| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,540,760 | A→G | 10.3% | F146S (TTC→TCC) | gerC ← | trans‑hexaprenyltranstransferase subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,540,760 | 0 | A | G | 10.3% | 158.5 / 8.6 | 58 | F146S (TTC→TCC) | gerC | trans‑hexaprenyltranstransferase subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/21); new base G (3/3); total (34/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
ACAGTCTCTTTATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATCCCAT > CP000730/1540625‑1540897 | aCAGTCTCTTTATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGt < 1:111681/141‑1 (MQ=255)aCAGTCTCTTTATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGt < 1:155614/141‑1 (MQ=255)aCAGTCTCTTTATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGt < 1:131636/141‑1 (MQ=255) tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc > 1:429119/1‑141 (MQ=255) tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc > 1:233245/1‑141 (MQ=255) tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc > 1:346009/1‑141 (MQ=255) tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc > 2:102162/1‑141 (MQ=255) tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc > 1:196228/1‑141 (MQ=255) tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc > 1:244044/1‑141 (MQ=255) tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc > 1:210736/1‑141 (MQ=255) tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc > 1:310223/1‑141 (MQ=255) tATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGATAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTAc > 1:210703/1‑141 (MQ=255) agaAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAAc > 2:323028/1‑141 (MQ=255) aGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGGAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGAt > 1:242570/1‑141 (MQ=255) aGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGGAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGAt > 1:60525/1‑141 (MQ=255) aGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGGAAAGTTCATGGTGACTAACATCAACGAt > 1:370771/1‑141 (MQ=255) tGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTc > 2:293897/1‑141 (MQ=255) gCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCa > 1:30521/1‑141 (MQ=255) gCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCa < 2:336530/141‑1 (MQ=255) gCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCa < 2:336501/141‑1 (MQ=255) aCCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGa < 1:244131/141‑1 (MQ=255) cAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGata < 2:459870/141‑1 (MQ=255) cAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAAtt < 1:41549/141‑1 (MQ=255) cAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAAtt < 1:117538/141‑1 (MQ=255) cAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAAtt < 2:379547/141‑1 (MQ=255) tatTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTac > 1:401156/1‑141 (MQ=255) aaCAGTGCTGTTTTGCGATTGACACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAACTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCt < 2:354645/141‑1 (MQ=255) gTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTaa > 2:353891/1‑141 (MQ=255) gTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTaa > 2:53498/1‑141 (MQ=255) gTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTaa > 2:445158/1‑141 (MQ=255) tttGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCAt > 1:59854/1‑141 (MQ=255) aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg < 2:241152/141‑1 (MQ=255) aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg < 2:458477/141‑1 (MQ=255) aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg > 1:347059/1‑141 (MQ=255) aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg < 2:22814/141‑1 (MQ=255) aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg > 1:167056/1‑141 (MQ=255) aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg < 2:326954/141‑1 (MQ=255) aCGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAg > 1:144389/1‑141 (MQ=255) cgtcgtAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGt < 1:51403/141‑1 (MQ=255) ataattaattattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCTCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGc < 2:219597/141‑1 (MQ=255) taattaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGcc < 2:425452/141‑1 (MQ=255) aattaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCa > 2:131834/1‑141 (MQ=255) aattaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCa > 2:355538/1‑141 (MQ=255) aattaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCa < 2:254651/141‑1 (MQ=255) aattaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCa < 2:58227/141‑1 (MQ=255) attaataattGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCaa > 2:164954/1‑141 (MQ=255) ttGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAAt > 1:59206/1‑141 (MQ=255) tAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAg > 2:115405/1‑141 (MQ=255) aaaTTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGc > 1:18160/1‑141 (MQ=255) aaaTTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGc > 2:158131/1‑141 (MQ=255) aaaTTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGc > 2:449287/1‑141 (MQ=255) aTTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAg > 1:35252/1‑141 (MQ=255) aaaTTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATc > 2:386311/1‑141 (MQ=255) aaTTGGGAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATcc < 2:370771/141‑1 (MQ=255) aaTTGGGAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATcc < 2:242570/141‑1 (MQ=255) aaTTGGGAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATcc < 2:60525/141‑1 (MQ=255) aTTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATccc > 1:247746/1‑141 (MQ=255) tGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATCCCAt < 2:401156/141‑1 (MQ=255) | ACAGTCTCTTTATCAGATTGAGAAGTAATTGCACCAACTTCAGTTGATATTTGAATTAACAGTGCTGTTTTGCGATTGATACGTCGTAAATAATTAATAATTGTCTGTTGACTGTTAAATTGGTCTTGAAATTGGAAAAGTTCCCCTCTACAAACATCAACGATAGATTCAGATATCAATTGATGTACACGATTATCTTTAACGGCCATTAAGTGTTCAAGTCCTAATGCCAATAAAAAATTCCCAGTTAAAATAGCAGTTGTCTGATCCCAT > CP000730/1540625‑1540897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |