| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,413,260 | A→T | 6.4% | S494T (TCT→ACT) | USA300HOU_2279 ← | transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,413,260 | 0 | A | T | 6.4% | 334.2 / 10.2 | 110 | S494T (TCT→ACT) | USA300HOU_2279 | transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/52); new base T (3/4); total (53/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATT > CP000730/2413121‑2413399 | ccTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGaa > 2:215191/1‑141 (MQ=255) gTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCt < 1:517017/141‑1 (MQ=255) tAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtt < 1:560215/141‑1 (MQ=255) aaTTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCtta < 2:933859/141‑1 (MQ=255) 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CCTCGTAATTGATTAAGTATATTTATGATAAAAATGAATATTGATAATCTAGTTAAATTTATTTCTTTGCTCGATTCACTTATAATTGACATGTGCATAATAAGTCCTCGAAATTTTGTATAATTTGTCAAAAGTTCAGAAACCTTATTAATATCAGACATTGTGATTTTTTCTTTTAAGTCATTATTCTCATTAATCAAATCTACATCACATATAATTTTAGAACGTGCAATAGACACCTGTTCTATTTGTCTTAGCGGTAAGATAAAATAGTCTATT > CP000730/2413121‑2413399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |