| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 184,873 | T→C | 5.2% | Y218Y (TAT→TAC) | cap5K → | capsular polysaccharide synthesis protein Cap5K |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 184,873 | 0 | T | C | 5.2% | 227.2 / 2.6 | 76 | Y218Y (TAT→TAC) | cap5K | capsular polysaccharide synthesis protein Cap5K |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/35); new base C (2/2); total (39/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
AGTGAATTGTTTGCAACGATATATACATTGGTTAAATTACGGGGATTAACTATAGGCGAGTATCAAAGTGAAGATAATAATGTGGTAAAAGATTATGTGATGCTACTGAGTACAAATAGCCTTAATAATTTGAATCTCTATTTAGATAGATTAATCTTATTACCAATTATAGGTGGAACAGCTGTAACTATATCATTTCTTTCAACATTTATTGGGAAAATGTTAGCTACATTTCTATATCCGATTAATAATGTAGTACTTTCATATATTTCTGTAAATGA > CP000730/184733‑185013 | aGTGAATTGTGTGCAACGATATATACATTGGTTAAATTACGGGGATTAACTATAGGCGAGTATCAAAGTGAAGATAATAATGTGGTAAAAGATTATGTGATGCTACTGAGTACAAATAGCCTTAATAATTTGAATCTCTAt < 2:341360/141‑1 (MQ=255) gTGAATTGTTTGCAACGATATATACATTGGTTAAATTACGGGGATTAACTATAGGCGAGTATCAAAGTGAAGATAATAATGTGGTAAAAGATTATGTGATGCTACTGAGTACAAATAGCCTTAATAATTTGAATCTCTAtt > 2:915380/1‑141 (MQ=255) ttGTTTGCAACGATATATACATTGGTTAAATTACGGGGATTAACTATAGGCGAGTATCAAAGTGAAGATAATAATGTGGTAAAAGATTATGTGATGCTACTGAGTACAAATAGCCTTAATAATTTGAATCTCTATTtagat < 2:605641/141‑1 (MQ=255) ttGTTTGCAACGATATATACATTGGTTAAATTACGGGGATTAACTATAGGCGAGTATCAAAGTGAAGATAATAATGTGGTAAAAGATTATGTGATGCTACTGAGTACAAATAGCCTTAATAATTTGAATCTCTATTtagat < 2:253638/141‑1 (MQ=255) 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2:439809/141‑1 (MQ=255) tttGAATCTCTATTTAGATAGATTAATCTTATTACCAATTATAGGTGGAACAGCTGTAACTATATCATTTCTTTCAACATTTATTGGGAAAATGTTAGCTACATTTCTATATCCGATTAATAATGTAGTACTTTCatatat < 2:439743/141‑1 (MQ=255) tGAATCTCTATTTAGATAGATTAATCTTATTACCAATTATAGGTGGAACAGCTGTAACTATATCATTTCTTTCAACATTTATTGGGAAAATGTTAGCTACATTTCTATATCCGATTAATAATGTAGTACTTTCATATAttt > 1:355975/1‑141 (MQ=255) tGAATCTCTACTTAGATAGATTAATCTTATTACCAATTATAGGTGGAACAGCTGTAACTATATCATTTCTTTCAACATTTATTGGGAAAATGTTAGCTACATTTCTGTATCCGATTAATAATGTAGTACTTTCATATAttt > 1:943965/1‑141 (MQ=255) aaTCTCTATTTAGATAGATTAATCTTATTACCAATTATAGGTGGAACAGCTGTAACTATATCATTTCTTTCAACATTTATTGGGAAAATGTTAGCTACATTTCTATATCCGATTAATAATGTAGTACTTTCATATATTTCt > 2:965773/1‑141 (MQ=255) ctctATTTAGATAGATTAATCTTATTACCAATTATAGGTGGAACAGCTGTAACTATATCATTTCTTTCAACATTTATTGGGAAAATGTTAGCTACATTTCTATATCCGATTAATAATGTAGTACTTTCATATATTTCTGTa > 1:174172/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |