| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 543,160 | C→T | 7.5% | T150I (ACA→ATA) | mazG → | possible tetrapyrrole methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 543,160 | 0 | C | T | 7.5% | 156.5 / 2.6 | 54 | T150I (ACA→ATA) | mazG | possible tetrapyrrole methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/19); new base T (2/2); total (33/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
AGCAAAGGACAATACTGATATAGATGTGAAAGTTTTAGGTGGGAAAAGCTTTATTGATGATGTGTTTGAAGCAGTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCACTGGTGCACGAAGCGATGGTG > CP000730/543026‑543297 | aGCAAAGGACAATACTGATATAGATGTGAAAGTTTTAGGTGGGAAAAGCTTTATTGATGATGTGTTTGAAGCAGTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTaa > 2:427928/1‑141 (MQ=255) ggACAATACTGATATAGATGTGAAAGTTTTAGGTGGGAAAAGCTTTATTGATGATGTGTTTGAAGCAGTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAg > 2:280827/1‑141 (MQ=255) tACTGATATAGATGTGAAAGTTTTAGGTGGGAAAAGCTTTATTGATGATGTGTTTGAAGCAGTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAAAACTTAATGTTAGAACGCa > 2:160418/1‑141 (MQ=255) gATATAGATGTGAAAGTTTTAGGTGGGAAAAGCTTTATTGATGATGTGTTTGAAGCAGTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACa > 2:334331/1‑141 (MQ=255) 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1:256641/1‑141 (MQ=255) tATTGATGATGTGTTTGAAGCAGTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTtgctgc < 2:20371/141‑1 (MQ=255) tATTGATGATGTGTTTGAAGCAGTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAACGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTtgctgc > 2:391263/1‑141 (MQ=255) atgatgTGTTTGAAGCAGTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAAtt < 2:373906/141‑1 (MQ=255) gatgTGTTTGAAGCAGTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTg > 2:362981/1‑141 (MQ=255) gtgtTTGAAGCAGTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGaaa > 2:205592/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAAGGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATg > 1:456338/1‑141 (MQ=255) gTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATg > 1:30996/1‑141 (MQ=255) aaTGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGaa < 2:151661/141‑1 (MQ=255) gTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGa < 2:106281/141‑1 (MQ=255) gATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGttat > 2:243079/1‑141 (MQ=255) gATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGatat > 2:10024/1‑141 (MQ=255) gATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGatat > 1:296324/1‑141 (MQ=255) aaTGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCtgat > 1:39600/1‑141 (MQ=255) aaTGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCtgat < 2:217489/141‑1 (MQ=255) gCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTAcc > 1:156808/1‑141 (MQ=255) cTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTAccc > 2:5589/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGCGACATCATTACAAGAAGTAATACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCa < 2:446433/141‑1 (MQ=255) cGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCACTg > 2:72812/1‑141 (MQ=255) gACATCATTACAAGAAGTAATACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCACTgg < 2:278854/141‑1 (MQ=255) atcatTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCACTGGTGc > 2:68483/1‑141 (MQ=255) ttACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCACTGGTGCACGa > 1:103127/1‑141 (MQ=255) aCAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCACTGGTGCACGAAg < 1:72812/141‑1 (MQ=255) aCAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCACTGGTGCACGAAg < 1:375923/141‑1 (MQ=255) aCAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCACTGGTGCACGAAg < 1:19235/141‑1 (MQ=255) agTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCACTGGTGCACGAAGCGATgg > 1:266016/1‑141 (MQ=255) tAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCACTGGTGCACGAAGCGATGGTg < 2:404006/141‑1 (MQ=255) | AGCAAAGGACAATACTGATATAGATGTGAAAGTTTTAGGTGGGAAAAGCTTTATTGATGATGTGTTTGAAGCAGTTAATGTAGATCCAAATGATGGCTTCACACTGTTAGATGCGACATCATTACAAGAAGTAACACTTAATGTTAGAACGCATACATTGATTACGCAAGTTTATAGTGCAATGGTTGCTGCTAATTTGAAAATCACTTTAATGGAACGATATCCTGATGATTACCCTGTTCAAATTGTCACTGGTGCACGAAGCGATGGTG > CP000730/543026‑543297 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |