| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,413,174 | T→C | 6.3% | L522L (TTA→TTG) | USA300HOU_2279 ← | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,413,174 | 0 | T | C | 6.3% | 227.0 / 5.1 | 79 | L522L (TTA→TTG) | USA300HOU_2279 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/39); new base C (2/3); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
ACAATGCGGCTGGCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCAT > CP000730/2413035‑2413313 | aCAATGCGGCTGGCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTa < 2:4870/141‑1 (MQ=255)aCAATGCGGCTGGCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTa > 1:453889/1‑141 (MQ=255) aaTGCGGCTGGCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTaaa > 1:30962/1‑141 (MQ=255) aaTGCGGCTGGCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTaaa > 1:96332/1‑141 (MQ=255) tGCGGCTGGCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAatt < 1:51622/141‑1 (MQ=255) tGCGGCTGGCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAatt < 1:51610/141‑1 (MQ=255) gCGGCTGGCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAattt < 1:336651/141‑1 (MQ=255) ggCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCt > 2:774871/1‑141 (MQ=255) ggCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCt > 2:775097/1‑141 (MQ=255) gCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCtt > 1:799324/1‑141 (MQ=255) gCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCtt > 2:88325/1‑141 (MQ=255) caaacaaaTGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCttt > 2:883493/1‑141 (MQ=255) aaaTGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCg > 1:506773/1‑141 (MQ=255) aTGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGAt < 1:389680/141‑1 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa < 1:653469/141‑1 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa > 2:808231/1‑141 (MQ=255) acacATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCa < 1:15428/141‑1 (MQ=255) caTTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACtt < 2:499880/141‑1 (MQ=255) tGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTCAAATTTATTTCTTTGCTAGCTTCACTtata > 1:113631/1‑141 (MQ=255) aCTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAAtt < 2:14392/141‑1 (MQ=255) ttCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGa > 1:890978/1‑141 (MQ=255) tCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGAc > 1:442281/1‑141 (MQ=255) aTGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACAt < 2:872854/141‑1 (MQ=255) tGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACAtg > 1:623524/1‑141 (MQ=255) ttGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGc < 2:879088/141‑1 (MQ=255) aCTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCataa < 1:594910/141‑1 (MQ=255) aCTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCataa < 2:942222/141‑1 (MQ=255) cTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATTATGCACAtgtcaattat < 2:81001/141‑8 (MQ=255) aCAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCt < 1:1084086/141‑1 (MQ=255) cAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTc < 1:1017486/141‑1 (MQ=255) atcatcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGa > 1:972105/1‑141 (MQ=255) atcatcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGa > 2:700096/1‑141 (MQ=255) atcatcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAAGTGATTTGTTCATATTGAGTCCTCgc > 2:1028999/1‑140 (MQ=255) atcatcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTCAAATTTATTTCTTTGCTAGCTTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGa > 2:60961/1‑141 (MQ=255) tcGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTTCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAAtt > 1:288398/1‑141 (MQ=255) tCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAGGTCCTCGAAATTTTGta < 2:492071/141‑1 (MQ=255) aTTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGtata < 2:665953/141‑1 (MQ=255) aataaCAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCaa > 2:341819/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAg > 2:5007/1‑141 (MQ=255) ccTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGaa > 2:215191/1‑141 (MQ=255) gTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCt < 1:517017/141‑1 (MQ=255) tAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtt < 1:560215/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtta < 1:223276/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtta < 2:498032/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtta < 2:933859/141‑1 (MQ=255) ttGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCttatt < 2:666097/141‑1 (MQ=255) gATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTaa < 2:892932/141‑1 (MQ=255) gATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTaa > 2:151012/1‑141 (MQ=255) aTTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAat > 1:229116/1‑141 (MQ=255) aTTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAat > 1:55209/1‑141 (MQ=255) aGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTTGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCTTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCa > 2:777759/1‑141 (MQ=255) aGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCa > 2:777764/1‑141 (MQ=255) gTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAg < 2:506773/141‑1 (MQ=255) tatTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACa < 2:109276/141‑1 (MQ=255) atTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACAt > 1:280138/1‑141 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2:113631/141‑1 (MQ=255) tAAAAATGAATATTGATAATCTAGTCAAATTTATTTCTTTGCTAGCTTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGTAACCTTATTAAAATCAGACATTGTGAttt < 1:60961/141‑1 (MQ=255) aaaaaTGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGAtttt > 1:947107/1‑141 (MQ=255) aaaaaTGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGAtttt < 1:1018868/141‑1 (MQ=255) aaaTGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGAtttttt > 2:880609/1‑141 (MQ=255) aaaTGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGAtttttt > 2:549687/1‑141 (MQ=255) gAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTCCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCttt > 1:749537/1‑141 (MQ=255) atTGATAATCTAGTCAAATTTATTTCTTTGCTAGCTTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTAAGTAAACATATTAAAATCATACATTGTGATTTTTTCTTTTAAg < 2:322459/141‑1 (MQ=255) tGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTc < 1:121048/141‑1 (MQ=255) tGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTc < 1:991474/141‑1 (MQ=255) gATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCa < 2:715722/141‑1 (MQ=255) aTAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCat < 2:453889/141‑1 (MQ=255) gTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTTTTTTTTTATTCTCa > 2:347404/1‑141 (MQ=255) ttAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCAt < 1:483765/141‑1 (MQ=255) | ACAATGCGGCTGGCAAACAAATGACACATTGTACTTCATGTTTGAACTTCGTTACAATCATCGTGTCATTTTGATAAATAACAATCCCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCAT > CP000730/2413035‑2413313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |