| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 89,761 | G→A | 10.8% | intergenic (‑805/+1940) | USA300HOU_0086 ← / ← USA300HOU_0089 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 89,761 | 0 | G | A | 10.8% | 102.1 / 3.2 | 37 | intergenic (‑805/+1940) | USA300HOU_0086/USA300HOU_0089 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/17); new base A (2/2); total (18/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.49e-01 | |||||||||||
AATTTATTTTCAGAATCCGGTCATCATTTTGATGCAATATTATTTCTCAAAGAAGATACAACATTACAAAATAATGTATATATTATACCTTTTGGACAAGCATATCATGATATAAATAATTTGATTGATTATGACTTCGGAATTGATTTTGCAGAAAGAGCAATCAAAAATGAAGACATAGTTAATAAAAATGTTAATTTTTTTCAACAAAACAGGCTTAAAGAGATTGTTAATTATAGAAGGAATAGTGTAGATTACGTTAGACCTTCAGAA > CP000730/89629‑89901 | aaTTTATTTTCAGAATCCGGTCATCATTTTGATGCAATATTATTTCTCAAAGAAGATACAACATTACAAAATAATGTATATATTATACCTTTTGGACAAGCATATCATGATATAAATAATTTGATTGATTATGACTTCGGa > 1:136889/1‑141 (MQ=255) atttTCAGAATCCGGTCATCATTTTGATGCAATATTATTTCTCAAAGAAGATACAACATTACAAAATAATGTATATATTATACCTTTTGGACAAGCATATCATGATATAAATAATTTGATTGATTATAACTTCGGAATTGa > 1:122377/1‑141 (MQ=255) atttTCAGAATCCGGTCATCATTTTGATGCAATATTATTTCTCAAAGAAGATACAACATTACAAAATAATGTATATATTATACCTTTTGGACAAGCATATCATGATATAAATAATTTGATTGATTATAACTTCGGAATTGa > 1:122369/1‑141 (MQ=255) cAGAATCCGGTCATCATTTGTATGCAATATTATTTCTCAAAGAAGATACAACATTACAAAATAATGTATATATTATACCTTTTGGACAAGCATATCATGATATAAATAATTTGATTGATTATGACTTCGGAATTGATTTTg < 1:115505/141‑1 (MQ=255) 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1:216369/141‑1 (MQ=255) tttGATTGATTATGACTTCGGAATTGATTTTGCAGAAAGAGCAATCAAAAATGAAGACATAGTTAATAAAAATGTTAATTTTTTTCAACAAAACAGGCTTAAAGAGATTGTTAATTATAGAAGGAATAGTGTAGATTACGt < 1:78695/141‑1 (MQ=255) tttGATTGATTATGACTTCGGAATTGATTTTGCAGAAAGAGCAATCAAAAATGAAGACATAGTTAATAAAAATGTTAATTTTTTTCAACAAAACAGGCTTAAAGAGATTGTTAATTATAGAAGGAATAGTGTAGATTACGt < 1:216192/141‑1 (MQ=255) gattATGACTTCGGAATTGATTTTGCAGAAAGAGCAATCAAAAATGAAGACATAGTTAATAAAAATGTTAATTTTTTTCAACAAAACAGGCTTAAAGAGATTGTTAATTATAGAAGGAATAGTGTAGATTACGTTAGACCt < 1:55709/141‑1 (MQ=255) ttATGACGTCGGAATTGATTTTGCAGAAAGAGCAATCAAAAATGAAGACATAGTTAATAAAAATGTTAATTTTTTTCAACAAAACAGGCTTAAAGAGATTGTTAATTATAGAAGGAATAGTGTAGATTACGTTAGACCTTc < 1:71821/141‑1 (MQ=255) gACTTCGGAATTGATTTTGCAGAAAGAGCAATCAAAAATGAAGACATAGTTAATAAAAATGTTAATTTTTTTCAACAAAACAGGCTTAAAGAGATTGTTAATTATAGAAGGAATAGTGTAGATTACGTTAGACCTTCAGaa > 2:296886/1‑141 (MQ=255) | AATTTATTTTCAGAATCCGGTCATCATTTTGATGCAATATTATTTCTCAAAGAAGATACAACATTACAAAATAATGTATATATTATACCTTTTGGACAAGCATATCATGATATAAATAATTTGATTGATTATGACTTCGGAATTGATTTTGCAGAAAGAGCAATCAAAAATGAAGACATAGTTAATAAAAATGTTAATTTTTTTCAACAAAACAGGCTTAAAGAGATTGTTAATTATAGAAGGAATAGTGTAGATTACGTTAGACCTTCAGAA > CP000730/89629‑89901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |