| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 321,417 | T→C | 5.0% | N166N (AAT→AAC) | bsh3 → | C59 family penicillin amidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000730 | 321,417 | 0 | T | C | 5.0% | 271.8 / 3.0 | 93 | N166N (AAT→AAC) | bsh3 | C59 family penicillin amidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/55); new base C (3/2); total (35/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
CAAGCATCCCAAATACATGTTGTAGCTGTATATTTAAATGACATCGGTGAAGTTCCGCCATTGCATTATCATGTTTCCGATGCAACTGGACATACAGTCGAAGTTTCATTTA‑AAGAGGGTGAAGTGGTTATAAAAGATAATCCTATTGGTGTCTTAACAAATCATCCAGACTTAAATTGGCATTATAGTAATTTAAGACAATATATCAATATTTCTCCTTATCCAGCAACAGCAAATTTATTGGAAGGTGTAACGATTGAACCTTTAGGCAATGA > CP000730/321277‑321551 | caaGCATCCCAAATACATGTTGTAGCTGTATATTTAAATGACATCGGTGAAGTTCCGCCATTGCATTATCATGTTTCCGATGCAACTGGACATACAGTCGAAGTTTCATTTA‑AAGAGGGTGAAGTGGTTATAAAAGATAAt > 2:352811/1‑141 (MQ=255)caaGCATCCCAAATACATGTTGTAGCTGTATATTTAAATGACATCGGTGAAGTTCCGCCATTGCATTATCATGTTTCCGATGCAACTGGACATACAGTCGAAGTTTCATTTA‑AAGAGGGTGAAGTGGTTATAAAAGATAAt > 2:610267/1‑141 (MQ=255)caaGCATCCCAAATACATGTTGTAGCTGTATATTTAAATGACATCGGTGAAGTTCCGCCATTGCATTATCATGTTTCCGATGCAACTGGACATACAGTCGAAGTTTCATTTA‑AAGAGGGTGAAGTGGTTATAAAAGATAAt < 1:854714/141‑1 (MQ=255)caaGCATCCCAAATACATGTTGTAGCTGTATATTTAAATGACATCGGTGAAGTTCCGCCATTGCATTATCATGTTTCCGATGCAACTGGACATACAGTCGAAGTTTCATTTA‑AAGAGGGAGAAGTGGTTATAAAAGATAAt > 2:305924/1‑141 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1:328849/141‑1 (MQ=255) ggTGAAGTGGTTATAAAAGATAATCCTATTGGTGTCTTAACAAATCATCCAGACTTAAATTGGCATTATAGTAATTTAAGACAATATATCAATATTTCTCCTTATCCAGCAACAGCAAATTTATTGGAAGGTGTAACGAtt < 2:730995/141‑1 (MQ=255) ggTGAAGTGGTTATAAAAGATAATCCTATTGGTGTCTTAACAAATCATCCAGACTTAAATTGGCATTATAGTAATTTAAGACAATATATCAATATTTCTCCTTATCCAGCAACAGCAAATTTATTGGAAGGTGTAACGAtt < 2:819779/141‑1 (MQ=255) ggTGAAGTGGTTATAAAAGATAATCCTATTGGTGTATTAACAAATCATCCAGACTTAAATTGGCATTATAGTAATTTAAGACAATATATCAATATTTCTCCTTATCCAGCAACAGCAAATTTATTGGAAGGTGTAACGAtt < 2:948928/141‑1 (MQ=255) gTGAAGTGGTTATAAAAGATAATCCTATTGGTGTCTTAACAAATCATCCAGACTTAAATTGGCATTATAGTAATTTAAGACAATATATCAATATTTCTCCTTATCCAGCAACAGCAAATTTATTGGAAGGTGTAACGATTg < 2:904691/141‑1 (MQ=255) gTGAAGTGGTTATAAAAGATAATCCTATTGGTGTCTTAACAAATCATCCAGACTTAAATTGGCATTATAGTAATTTAAGACAATATATCAATATTTCTCCTTATCCAGCAACAGCAAATTTATTGGAAGGTGTAAAGATTg > 1:454/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aGATAATCCTATTGGTGTCTTAACAAATCATCCAGACTTAAATTGGCATTATAGTAATTTAAGACAATATATCAATATTTCTCCTTATCCAGCAACAGCAAATTTATTGGAAGGTGTAACGATTGAACCTTTAGGCAATGa < 1:825959/141‑1 (MQ=255) | CAAGCATCCCAAATACATGTTGTAGCTGTATATTTAAATGACATCGGTGAAGTTCCGCCATTGCATTATCATGTTTCCGATGCAACTGGACATACAGTCGAAGTTTCATTTA‑AAGAGGGTGAAGTGGTTATAAAAGATAATCCTATTGGTGTCTTAACAAATCATCCAGACTTAAATTGGCATTATAGTAATTTAAGACAATATATCAATATTTCTCCTTATCCAGCAACAGCAAATTTATTGGAAGGTGTAACGATTGAACCTTTAGGCAATGA > CP000730/321277‑321551 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |