New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	CP000730	= 2376100	37 (1.030)	5 (0.140)	3/280	3.5	10.6%	coding (45/96 nt)	USA300HOU_2236	hypothetical protein
	?	CP000730	2376113 =	47 (1.310)					coding (32/96 nt)	USA300HOU_2236	hypothetical protein
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

TGCGACTGATGGTTTTTCAGCTAATATTAAAGATTTCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAATAAAATC  >  CP000730/2375985‑2376250                                                                                                                                 |                                                                                                                                          tGCGACTGATGGTTTTTCAGCTAATATTAAAGATTTCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTAt                                                                                                                               >  2:344949/1‑141 (MQ=255) ggCGACGGATGGTTTTTCAGCTAATATTAAAGGTTTCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATTTTGTAAATGTAt                                                                                                                               >  2:144176/2‑141 (MQ=255)    gACTGATGGTTTTTCAGCTAATATTAAAGATTTCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGt                                                                                                                            >  2:405395/1‑141 (MQ=255)                          atTAAAGATTTCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTaa                                                                                                      >  2:6222/1‑141 (MQ=255)                          atTAAAGATTTCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTaa                                                                                                      >  2:53308/1‑141 (MQ=255)                                    tCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGACCGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATAACTATTAACtttcatttt                                                                                            >  2:48777/1‑140 (MQ=255)                                    tCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACtttcatttc                                                                                            >  1:235995/1‑141 (MQ=255)                                    tCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACtttcatttc                                                                                            >  1:40756/1‑141 (MQ=255)                                    tCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACtttcatttc                                                                                            >  1:87637/1‑141 (MQ=255)                                    tCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACtttcatttc                                                                                            >  2:48469/1‑141 (MQ=255)                                     cATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACtttcatttca                                                                                           <  1:309413/141‑1 (MQ=255)                                      aTAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACtat                                                                              >  2:240926/1‑141 (MQ=255)                                       tAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGt                                                                                         <  1:209772/141‑1 (MQ=255)                                       tAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGt                                                                                         <  1:353362/141‑1 (MQ=255)                                          aTTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGTAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGa                                                                                      >  1:135221/1‑141 (MQ=255)                                                  ttCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATTATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACtat                                                                              <  1:92504/141‑1 (MQ=255)                                                  ttCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACtat                                                                              <  1:326202/141‑1 (MQ=255)                                                  ttCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACtat                                                                              <  1:262005/141‑1 (MQ=255)                                                    ctcATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCCTCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACtatat                                                                            <  1:184617/141‑1 (MQ=255)                                                    ctcATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACtatat                                                                            <  1:135767/141‑1 (MQ=255)                                                    ctcATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACtatat                                                                            <  1:12189/141‑1 (MQ=255)                                                    ctcATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACtatat                                                                            <  2:184436/141‑1 (MQ=255)                                                    ctcATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACtatat                                                                            <  2:313488/141‑1 (MQ=255)                                                    ctcATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACtatat                                                                            <  2:131384/141‑1 (MQ=255)                                                                      tCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAg                                                          <  1:113219/141‑1 (MQ=255)                                                                         aaCTTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGAc                                           <  2:6454/141‑1 (MQ=255)                                                                         aaCGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGAc                                           <  2:401932/141‑1 (MQ=255)                                                                         aaCGTGATTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAAAAAAAAAAAAAAAAAGTACGGAGGTAATGAc                                           <  2:401988/141‑1 (MQ=255)                                                                             tGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAg                                                   <  2:280069/141‑1 (MQ=255)                                                                             tGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAg                                                   <  1:318758/141‑1 (MQ=255)                                                                             tGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAg                                                   <  1:165677/141‑1 (MQ=255)                                                                             tGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTCCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAg                                                   <  1:356182/141‑1 (MQ=255)                                                                                         tCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGa                                       >  1:116020/1‑141 (MQ=255)                                                                                         tCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGa                                       >  1:94002/1‑141 (MQ=255)                                                                                          ccACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAg                                      <  2:17537/141‑1 (MQ=255)                                                                                               aaTCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAg                                 <  1:27659/141‑1 (MQ=255)                                                                                               aaTCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAg                                 >  1:117077/1‑141 (MQ=255)                                                                                                 tCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGCAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGtt                               <  1:145449/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                  ttctttgtcattgatgGGTTACGTTTATTGTAAGATGTTAATCTCACGATTAAATTTAATTTCAGTTTATTTTCTATCTAATAAAATGCTCAAAAATTCCTTAGGTCATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTac              <  2:403680/130‑1 (MQ=255)                                                                                                                    gATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTacac            >  1:159218/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                        gCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAAt        <  1:256029/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                        gCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAAt        <  2:392302/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                        gCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAAt        <  1:261332/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                        gCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAAt        <  1:261419/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                           aaTGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAATaaa     >  1:193115/1‑141 (MQ=255)                                                                                                                            atgatgTGTTATATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAATaaaa    <  1:48777/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                            atgatgTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAATaaaa    <  2:40756/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                            atgatgTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAATaaaa    <  1:48469/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                            atgatgTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAATaaaa    <  2:87637/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                            atgatgTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAAAAAAAGTAAAAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAATaaaa    <  2:235995/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                              gatgTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAATAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAATAAAATc  <  2:295762/141‑1 (MQ=255)                                                                                                                                 |                                                                                                                                          TGCGACTGATGGTTTTTCAGCTAATATTAAAGATTTCATAAATTATCCTTTCTCATACGTTCTTTTATTTCGAACGTGCTTCATCTATTCCACTAATCTTTGATTTAAATTCAATGATTGCAAATGATGTGTTAAATGTATTGTAACATGTTAATATCACTATTAACTTTCATTTCAGTTGAAATACTATATAATAAAAGTAACAAAAAGTACGGAGGTAATGACATGAGCATAGTTCAGTTATATGATATTACACAAATAAAATC  >  CP000730/2375985‑2376250

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.