| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 36,581 | C→T | 34.4% | intergenic (‑30/‑493) | tpn ← / → USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 36,581 | 0 | C | T | 34.4% | 78.5 / 44.4 | 58 | intergenic (‑30/‑493) | tpn/USA300HOU_0028 | IS431mec transposase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/11); new base T (9/11); total (36/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.65e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
TTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTAT > CP000730/36441‑36710 | ttCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGCAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATAc < 2:353262/141‑1 (MQ=17) ttAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATaa > 2:206968/1‑141 (MQ=33) atatTTCAGATATATCACAATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAAtt < 2:264455/141‑1 (MQ=25) tCACGATAGCTCAATGAATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAg > 1:441216/1‑141 (MQ=12) cgagagcTCAATGCATATCTTAGTTAGTAGCCAACGTCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCAGACTGAAGACTCCTTTTGGTT‑AAAATTATATGATAAATTCAACTTGGCAACAGGAc < 2:339653/135‑1 (MQ=11) aTAGCTCAATGAATCTCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcct < 2:87522/141‑2 (MQ=255) tagcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGt < 1:194475/138‑1 (MQ=9) gaaCTCAATGCAGATCTTAGATAGGAGCCAACAGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAAGGGTTTATGTGTGAAATAGGTCATACAGAAGACTCCGTTTTGTT‑AAAATTAGACTATAAATTCAACTTGGCAACAGAACCgc > 2:11779/2‑140 (MQ=11) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGTACCAGAACCGtat > 1:355051/2‑141 (MQ=255) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat < 1:55524/140‑1 (MQ=12) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat > 2:80198/2‑141 (MQ=12) gcTCAATGCATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtat < 2:260222/140‑1 (MQ=12) cAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattat > 1:344436/1‑141 (MQ=255) atgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATGTTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttat > 1:431513/5‑137 (MQ=255) tgcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg > 1:206287/4‑136 (MQ=255) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTTAAAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatg > 2:46179/3‑136 (MQ=11) gcatatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatga > 1:286473/3‑135 (MQ=255) atatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATa < 1:5317/141‑1 (MQ=255) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTTAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagta < 1:210698/141‑10 (MQ=11) tatCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAAcctcctaactgtatta > 1:366780/1‑127 (MQ=11) atCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtac > 1:155771/1‑131 (MQ=255) cTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacac < 2:170464/141‑13 (MQ=11) cTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAgaga > 1:437625/1‑141 (MQ=255) ttAGATAGTAGCGAACGGCGAGAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTGTGCAACAGAACCGtattttatgagtacact < 2:409748/141‑14 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 1:308050/141‑15 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 1:129192/141‑15 (MQ=11) tAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATAGCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATATTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGtattttatgagtacactc < 1:243131/141‑15 (MQ=11) aTAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTg > 1:428972/1‑141 (MQ=255) gtagCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTa > 2:146942/1‑141 (MQ=255) agCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAAc > 1:194300/1‑141 (MQ=255) agCCAACGGCTACAGTGATAACAACCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAAc > 2:398298/1‑141 (MQ=255) gCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGTACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACa > 2:207505/1‑141 (MQ=255) cgttggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAtt > 2:251960/5‑141 (MQ=255) aaCGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATCGTGTATAGCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACAttt > 1:448849/1‑141 (MQ=255) cGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtat > 2:155299/1‑141 (MQ=255) ggCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTT‑ATTTTTTTACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTtata > 2:79414/1‑141 (MQ=18) tACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAg > 1:245196/1‑141 (MQ=255) aCAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAgg > 1:187579/1‑141 (MQ=255) gATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCAt < 2:142773/141‑1 (MQ=255) cATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATAc < 2:86266/141‑1 (MQ=255) aTCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACt > 1:342932/1‑141 (MQ=255) aTCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATGATACt > 2:370264/1‑141 (MQ=255) ccTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTa > 2:143967/1‑141 (MQ=255) cTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTaa < 2:347233/141‑1 (MQ=255) ttGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAg < 1:398298/141‑1 (MQ=255) gTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGtt > 2:332940/1‑141 (MQ=255) gTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGtt < 2:447634/141‑1 (MQ=255) tAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTa > 2:181424/1‑141 (MQ=255) tGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTTTT‑TTTTTTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTc > 2:50617/1‑141 (MQ=37) cTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACa > 2:261253/1‑141 (MQ=255) tGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAg < 2:274089/141‑1 (MQ=255) gAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑TAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGa > 2:146815/1‑141 (MQ=255) gAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGa < 2:236106/141‑1 (MQ=255) aGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACcac < 1:35125/141‑1 (MQ=255) aagaCTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAAcc > 2:95702/1‑141 (MQ=255) aagaCTCCTTGATGTA‑AAAAGTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCATATTATGGAATAGAAATATTGGTAACATGTATATAAGATCATTATACTTAAGTTTAATTTGGTTATTACACAACCACACATTACAAcc > 2:95645/1‑141 (MQ=37) ccTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCagaaga < 1:340178/141‑1 (MQ=255) ttttGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGaa > 1:419430/1‑141 (MQ=255) tt‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTAt > 1:362577/1‑141 (MQ=255) | TTCCCTTAATATTTCAGATATATCACGATAACTCAATGTATATCTTAGATAGTAGCCAACGGCTACAGTGATAACATCCTTGTTAAATTGTTTATATCTGAAATAGTTCATACAGAAGACTCCTTTTTGTT‑AAAATTATACTATAAATTCAACTTTGCAACAGAACCGTATTATGGAATAGAGATGTTGGTAACATTTATACAGGATCATTATACTTAAGTTTAATTTCGTTATTACAGAACCACACATTCCAACCAGAAGAGAAAGTAT > CP000730/36441‑36710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |