| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 238,173 | T→C | 6.1% | I58I (ATT→ATC) | USA300HOU_0214 → | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 238,173 | 0 | T | C | 6.1% | 264.1 / 3.7 | 90 | I58I (ATT→ATC) | USA300HOU_0214 | oligopeptide ABC superfamily ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (37/47); new base C (3/3); total (40/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTAACCATCATTTTAATTATTATTTTAACAACGGAACAAACATGGAAGCATCATGACCTATGGCGACGTATCGTCGAAGTGTTGTTATTGTTGATGACATTAACAGGCAACGTATTTACATTATTAATGTTTGTAAGTATTAGACGTTACCAACGT > CP000730/238034‑238308 | aaTTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTAACCATCATTTTAattatta < 2:183103/141‑1 (MQ=255) ttattCGCAATGTACGCCATATCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTAACCATCATTTTAattattatt < 2:1022395/141‑1 (MQ=255) tattCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTAACCATCATTTTAATTATTAttt < 1:889128/141‑1 (MQ=255) ttCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTAACCATCATTTTAATTATTATTTTa > 2:532942/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) attattattTTAACAACGGAACAAACATGGAAGCATCATGACCTATGGCGACGTATCGTCGAAGTGTTGTTATTGTTGATGACATTAACAGGCAACGTATTTACATTATTAATGTTTGTAAGTATTAGACGTTACCAACGt > 2:427851/1‑141 (MQ=255) | AATTATTCGCAAGTTACGCCATAGCAACTTATATTTTAGTTATATTAACGAGTGCATTAAATCTTTTTAAAGGTTATGTGGCCGATACGTTCTATATTGCTGAAACATTGCTAATCGTTTTAACCATCATTTTAATTATTATTTTAACAACGGAACAAACATGGAAGCATCATGACCTATGGCGACGTATCGTCGAAGTGTTGTTATTGTTGATGACATTAACAGGCAACGTATTTACATTATTAATGTTTGTAAGTATTAGACGTTACCAACGT > CP000730/238034‑238308 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |