| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,146,840 | A→T | 10.6% | intergenic (‑51/+369) | USA300HOU_2030 ← / ← hld | hypothetical protein/delta‑hemolysin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,146,840 | 0 | A | T | 10.6% | 88.3 / 4.8 | 38 | intergenic (‑51/+369) | USA300HOU_2030/hld | hypothetical protein/delta‑hemolysin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/17); new base T (2/2); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.51e-01 | |||||||||||
CAGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAATTTTATTTATC > CP000730/2146711‑2146977 | cAGTAAGAATCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGTGGGTCTCATAATGAGGATTAACTCTCCCcttcttta > 1:76445/1‑139 (MQ=255) aGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCAt > 1:335030/1‑141 (MQ=255) aGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTATACAt < 2:136406/141‑1 (MQ=255) aGTAAGAACCCATTTCGCCCTGTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCAt < 1:43623/141‑1 (MQ=255) aaCCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCATGTCTCAGAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑aa‑‑‑a < 1:331425/141‑1 (MQ=255) ccATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑aa‑‑‑aaaa > 1:220664/1‑141 (MQ=255) cGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCcgc < 2:346908/141‑1 (MQ=255) gCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCcgcg < 1:404215/141‑1 (MQ=255) gCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGGCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCcgcg > 1:348192/1‑141 (MQ=255) cccTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGa > 1:32013/1‑141 (MQ=255) ccTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACATTTTCCAACATTAGACTTATGTATATATTTGAACGTCGGGTCTCAGAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAg > 1:87634/1‑141 (MQ=255) cTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGTGGGTCTCATAATGAGGATTAACTCTCCCCTTCTTTATTACAATAA‑‑‑AAAAGGCcgcg > 2:108470/1‑141 (MQ=255) gaatgaTTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGTCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAgggg > 2:187738/1‑141 (MQ=255) gaTTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCa > 1:250795/1‑141 (MQ=255) ttctCTTAATTAAATTGATTAATTTTATGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGGCTCCTAATGATTATTAATTCATTCCTTCTTTCTTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAACGCCGAGAATTTTGGACGGGcctcca > 2:144532/4‑136 (MQ=255) tttCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTTTTTTTTTTTAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATTATGATTAACTCATTCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAATGCCTCTATCTTTGGAGGGGTTCActa > 2:77462/1‑139 (MQ=255) cttacttaAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATCCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCa < 2:412640/141‑1 (MQ=255) ttaaATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACtt < 2:443600/141‑1 (MQ=255) ttGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTAATTAA‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACttattat < 2:86757/141‑1 (MQ=255) ttAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATTATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAg > 1:376165/1‑141 (MQ=255) aaTTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAggg < 2:419790/141‑1 (MQ=255) aTTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGa < 1:207838/141‑1 (MQ=255) tttactttttCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACTGCGGGTTTCATAATGAAGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCTAGCTTTGGAGGGGCTCACCACCATACTTATTATTAAAGGaaattt > 2:359263/7‑137 (MQ=255) ttttCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAg < 2:81448/141‑1 (MQ=255) ccAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTAt < 1:65808/141‑1 (MQ=255) gACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAAt > 1:84766/1‑141 (MQ=255) aCTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATc < 2:330587/141‑1 (MQ=255) tatTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTgggg > 2:64063/1‑141 (MQ=255) tAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCACTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGtt < 2:219169/141‑1 (MQ=255) tAACGGCGGGTCTAATAATGAGGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGAAGGGGCTTACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTGTCAATCTATTTTTGGGgttgtt < 2:199611/141‑1 (MQ=255) tttctcATAATGAGGCTTATCTCTCCCCTTTTTTATTACAATAA‑‑‑AAAAGGCCTCGAGGTTGGGAGGGGCTCACTACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTTGGGATGTTattaa < 2:337796/139‑1 (MQ=255) ggTCTCATAATGAGGATTAACTCTCACCTTCTTTATTAA‑‑‑AATATAAAAGGCCTCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTattaa < 2:337794/141‑1 (MQ=255) cccATAATGATGATTAACTCATCCCCTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGGTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGa > 2:239164/3‑141 (MQ=255) cATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGaaa > 1:410995/1‑141 (MQ=255) tAATGATGATTAACTCATCATTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGaaaaa < 1:229937/141‑1 (MQ=255) tgatTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAAtttt > 2:419586/1‑141 (MQ=255) aaCTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAATtttattta < 1:298194/141‑1 (MQ=255) cTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAATTTTATTTATc > 2:429961/1‑141 (MQ=255) | CAGTAAGAACCCATTTCGCCCTTTGCAAATGAATGATTTTCTTAATTAAATTGATTAATTTTTTGACCTTTTCCAACATTAGACTTATTCATATATTTTAACGGCGGGTCTCATAATGATGATTAACTCATCCCTTCTTCATTAC‑‑‑AA‑‑‑AAAAGGCCGCGAGCTTGGGAGGGGCTCACGACCATACTTATTATTAAGGGAATGTTTTACAGTTATTTTTTCAATCTATTTTTGGGGATGTTATTAATTATGAAAAAAATTTTATTTATC > CP000730/2146711‑2146977 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |