Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA CP000730 742,735 C→T intergenic (+572/‑2354) yetJ → / → sarX hypothetical membrane protein/possible staphylococcal accessory protein X

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP000730742,7350CT100.0% 94.9 / NA 31intergenic (+572/‑2354)yetJ/sarXhypothetical membrane protein/possible staphylococcal accessory protein X
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (15/16);  total (15/16)

TTGTAGATGTGGTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACCATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCAAAATCA  >  CP000730/742601‑742871
                                                                                                                                      |                                                                                                                                        
ttGTAGATGTGGTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATtata                                                                                                                                    <  1:43334/141‑1 (MQ=255)
          ggTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTtttatt                                                                                                                          <  2:363763/141‑1 (MQ=255)
          ggTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTtttatt                                                                                                                          <  2:48076/141‑1 (MQ=255)
               tttAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTatttattt                                                                                                                     <  1:226459/141‑1 (MQ=255)
                          tttGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTa                                                                                                          <  2:135225/141‑1 (MQ=255)
                                        aaaGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTa                                                                                            <  2:75013/141‑1 (MQ=255)
                                             agtGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAAttt                                                                                       <  1:202996/141‑1 (MQ=255)
                                              gtgtgtTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTa                                                                                      >  1:255186/1‑141 (MQ=255)
                                              gtgtgtTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTa                                                                                      >  2:366691/1‑141 (MQ=255)
                                                     ttCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTttaa                                                                               <  1:360967/141‑1 (MQ=255)
                                                          ttGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTaaa                                                                          <  1:175400/141‑1 (MQ=255)
                                                          ttGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTaaa                                                                          <  1:118222/141‑1 (MQ=255)
                                                           tGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAAt                                                                         <  1:300485/141‑1 (MQ=255)
                                                           tGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAAt                                                                         <  2:102850/141‑1 (MQ=255)
                                                           tGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAAt                                                                         <  2:406950/141‑1 (MQ=255)
                                                              aTAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAg                                                                      >  2:165117/1‑141 (MQ=255)
                                                                       ttaaACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTATATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAAtatt                                                             >  2:57066/1‑141 (MQ=255)
                                                                                  aCATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGa                                                  <  2:191591/141‑1 (MQ=255)
                                                                                    aTCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAATTAAGTTAAATATTATTGGGAATGATa                                                >  2:158649/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                      tAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAatat                              <  1:157166/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                         aTGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGa                           >  1:274014/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                               gatATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTTTTTTTTTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATTAGTTATATATTATAGGGAATGATAAATGTGGTATTTAAATATAGAAAGAgg                     >  2:377653/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                               gatATATAAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAgg                     >  2:193588/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                     taAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGt               >  1:52972/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                     taAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGt               >  1:103962/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                     taAGTTTAAAAATTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGt               >  1:331697/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             aaaaTTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCaa       >  1:274018/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             aaaaTTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCaa       >  1:241752/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             aaaaTTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCaa       >  1:157609/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                             aaaaTTAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCaa       >  1:386513/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                  tAACTATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCAAAATCa  <  1:384813/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      |                                                                                                                                        
TTGTAGATGTGGTCATTTAAAATTATTTTGAAAATACTAAAAAGTAGTGTGTTTTCAATTGGATAGTTTAATTAAACTGACTACATCTATTTTTGTAATATTTAAATGATTGATATATAAGTTTAAAAATTAACCATTATATAGTTTTATTTATTTTTGATTTGGTATTCGTATTGTGTTAAATTTACGTTTAATTAAATAAGTTAAATATTATAGGGAATGATAAAAGTGGTACTTAAATATAGAAAGAGGTAAAGTTATGGCAAAATCA  >  CP000730/742601‑742871

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: