| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,776,059 | A→G | 6.7% | D155D (GAT→GAC) | clpX ← | S14 family endopeptidase ClpX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,776,059 | 0 | A | G | 6.7% | 161.1 / 4.9 | 60 | D155D (GAT→GAC) | clpX | S14 family endopeptidase ClpX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/30); new base G (2/2); total (28/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.55e-01 | |||||||||||
CTGAAACGTCACGTGTTATAGATGTGTTTTCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAAT > CP000730/1775920‑1776187 | gtggaacggggcGTGTTATAGATGTGTTTTCAGATTTACGTGCAGTTTTGTCGATGTCATCTACATAGATGATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGGCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAAGAAGATATTTTCAAcat < 2:348293/130‑1 (MQ=255)cTGAAACGTCACGTGTTATAGATGTGTTTTCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAAcat < 2:108354/141‑1 (MQ=255) tGAAACGTCACGTGTTATAGATGTGTTTTCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAAcatc > 1:174249/1‑141 (MQ=255) aCGTCACGTGTTATAGATGTGTTTTCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCg > 2:386458/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTGTGTTTTCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCtt > 1:380861/1‑141 (MQ=255) aTGTGTTTTCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCtt > 2:447760/1‑141 (MQ=255) aTGTGTTTTCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCtt > 2:347193/1‑141 (MQ=255) gtgtTTTCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCGGCGTCa < 1:129476/141‑1 (MQ=255) ttCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACACAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTaa > 1:332213/1‑141 (MQ=255) tCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTaaa > 1:50558/1‑141 (MQ=255) tCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGCCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTaaa > 1:355876/1‑141 (MQ=255) gATTTACGTGCAATTTNATCAATTTCATCNACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACtt > 1:258552/1‑141 (MQ=255) tttACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGt < 1:26848/141‑1 (MQ=255) aCGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGc > 1:176678/1‑141 (MQ=255) cGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTTTTTTTTTTCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCa > 2:401715/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ataaataaTACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCaa < 2:197828/141‑1 (MQ=255) ataaataaTACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCGTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCaa < 2:450515/141‑1 (MQ=255) taaataaTACCTTTTTCTTCTTTATTAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAAc > 2:393331/1‑141 (MQ=255) aaataaTACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACg < 2:329413/141‑1 (MQ=255) aaataaTACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACg < 2:61017/141‑1 (MQ=255) ataCCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTg > 2:147415/1‑141 (MQ=255) tttttCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTaa < 1:41526/141‑1 (MQ=255) ttttCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAg < 2:52480/141‑1 (MQ=255) ttttCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAg < 2:294004/141‑1 (MQ=255) ttttCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAg < 2:78869/141‑1 (MQ=255) tttttttttttaaTGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATTGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGtt > 2:97972/12‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCt < 2:333364/141‑1 (MQ=255) aTCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAATATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCtaa < 1:363178/141‑1 (MQ=255) aTCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCtaa > 2:287613/1‑141 (MQ=255) aTCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCtaa > 2:50032/1‑141 (MQ=255) aTCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCtaa < 1:302888/141‑1 (MQ=255) tCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTATTCTCAACATGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCtaat < 1:215855/141‑1 (MQ=255) tCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCCACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCtaat < 1:44974/141‑1 (MQ=255) tCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCtaat < 1:423326/141‑1 (MQ=255) aggcAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTAc < 2:176678/138‑1 (MQ=255) cAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCAc > 1:198166/1‑141 (MQ=255) cAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCAc > 1:253942/1‑141 (MQ=255) ctgctTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTAc < 2:350378/141‑1 (MQ=255) ctgctTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTAc < 2:302043/141‑1 (MQ=255) aTTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGc > 2:251954/1‑141 (MQ=255) aaTCTCAACAAGATATTTTCAACGTCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCa < 1:244379/141‑1 (MQ=255) aaTCTCAACAAGATATTTTCAACGTCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCa < 1:385568/141‑1 (MQ=255) aTCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCaa < 1:441890/141‑1 (MQ=255) aaGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCa > 2:225963/1‑141 (MQ=255) gATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAAt > 1:306335/1‑141 (MQ=255) | CTGAAACGTCACGTGTTATAGATGTGTTTTCAGATTTACGTGCAATTTTATCAATTTCATCTACATAAATAATACCTTTTTCGGCTTTATCAATGTCAAAGTCAGCTGCTTGAATTAATCTCAACAAGATATTTTCAACATCATCGCCTACATAACCAGCTTCAGTTAAACTTGTCGCATCTGCAATTGCAAATGGTACATTCAACGTCTTGGCTAAGGTTTGAGCTAATAATGTTTTACCACTACCTGTTGGCCCAATTAATGCAAT > CP000730/1775920‑1776187 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |