Read alignment evidence... | |||||||||||
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Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
AGGTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCATTCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATTACAAATGG > CP000730/76158‑76432 | ggTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGCGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATGGAGTTATc > 2:72757/1‑141 (MQ=21) ggTTCTGTTGCAAAGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATc > 2:8128/1‑141 (MQ=35) tggttcAAAGATGAATAATTAATATAATTTTAACAAAAAGGAGTCGTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATGTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGTCTACTATCTAAGATAAGCATTGAACTATcaagat > 2:35588/6‑136 (MQ=11) aaaGTTGAATCTATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCt > 1:162111/1‑141 (MQ=35) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |