| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 109,964 | T→A | 6.1% | intergenic (+43/‑178) | plc → / → USA300HOU_0109 | phosphatidylinositol diacylglycerol‑lyase/staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 109,964 | 0 | T | A | 6.1% | 274.0 / 7.9 | 93 | intergenic (+43/‑178) | plc/USA300HOU_0109 | phosphatidylinositol diacylglycerol‑lyase/staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/43); new base A (3/3); total (47/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
GGAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGATAAATATATGTAAT > CP000730/109824‑110101 | ggAAAGCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGAt > 2:445666/1‑141 (MQ=255) gCTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTaa < 1:1010469/141‑1 (MQ=255) cTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAat < 2:179792/141‑1 (MQ=255) cTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAat < 1:42275/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |