| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | 368774 = | 75 (1.130) | 4 (0.060) | 4/256 | 8.4 | 5.5% | intergenic (+208/+70) | nagC/USA300HOU_0337 | possible transcriptional regulator/possible RpiR family transcriptional regulator |
| ? | CP000730 | 368825 = | 64 (1.000) | intergenic (+259/+19) | nagC/USA300HOU_0337 | possible transcriptional regulator/possible RpiR family transcriptional regulator | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGAGTGTCGCAATTTGTGTGTTGATA > CP000730/368688‑368964 | gtgCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAtt > 2:36912/1‑141 (MQ=255)gtgCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAtt < 1:66253/141‑1 (MQ=255)gtgCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGAtt < 1:238270/141‑1 (MQ=255) cACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAGAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGaa > 1:579502/1‑141 (MQ=255) cACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGaa > 1:109771/1‑141 (MQ=255) cACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGaa > 2:685875/1‑141 (MQ=255) gggCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATGTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAatat < 1:514043/141‑1 (MQ=255) taaattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAg < 1:735089/141‑1 (MQ=255) taaattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAg > 2:408947/1‑141 (MQ=255) aaattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATTAAAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAg > 2:2178/1‑141 (MQ=255) aaattGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGt > 2:191665/1‑141 (MQ=255) tGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTAtt < 1:467274/141‑1 (MQ=255) tGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTAtt < 2:209339/141‑1 (MQ=255) tGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTAtt < 2:41026/141‑1 (MQ=255) aagaagCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATttg > 2:549187/1‑141 (MQ=255) gaagCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATttgtt > 1:693355/1‑141 (MQ=255) gCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTc < 1:260865/141‑1 (MQ=255) cTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCt > 2:86806/1‑141 (MQ=255) tGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTa > 1:30755/1‑141 (MQ=255) agaTATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAgg < 2:241573/141‑1 (MQ=255) atatTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGat < 2:163535/141‑1 (MQ=255) atatTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGat < 2:30755/141‑1 (MQ=255) aaTTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGAt < 1:277809/141‑1 (MQ=255) aTTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGAtt < 2:693355/141‑1 (MQ=255) aGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTa < 2:177012/141‑1 (MQ=255) tGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGa < 1:758317/141‑1 (MQ=255) tGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGa < 1:337162/141‑1 (MQ=255) atTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGACTTAGTATGTTGATAAGTTTGACt > 2:317516/1‑141 (MQ=255) atTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGACTTAGTATGTTGATAAGTTTGACt < 1:317516/141‑1 (MQ=255) tttGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTc > 2:434324/1‑141 (MQ=255) ttGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCa > 1:217960/1‑141 (MQ=255) ttGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCa < 1:272158/141‑1 (MQ=255) tGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCat > 2:402133/1‑140 (MQ=255) tATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGAtt < 1:466148/141‑1 (MQ=255) tATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACCCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGAtt < 2:115291/141‑1 (MQ=255) tGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGt < 2:529365/141‑1 (MQ=255) tt‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGAtt < 1:467787/133‑1 (MQ=255) tt‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGAtt > 2:467787/1‑133 (MQ=255) tt‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTAtttt < 1:463576/141‑1 (MQ=255) t‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTc > 1:711508/1‑141 (MQ=255) cACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTAt < 1:7031/74‑1 (MQ=255) cACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTAt > 2:7031/1‑74 (MQ=255) cACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAAt > 2:484077/1‑141 (MQ=255) cACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAAt > 2:721215/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) atcgtgatTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTaaaaa > 1:763184/5‑141 (MQ=255) cGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAag < 1:180598/141‑1 (MQ=255) cGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAag < 1:180543/141‑1 (MQ=255) gatgatTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAaga > 2:696804/1‑141 (MQ=255) gatgatTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAaga < 2:217960/141‑1 (MQ=255) gatTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGAgtg > 2:81220/1‑141 (MQ=255) ttGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGAGTGTc < 2:96369/141‑1 (MQ=255) ttGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGAGTGTc < 1:434324/141‑1 (MQ=255) ttGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGAGTGTc < 1:323342/141‑1 (MQ=255) gTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGAGTGTCGc < 2:453866/141‑1 (MQ=255) gTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGAGTGTCGc < 2:493454/141‑1 (MQ=255) gTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGAGTGTCGc < 2:466431/141‑1 (MQ=255) gCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCAc > 2:66722/1‑107 (MQ=255) gCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCAc < 1:66722/107‑1 (MQ=255) ggTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGAGTGTCGCAATTTGTGTGTTg < 1:2178/141‑1 (MQ=255) gTGGATTTGAATATACTACTAGTTAGTTGTTGTCTAGGATAATAGAATTAGTATGTTGATAAGTTTGACCCAGAATCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGAGTGTGGCAATTTGTGTGTTGa > 2:499038/1‑141 (MQ=255) tgATTTTATTATACTGCTAGTTATTTGTGGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACGCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGTGTGTCGCAATTTGTGTGTTGATa < 2:671792/140‑1 (MQ=255) | GTGCCACGGGCAAATTAAATTGAAGAAGCTGAGATATTAAAATTTTAGAAAATGTAAAAAAATATTTGGTATTGAAATT‑AAAAAAGCACCTAGCAACTCGTTGGGACAATCACGATGATTGTCTACAGTTGCAGGTGGATTTGAATATACTACTAGTTATTTGTTGTCTAGGATAATAGATTTAGTATGTTGATAAGTTTGACTCAGATTCGTATTTTCTAATAAATGATAACTCACGATATCGATTAAAAAGAGTGTCGCAATTTGTGTGTTGATA > CP000730/368688‑368964 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |