| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 306,351 | C→A | 14.5% | A119E (GCG→GAG) | lytS → | sensor histidine kinase LytS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 306,351 | 0 | C | A | 14.5% | 90.5 / 6.6 | 29 | A119E (GCG→GAG) | lytS | sensor histidine kinase LytS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/13); new base A (2/2); total (13/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
GTTTAGATGATGATGTATCTTTAGCTAACACACGTGTATTAACGATAGGTGTCGCAGGATTAGTTGGTGGCCCTTTTGTAGGTCTATTTGTTGGCGTTATTTCAGGTATTTTCAGAGTGTATATGGGTGGGGCGGATGCACAAGTTTATCTTATCTCATCTATATTTATTGGTATAATTGCTGGTTATTTTGGCTTACAAGCTCAAAGACGCAAGCGTTACCCGAGTATTGCGAAAAGTGCCATGATTGGAATTGTTATGGAAATGATTC > CP000730/306219‑306488 | gTTTAGATGATGATGTATCTTTAGCTAACACACGTGTATTAACGATAGGTGTCGCAGGATTAGTTGGTGGCCCTTTTGTAGGTCTATTTGTTGGCGTTATTTCAGGTATTTTCAGAGTGTATATGGGTGGGGCGGATGcac < 1:157755/141‑1 (MQ=255) tATCTTTAGCTAACACACGTGTATTAACGATAGGTGTCGCAGGATTAGTTGGTGGCCCTTTTGTAGGTCTATTTGTTGGCGTTATTTCAGGTATTTTCAGAGTGTATATGGGTGGGGCGGATGCACAAGTTtatcttatct < 2:50148/141‑1 (MQ=255) aTCTTTAGCTAACACACGTGTATTAACGATAGGTGTCGCAGGATTAGTTGGTGGCCCTTTTGTAGGTCTATTTGTTGGCGTTATTTCAGGTATTTTCAGAGTGTATATGGGTGGGGAGGATGCACAAGTTTATCTTAtctc > 2:230158/1‑141 (MQ=255) aTCTTTAGCTAACACACGTGTATTAACGATAGGTGTCGCAGGATTAGTTGGTGGCCCTTTTGTAGGTCTATTTGTTGGCGTTATTTCAGGTATTTTCAGAGTGTATATGGGTGGGGAGGATGCACAAGTTTATCTTAtctc > 2:185398/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ggggCGGATGCACAAGTTTATCTTATCTCATCTATATTTATTGGTATAATTGCTGGTTATTTTGGCTTACAAGCTCAAAGACGCAAGCGTTACCCGAGTATTGCGAAAAGTGCCATGATTGGAATTGTTATGGAAATGAtt < 1:182742/141‑1 (MQ=255) gggCGGATGCACAAGTTTATCTTATCTCATCTATATTTGTTGGTATAATTGCTGGTTATTTTGGCTTACAAGCTCAAAGACGCAAGCGTTACCCGAGTATTGCGAAAAGTGCCATGATTGGAATTGTTATGGAAATGATTc > 2:256290/1‑141 (MQ=255) | GTTTAGATGATGATGTATCTTTAGCTAACACACGTGTATTAACGATAGGTGTCGCAGGATTAGTTGGTGGCCCTTTTGTAGGTCTATTTGTTGGCGTTATTTCAGGTATTTTCAGAGTGTATATGGGTGGGGCGGATGCACAAGTTTATCTTATCTCATCTATATTTATTGGTATAATTGCTGGTTATTTTGGCTTACAAGCTCAAAGACGCAAGCGTTACCCGAGTATTGCGAAAAGTGCCATGATTGGAATTGTTATGGAAATGATTC > CP000730/306219‑306488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |