| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 109,970 | T→C | 5.4% | intergenic (+49/‑172) | plc → / → USA300HOU_0109 | phosphatidylinositol diacylglycerol‑lyase/staphylococcal tandem lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 109,970 | 0 | T | C | 5.4% | 264.6 / 4.9 | 92 | intergenic (+49/‑172) | plc/USA300HOU_0109 | phosphatidylinositol diacylglycerol‑lyase/staphylococcal tandem lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/42); new base C (2/3); total (47/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
CTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAATTATTTTCACTACTCGTTTTTATTTTGAAAATAAGTAATAATTCAACAATATTATAAATTGAACAGATTGTTTGTGAAATTTTTGATAATATTAAAGTGAAAAAGTGTTATAAATTGATAAATATATGTAATTAACAAA > CP000730/109830‑110108 | cTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAat < 1:42275/141‑1 (MQ=255)cTAGAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAat < 2:179792/141‑1 (MQ=255) gAACGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAattat < 2:379641/141‑1 (MQ=255) aaCGGGTTGGCTGATTGTTGACTATGCAGGATATACGTGGCCTGGATATGATGATATCGTAAGTGAAATTATAGATAGTAATAAATAAGGATTCAATAATGATATTAAGACGAGTA‑TGAAAATAGTTAGATTCTAattatt > 2:740128/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |