New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	= 895801	29 (0.810)	3 (0.100)	3/246	3.2	9.5%	coding (822/822 nt)	metQ	ABC superfamily ATP binding cassette transporter, binding protein
	?	CP000730	909758 =	32 (1.020)					intergenic (‑681/‑353)	ear/USA300HOU_0868	Ear protein/hypothetical protein
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

AAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCA  >  CP000730/909619‑909870                                                                                                                                            |                                                                                                                 aaaaaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTaaataaat                                                                                                                 <  1:29375/141‑1 (MQ=255)    aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCat                                                                                                              <  2:100621/141‑1 (MQ=255)    aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCat                                                                                                              <  1:187017/141‑1 (MQ=255)    aaGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGGATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCat                                                                                                              <  2:239218/141‑1 (MQ=255)     aGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCata                                                                                                             <  1:405412/141‑1 (MQ=255)      gggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCatat                                                                                                            >  2:265849/1‑141 (MQ=255)      gggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCatat                                                                                                            >  2:142901/1‑141 (MQ=255)      gggCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATGTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGGCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCCGCTAAATAcatcatgt                                                                                                            >  2:241332/1‑139 (MQ=255)               tttGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTc                                                                                                   >  1:164246/1‑141 (MQ=255)               tttGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAAGTTTATAAATGCGTATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTc                                                                                                   >  2:351234/1‑141 (MQ=255)                    aaCAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTaa                                                                                              >  1:345682/1‑141 (MQ=255)                        aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTg                                                                                          <  2:134529/141‑1 (MQ=255)                        aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTg                                                                                          <  1:193616/141‑1 (MQ=255)                        aaGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTg                                                                                          <  2:177632/141‑1 (MQ=255)                            gCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGt                                                                                      <  2:412294/141‑1 (MQ=255)                              aaGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTTCCGTGATGTTg                                                                                    <  2:323072/141‑1 (MQ=255)                              aaGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTg                                                                                    <  1:331067/141‑1 (MQ=255)                              aaGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTg                                                                                    <  2:57331/141‑1 (MQ=255)                                  gTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTgg                                                                                <  2:396405/141‑1 (MQ=255)                                  gTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTgg                                                                                <  2:40426/141‑1 (MQ=255)                                        ataataAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCtttt                                                                          <  1:48017/141‑1 (MQ=255)                                                ttATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTtttaatttaa                                                                  >  2:263085/1‑141 (MQ=255)                                                 tATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTaaa                                                                 <  2:381496/141‑1 (MQ=255)                                                                ataAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGa                                                  >  1:274395/1‑141 (MQ=255)                                                                  aaaTGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGata                                                <  2:119313/141‑1 (MQ=255)                                                                              aaCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATgag                                    <  1:124324/141‑1 (MQ=255)                                                                              aaCAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATgag                                    <  1:171739/141‑1 (MQ=255)                                                                                        tGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTAc                          >  2:88483/1‑141 (MQ=255)                                                                                         gATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACg                         <  1:389319/141‑1 (MQ=255)                                                                                               ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAACTAAATCATATTAATGGCTCAGTACCGTGATGTTGCTCGGATTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa                   <  1:351234/141‑1 (MQ=255)                                                                                               ccTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATaaa                   <  2:164246/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                aaTCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATatgca  <  1:274962/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                            |                                                                                                                 AAAAAGGGCATAATTTTGAAACAAAGGGCAAGGGTATGAATAATAAATTATCTTGAAAATTTTATAAATGCATATATAACAATGTTTTGATTGCCCTTGAACTTCCTTGATAATCTGGCTAATTATTCCTGCTAAATAAATCATATTAATGGCTCAGTAACGTGATGTTGCTGGGCTTTTTAATTTAAACAGGTATTTATATGATATTTAGGAATGAGATGCTATTACGGATAAAGTAAAATCCTATATGCA  >  CP000730/909619‑909870

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.