/141‑1 (MQ=38) tACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGt < 1:393222/141‑1 (MQ=38) aCAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGtt > 1:1042477/1‑141 (MQ=38) aaaTTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCttt > 1:249910/1‑141 (MQ=38) tttCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTaaa > 1:762042/1‑141 (MQ=38) ttCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAAt < 1:495051/141‑1 (MQ=38) tCAACAACTGTAAAGCACGTATAATGATGATTGTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAAtt < 2:216970/141‑1 (MQ=255) aacaacTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATCAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATtat > 1:853438/1‑141 (MQ=38) aacaacTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATtat > 1:315480/1‑141 (MQ=38) aacaacTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATtat > 2:748289/1‑141 (MQ=38) acTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAATAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCACTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATAc > 2:795363/1‑141 (MQ=255) cTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGCGAAAAAAAGAAGACAACCACGCCCAATAATGGACTGGCAGCCTAATAATAAAAGCACTAAAAGTCGTATTCT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATAcc > 2:742428/1‑141 (MQ=11) tAAAGCACGTATAATGATGATATTCAGCTAGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccac < 2:802396/141‑1 (MQ=255) aaaGCACTTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAATCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccacc < 2:644204/141‑1 (MQ=21) aaaGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTT‑‑AAAATAGTTCTTTAAATTATATACccacca > 2:825318/1‑141 (MQ=11) aaGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACATATGAGATAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccacca > 1:158739/1‑141 (MQ=255) aaGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccacca < 1:637987/141‑1 (MQ=38) aaGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATGTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccacca > 2:636617/1‑141 (MQ=38) aGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTT‑‑AAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACcaca < 1:544077/141‑1 (MQ=11) gCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACcaca > 2:892724/1‑141 (MQ=38) cACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACccaccaaat < 2:249910/141‑4 (MQ=38) aCGTATAATGATGATTTTCAGCTTATACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAACTCTAAAAGTTGTAATTT‑‑AAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACAttt < 1:419402/141‑1 (MQ=11) cGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACAttt > 2:940025/1‑141 (MQ=38) taATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGTACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTtggtg > 1:56717/1‑141 (MQ=38) atgatgATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGga > 2:809215/1‑141 (MQ=38) ataatgatTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCAAATGtggtggg < 2:435789/138‑2 (MQ=255) gatTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAAcc < 1:478981/141‑1 (MQ=38) gatTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAAcc > 2:62465/1‑141 (MQ=38) gatTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAAcc < 1:635745/141‑1 (MQ=37) atTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCt < 1:741407/141‑1 (MQ=38) atTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCt > 2:281514/1‑141 (MQ=38) tttCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTaa > 2:594578/1‑141 (MQ=40) cAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTaaaaa > 1:896229/1‑141 (MQ=40) cTTGTACAAAGGAGACAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATCGTTCTCTAAATTATATACCAACCACCTTTGGTGGAGAACCTaaaaaaaa > 2:553972/1‑141 (MQ=14) cTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAATGATCTAAAAGTTGTATTTTAAAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGAaaaaaaaaaaaaaa < 2:1049696/141‑1 (MQ=11) ttGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAg > 2:1071178/1‑141 (MQ=255) gTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCa < 1:825648/141‑1 (MQ=255) | ATACAATTTATTACCCAGCATTTAATAATGGTGCTATAGAAGGAATTAATAATAAGATAAAATTAATCAAGTGAATTTCTTTTGGTTACAGAAATTTCAACAACTTTAAAGCACGTATAATGATGATTTTCAGCTTGTACAAAGGAGAAAAAAAGAAGACAACCAAGCCCAATAATGGACTGGCCGCCTAATAATAAAAGCTCTAAAAGTTGTATTTT‑AAAAATAGTTCTTTAAATTATATACCCACCACATTTGGTGGAGAACCTAAAAAAAAGCA > CP000730/2291941‑2292217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |