| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 966,439 | A→G | 7.1% | S169S (TCA→TCG) | rexA → | ATP‑dependent nuclease Rex subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 966,439 | 0 | A | G | 7.1% | 162.3 / 4.6 | 56 | S169S (TCA→TCG) | rexA | ATP‑dependent nuclease Rex subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/20); new base G (2/2); total (34/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
GACCCGAACTTTAGAACAAGCAGTGAAGCTGAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCAACTTATTCAACT > CP000730/966308‑966579 | gACCCGAACTTTAGAACAAGCAGTGAAGCTGAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAga > 1:25345/1‑140 (MQ=255)gACCCGAACTTTAGAACAAGCAGTGAAGCTGAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGt > 1:304125/1‑141 (MQ=255)gACCCGAACTTTAGAACAAGCAGTGAAGCTGAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGt > 1:72895/1‑141 (MQ=255)gACCCGAACTTTAGAACAAGCAGTGAAGCTGAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGt > 1:87085/1‑141 (MQ=255) cGAACTTTAGAACAAGCAGTGAAGCTGAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGtgatg > 2:277182/1‑141 (MQ=255) cGAACTTTAGAACAAGCAGTGAAGCTGAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGtgatg > 2:181653/1‑141 (MQ=255) aGCTGAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTaa < 2:314815/141‑1 (MQ=255) aGCTGAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTaa < 2:79018/141‑1 (MQ=255) gAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACaa < 1:164946/141‑1 (MQ=255) gAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACaa < 1:153560/141‑1 (MQ=255) atatTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCGGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGt > 1:153974/1‑141 (MQ=255) atatTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCGGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGt > 1:128124/1‑141 (MQ=255) ttattattaGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTc > 2:458522/1‑141 (MQ=255) ttttttaaCGATAGATGAGGCCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTTTCTTCATATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGt > 2:299550/7‑141 (MQ=255) aGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGt > 2:232945/1‑141 (MQ=255) aGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGt < 2:210696/141‑1 (MQ=255) aGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCAAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGt > 1:145461/1‑141 (MQ=255) aaCGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGcaaa > 2:290429/1‑141 (MQ=255) aCGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGcaaat > 2:445511/1‑141 (MQ=255) aTAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGcaaatcca > 1:41199/1‑141 (MQ=255) aGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTa > 1:94782/1‑141 (MQ=255) aGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTa > 1:420753/1‑141 (MQ=255) aGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTa > 1:93079/1‑141 (MQ=255) ggTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTGTTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGTAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATACAAATCCTaa > 2:304697/1‑141 (MQ=255) aacaacATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAAttggt > 2:280394/1‑141 (MQ=255) aacaTTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAAttggttgg < 1:178909/141‑1 (MQ=255) aacaTTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAAttggttgg < 1:297950/141‑1 (MQ=255) caTTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGAt < 2:185612/141‑1 (MQ=255) ttACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCa > 2:268109/1‑141 (MQ=255) cGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGTGCAATTGTCTTCAGATAGAAGAGATGATAAGTTTCGAATACTTATTAAGCAAATGTATTTAATCAGCGTTGCAAATCCAATTCCTAAATATTGGTTGGAACagtg < 2:177594/141‑4 (MQ=255) cGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAAtt < 2:177481/141‑1 (MQ=255) cGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATAAAACAATTGTATGTCTTTAGCGTTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAATTGGTTGGATCAAtt < 2:44221/141‑1 (MQ=255) tatCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATTAAtattc > 1:302156/1‑137 (MQ=255) tatCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGAGCAGTTTCACATGATTATTAGACAAATGTATTTCTTTAGCGTTGCGAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATTAAtattc > 1:43385/1‑137 (MQ=255) gATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCa < 2:351798/141‑1 (MQ=255) tCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATa < 1:36285/141‑1 (MQ=255) tGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGGTAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAATTTGGTTGGATCAATTGGTGTCACCATACga > 2:365445/1‑141 (MQ=255) tGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACga > 2:279573/1‑141 (MQ=255) ttATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCGGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACgaagaag < 2:128124/141‑1 (MQ=255) ttATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCGGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACgaagaag < 2:153974/141‑1 (MQ=255) ttGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGaagaagaag > 1:297204/1‑141 (MQ=255) ttGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGaagaagaag > 2:277478/1‑141 (MQ=255) aaCAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCacaaca < 1:372078/141‑1 (MQ=255) aCAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCAcaacaa > 1:256907/1‑141 (MQ=255) aCAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCAcaacaa > 2:152809/1‑141 (MQ=255) aCAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCAcaacaa > 1:301848/1‑141 (MQ=255) aCAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGCGATGATCAGTATCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCGTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCAcaccaa > 1:302103/1‑141 (MQ=255) cAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAg > 2:438128/1‑141 (MQ=255) agCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAgcgc > 2:35194/1‑141 (MQ=255) gCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCa > 1:187397/1‑141 (MQ=255) aaTTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCAAc < 1:187821/141‑1 (MQ=255) ttGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCAACtt < 1:250249/141‑1 (MQ=255) gTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCAACTTAt < 2:87085/141‑1 (MQ=255) gTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCAACTTAt < 2:304125/141‑1 (MQ=255) gTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCAACTTAt < 2:72895/141‑1 (MQ=255) gTCTTCAGATAGAAGGGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCAACTTAt < 2:25345/141‑1 (MQ=255) aGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCAACTTATTCAact < 1:177474/141‑1 (MQ=255) aGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCAACTTATTCAact < 1:91441/141‑1 (MQ=255) aGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTAGTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCAACTTATTCAact < 1:92317/141‑1 (MQ=255) | GACCCGAACTTTAGAACAAGCAGTGAAGCTGAAAATATTTTATTATTAGAACAAACGATAGATGAGGTCATAGAACAACATTACGATATCCTTGATCCTGCTTTTATTGAATTAACAGAGCAATTGTCTTCAGATAGAAGTGATGATCAGTTTCGAATGATTATTAAACAATTGTATTTCTTTAGCGTTGCAAATCCAAATCCTAAAAATTGGTTGGATCAATTGGTGACACCATACGAAGAAGAAGCACAACAAGCGCAACTTATTCAACT > CP000730/966308‑966579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |