| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 770,855 | A→G | 13.5% | intergenic (+41/‑212) | ebsC → / → fruR | possible transcriptional regulator/DeoR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 770,855 | 0 | A | G | 13.5% | 81.2 / 7.0 | 37 | intergenic (+41/‑212) | ebsC/fruR | possible transcriptional regulator/DeoR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/13); new base G (2/3); total (21/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
TGGGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAGTGTT > CP000730/770727‑770991 | tggGCTTCGAACAATGCAAATCTCAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAAt > 2:319694/1‑141 (MQ=255) gggCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAAtt > 1:154106/1‑141 (MQ=255) tGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCa > 1:436850/1‑141 (MQ=255) aaaTCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTAAtct > 2:452011/1‑139 (MQ=255) 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(MQ=255) aagaaaggggCAAGCTTAGGAGTGTGACAGAGACCAACATTTCATAAAACTCATATCCGCCACACTCCTTATAGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAATATTAGAAAAAAACAATGTAAta > 2:153322/7‑140 (MQ=255) aGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAAttt > 2:133190/1‑141 (MQ=255) ggCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAGAAATTAAGTTTATCGTc < 1:104884/141‑1 (MQ=255) ggCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTc < 1:242340/141‑1 (MQ=255) ggCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTc < 2:76814/141‑1 (MQ=255) ggCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTACTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTc < 2:130858/141‑1 (MQ=255) cAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTcac < 2:56919/141‑1 (MQ=255) aGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGa < 2:122794/141‑1 (MQ=255) ggAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAg > 1:368982/1‑141 (MQ=255) tgtgACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAGTGtt < 1:150780/141‑1 (MQ=255) | TGGGCTTCGAACAATGCAAATCACAATAGCTGTTGAGGATTTGATTACAATAACTAAAGGCAAAATTGGAGCAGTTATCCATGAATGATTAATAACAACAAAAAGTATGGGGCAAGATTAGGAGTGTGACAGAGATGAAATTTTTATAAAATTCATTTCTGCCACACTCCTTTTTGATTGAATTAGCATTTTACGATCATAAACAGTCATTATAATTGAGTATTTGAACATAAAAATGTAATTTTATCGTCACAATTTGAGTGTT > CP000730/770727‑770991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |