| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 2,696,979 | G→A | 6.7% | D98N (GAC→AAC) | copA → | P‑ATPase superfamily P‑type ATPase copper (Cu2+) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,696,979 | 0 | G | A | 6.7% | 314.4 / 7.7 | 104 | D98N (GAC→AAC) | copA | P‑ATPase superfamily P‑type ATPase copper (Cu2+) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/45); new base A (4/3); total (56/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
CATGATGTCCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATTTAGGTTACGGTGTCGCTGTAGAAACTGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCCGTATTGAAAAAGTGTTAAATAAAATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAATAAA > CP000730/2696844‑2697119 | cATGATGTCCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATTTAGGTTACGGTGTCGCTGTAGAAACTGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCCGTATTGAAAAAGTGTTAAATAAAATGGACGGc < 1:360188/141‑1 (MQ=255)cATGATGTCCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATTTAGGTTAAGGTATCGCAGAAGAAAATGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCCGTATTGAAAAAGTGTTACATAAAATGGAGGGc > 2:491289/1‑141 (MQ=255) atgatgTCCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATTTAGGTTACGGTGTCACTGTAGAAACTGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCCGTATTGAAAAAGTGTTAAATAAAATGAACGGCg > 2:296625/1‑141 (MQ=255) gatgTCCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATTTAGGTTACGGTGTCGCTGTAGAAACTGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCCGTATTGAAAAAGTGTTAAATAAAATGGACGGCGtt > 1:29559/1‑141 (MQ=255) 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tgtTAAATAAAATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTa > 2:522228/1‑141 (MQ=255) gtTAAATAAAATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTaa < 2:694816/141‑1 (MQ=255) ttAAATAAAATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTaaa > 2:89100/1‑141 (MQ=255) aataaaATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGAt < 1:1022422/141‑1 (MQ=255) aataaaATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGAt > 1:897163/1‑141 (MQ=255) aaaaTGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAAc < 1:467709/141‑1 (MQ=255) aaaTGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACa > 1:288002/1‑141 (MQ=255) aTGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAAt > 1:751371/1‑141 (MQ=255) aTGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAAt > 1:751364/1‑141 (MQ=255) ggACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAATaa < 1:400644/141‑1 (MQ=255) gACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAATAGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATAACGCGTCTATTAAAGAAAACAATaaa > 2:461650/1‑141 (MQ=255) | CATGATGTCCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATTTAGGTTACGGTGTCGCTGTAGAAACTGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCCGTATTGAAAAAGTGTTAAATAAAATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAATAAA > CP000730/2696844‑2697119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |