| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,880,683 | A→T | 10.1% | V1512V (GTT→GTA) | fmtB1 ← | cell surface anchored protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,880,683 | 0 | A | T | 10.1% | 144.4 / 6.2 | 49 | V1512V (GTT→GTA) | fmtB1 | cell surface anchored protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/21); new base T (3/2); total (26/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTCGTAATATCTGTCATGGCTTGATTTACAAAT > CP000730/1880548‑1880821 | cGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGc > 2:124267/1‑141 (MQ=255) cTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCAt < 2:442547/141‑1 (MQ=255) cTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCAt > 1:365137/1‑141 (MQ=255) tGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTagca > 1:317975/1‑141 (MQ=255) tGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTagca > 2:137927/1‑141 (MQ=255) gATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAgctgc < 1:322999/141‑1 (MQ=255) aTGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAgctgct < 2:449292/141‑1 (MQ=255) aTGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAgctgct < 2:449295/141‑1 (MQ=255) tGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGctc < 2:77994/141‑1 (MQ=255) tGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGctc > 1:97959/1‑141 (MQ=255) aaTGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAata > 1:174575/1‑141 (MQ=255) gCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATgg > 1:197752/1‑141 (MQ=255) aCGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTc < 2:2737/141‑1 (MQ=255) tCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTc > 1:250195/1‑141 (MQ=255) attattCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCAGCTTGCTCTATTTCTTGCTTTTTAGCCTCATATTGTTGCTTTACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGTTCAGGCgctac > 2:302775/1‑137 (MQ=255) attattCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCAGCTTGCTCTATTTCTTGCTTTTTAGCCTCATATTGTTGCTTTACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGTTCAGGCgctac > 2:417665/1‑137 (MQ=255) tttttttAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTTTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCTCGCTTTTTAGCTTTATATTGTTTCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATTGTCTGGCGTCACTaa > 2:307760/7‑141 (MQ=255) ttCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTaaa < 1:264628/141‑1 (MQ=255) cTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCaa < 1:169884/141‑1 (MQ=255) cTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCaa < 1:137927/141‑1 (MQ=255) gATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCAGCTTGCTCTATTTCTTGCTTTTTAGCCTCATATTGTTGCTTTACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGTTCAGGCGCTACTAAAGCAATGCTAt < 1:341344/141‑1 (MQ=255) gATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCAGCTTGCTCTATTTCTTGCTTTTTAGCCTCATATTGTTGCTTTACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGTTCAGGCGCTACTAAAGCAATGCTAt < 2:364864/141‑1 (MQ=255) tttAAAGCAACATGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCa < 2:278078/141‑1 (MQ=255) aaGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAgcg < 1:48522/141‑1 (MQ=255) aCTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGa > 1:418040/1‑141 (MQ=255) aCTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGa > 1:152818/1‑141 (MQ=255) aCTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGa > 2:363787/1‑141 (MQ=255) aCTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGa > 2:397000/1‑141 (MQ=255) cTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCAGCTTGCTCTATTTCTTGCTTTTTAGCCTCATATTGTTGCTTTACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGTTCAGGCGCTACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGAc > 1:429216/1‑141 (MQ=255) tGTTTTTCTTCATCAGGCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACtt > 2:204606/1‑141 (MQ=255) cATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACttgtt < 1:399199/141‑1 (MQ=255) cATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACttgtt < 2:362767/141‑1 (MQ=255) cATGTTCCGCTCGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACttgtt < 1:365245/141‑1 (MQ=255) aTGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACttgttg < 1:339573/141‑1 (MQ=255) tGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACACTATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGa > 1:335211/1‑141 (MQ=255) gCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGtt < 2:328526/141‑1 (MQ=255) gCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCtat > 1:391697/1‑141 (MQ=255) cAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCtattat < 1:162647/141‑1 (MQ=255) cAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCtattat > 1:26570/1‑141 (MQ=255) aTTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTc < 2:26701/141‑1 (MQ=255) tAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTCGTAATATCTGTCa < 1:278911/141‑1 (MQ=255) aGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTCGTAATATCTGTCAt > 2:170061/1‑141 (MQ=255) gCTTCATATTGTTGCTTAACTGAATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTCGTAATATCTGTCATg > 2:152908/1‑141 (MQ=255) cTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTCGTAATATCTGTCATgg > 2:91275/1‑141 (MQ=255) ttCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTCGTAATATCTGTCATGGc > 1:291294/1‑141 (MQ=255) ttgCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTCGTAATATCTGTCATGGCTTGATTTAc < 1:11291/141‑1 (MQ=255) ttgCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTCGTAATATCTGTCATGGCTTGATTTAc > 1:101368/1‑141 (MQ=255) ttAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTCGTAATATCTGTCATGGCTTGATTTACAAAt < 2:127879/141‑1 (MQ=255) ttAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTCGTAATATCTGTCATGGCTTGATTTACAAAt > 1:127858/1‑141 (MQ=255) | CGCTATTGCTTGATCGATGTTTTGTAATGCACGTTTTTCATTATTCGCTAATTGATTTAAAGCAACTTGTTTTTCTTCATCAGTCGCATGTTCCGCTTGCTCAATTTCGCGCTTTTTAGCTTCATATTGTTGCTTAACTGCATCTCTAGCAGCTGCTCTAACAATATGGTCAGGCGTCACTAAAGCAATGCTATCAAGCGCTTGACTTGTTGTATCATCAACTTGTTGATTTGTTCTATTATTCGTAATATCTGTCATGGCTTGATTTACAAAT > CP000730/1880548‑1880821 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |