| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,542,070 | 0 | G | A | 5.3% | 361.2 / 5.7 | 112 | intergenic (+329/‑171) | USA300HOU_2401/hlgA | immunoglobulin G‑binding protein SBI/gamma‑hemolysin component A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/53); new base A (2/4); total (55/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CGTTAACGAATAGTTCATCATTTAGTTGAATCAGCTCAACTTTATTAACTTCATATTTTCACAAACTATTGCGCAATCCATTCCTTTTCCACTACAAGCACCATAATTAAACAACAATTCAATAAAATAAGACTTGCAAAGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGAACAGTTAATT > CP000730/2541930‑2542209 | cGTTAACGAATAGTTCATCATTTAGTTGAATCAGCTCAACTTTATTAACTTCATATTTTCACAAACTATTGCGCAATCCATTCCTTTTCCACTACAAGCACCATAATTAAACAACAATTCAATAAAATAAGACTTGCAAAg > 1:309252/1‑141 (MQ=255) ttAACGAATAGTTCATCATTTAGTTGAATCAGCTCAACTTTATTAACTTCATATTTTCACAAACTATTGCGCAATCCATTCCTTTTCCACTACAAGCACCATAATTAAACAACAATTCAATAAAATAAGACTTGCAAAGCa < 1:538263/141‑1 (MQ=255) tAACGAATAGTTCATCATTTAGTTGAATCAGCTCAACTTTATTAACTTCATATTTTCACAAACTATTGCGCAATCCATTCCTTTTCCACTACAAGCACCATAATTAAACAACAATTCAATAAAATAAGACTTGCAAAGCaa > 2:540157/1‑140 (MQ=255) tAACGAATAGTTCATCATTTAGTTGAATCAGCTCAACTTTATTAACTTCATATTTTCACAAACTATTGCGCAATCCATTCCTTTTCCACTACAAGCACCATAATTAAACAACAATTCAATAAAATAAGACTTGCAAAGCAt > 1:79590/1‑141 (MQ=255) 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ataaaataaGACTTGCAAAGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACt < 1:263474/141‑1 (MQ=255) ataaGACTTGCAAAGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTaa > 2:40252/1‑141 (MQ=255) aaGACTTGCAAAGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACg < 2:11889/141‑1 (MQ=255) aaGACTTGCAAAGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACg < 1:45781/141‑1 (MQ=255) aGACTTGCAAAGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGa > 2:80153/1‑141 (MQ=255) aGACTTGCAAAGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGa > 1:713343/1‑141 (MQ=255) ttGCAAAACATAGTTATGTCGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGAACAg < 2:883455/141‑1 (MQ=255) tGCAAAGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGAACAGt < 2:694756/141‑1 (MQ=255) cAAAGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGAACAGTTa < 1:703198/141‑1 (MQ=255) aaGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCGCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTATCGAACAGTTAAt < 2:630599/141‑1 (MQ=255) aGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAAAAAAAAGAAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGAACAGTTAAtt < 2:629981/141‑1 (MQ=255) | CGTTAACGAATAGTTCATCATTTAGTTGAATCAGCTCAACTTTATTAACTTCATATTTTCACAAACTATTGCGCAATCCATTCCTTTTCCACTACAAGCACCATAATTAAACAACAATTCAATAAAATAAGACTTGCAAAGCATAGTTATGTAGCTATATAAACGCCTGCGACCAATAAATCTTTTAAACATAACATAATGCAAAAACATCATTTAACAATGCTAAAAATGTCTCTTCAATACATGTTGATAGTAATTAACTTTTAACGAACAGTTAATT > CP000730/2541930‑2542209 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |