| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 33,584 | C→T | 5.1% | intergenic (+240/‑128) | sasH → / → orfX | possible 5'‑nucleotidase/hypothetical protein OrfX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 33,584 | 0 | C | T | 5.1% | 292.6 / 2.7 | 99 | intergenic (+240/‑128) | sasH/orfX | possible 5'‑nucleotidase/hypothetical protein OrfX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/46); new base T (2/3); total (48/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.31e-01 | |||||||||||
CGAGGATAAGTAATAAGACATCAAGGTGTTTATCCACAGAAATGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCA > CP000730/33447‑33724 | cGAGGATAAGTAATAAGACATCAAGGTGTTTATCCACAGAAATGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCggg < 2:835034/141‑1 (MQ=255) gAGGATAAGTAATAAGACATCAAGGTGTTTATCCACAGAAATGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCCCAGAGATATCAACAGCTTCACAGGTTATACACTAAAAATCGGGc < 2:322422/141‑1 (MQ=255) gAGGATAAGTAATAAGACATCAAGGTGTTTATCCACAGAAATGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGc < 1:310683/141‑1 (MQ=255) gggATAAGTAATAAGACATCAAGGTGTTTATCCACAGAAATGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAAGTTATACACTAAAAATTGGGCa < 2:720704/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tAAGTAATAAGACATCAAGGTGTTTATCCACAGAAATGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATaaa > 2:800749/1‑141 (MQ=255) taataaGACATCAAGGTGTTTATCCACAGAAATGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTAACCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATTGGGCATAAATGTc < 2:168723/141‑1 (MQ=255) aataaGACATCAAGGTGTTTATCCACAGAAATGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCa < 1:1078337/141‑1 (MQ=255) aataaGACATCAAGGTGTTTATCCACAGAAATGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCa < 1:1078375/141‑1 (MQ=255) ataaGACNTCAAGGTGTTTATCCACAGAAATGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAg < 2:815392/141‑1 (MQ=255) ggACATCAAGGTGGGTAGCCAGAGAAAGGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGGACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTGATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGaa < 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(MQ=255) aaTGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAatata > 2:615702/1‑140 (MQ=255) ctgtggATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAAGTTATACACTAAAAATTGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTg > 2:228820/5‑141 (MQ=255) aTGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTg < 1:776140/141‑1 (MQ=255) ggggATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGt > 1:12645/1‑141 (MQ=255) ggggATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGt < 1:356553/141‑1 (MQ=255) gggATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGta > 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CGAGGATAAGTAATAAGACATCAAGGTGTTTATCCACAGAAATGGGGATAGTTATCCAGAATTGTGTACAATTTAAAGAGAAATACCCACAATGCCCACAGAGTTATCCACAAATACACAGGTTATACACTAAAAATCGGGCATAAATGTCAGGAAAATATCAAAAACTGCAAAAAATATTGGTATAATAAGAGGGAACAGTGTGAACAAGTTAATAACTTGTGGATAACTGGAAAGTTGATAACAATTTGGAGGACCAAACGACATGAAAATCACCA > CP000730/33447‑33724 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |