| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 109,958 | G→A | 5.4% | intergenic (+37/‑184) | plc → / → USA300HOU_0109 | phosphatidylinositol diacylglycerol‑lyase/staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 109,958 | 0 | G | A | 5.4% | 281.0 / 4.2 | 93 | intergenic (+37/‑184) | plc/USA300HOU_0109 | phosphatidylinositol diacylglycerol‑lyase/staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/40); new base A (2/3); total (49/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
AATGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGATAAATATATGT > CP000730/109820‑110098 | aaTGGGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGANAATAGtt > 2:811226/1‑141 (MQ=255) gggAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGa > 2:242396/1‑141 (MQ=255) ggAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGAt > 2:445666/1‑141 (MQ=255) gCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTaa < 1:1010469/141‑1 (MQ=255) 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2:935814/141‑1 (MQ=255) a‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGCAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGATa < 2:805980/141‑1 (MQ=255) aaaaTAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGATAAat > 1:1072224/1‑141 (MQ=255) aaaTAGTTAGATTATAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGATAAata < 2:680907/141‑1 (MQ=255) aaTAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACGATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGATAAatat < 2:254911/141‑1 (MQ=255) aaTAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGATAAatat > 1:233269/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |