| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP000730 | 76,322 | G→A | 65.3% | intergenic (+380/‑754) | USA300HOU_0072 → / → USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 76,322 | 0 | G | A | 65.3% | 67.6 / 93.2 | 93 | intergenic (+380/‑754) | USA300HOU_0072/USA300HOU_0075 | universal stress protein/lysophospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/12); new base A (32/28); total (52/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
ATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATT > CP000730/76182‑76424 | ataGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCTGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAgg < 2:77234/141‑1 (MQ=17) atataATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGaa > 1:69751/2‑141 (MQ=12) taATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACgt > 2:71943/1‑141 (MQ=12) aaTTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACgtg > 2:1414/1‑141 (MQ=17) 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> 1:115163/1‑141 (MQ=255) gCTACTATCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGc > 2:83371/1‑141 (MQ=255) ctactaTCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCa < 1:1414/141‑1 (MQ=255) tactaTCTAAGATATGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGAAAGAAAAAGCAt < 2:61607/141‑1 (MQ=255) ctaTCTAAGATATGGATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATaa < 2:9089/141‑1 (MQ=255) ctaTCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATaa > 2:23799/1‑141 (MQ=35) 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(MQ=255) tatGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAAtt < 2:59926/141‑1 (MQ=40) tatGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAAtt < 2:58456/141‑1 (MQ=40) tatGCATTGAGCTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGAGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGATCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATaaaaaagcttat < 1:61510/141‑8 (MQ=11) | ATAGTATAATTTTAACAAAAAGGAGTCTTCTGTATGAACTATTTCAGATATAAACAATTTAACAAGGATGTTATCACTGTAGCCGTTGGCTACTATCTAAGATATGCATTGAGTTATCGTGATATATCTGAAATATTAAGGGAACGTGGTGTAAACGTTCATCAT‑TCAACGGTCTACCGTTGGGTTCAAGAATATGCCCCAATTTTATATCAAATTTGGAAGAAAAAGCATAAAAAGCTAATT > CP000730/76182‑76424 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |