| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 2,510,547 | G→A | 13.8% | intergenic (+669/‑404) | USA300HOU_2370 → / → USA300HOU_2372 | hypothetical protein/MerR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,510,547 | 0 | G | A | 13.8% | 78.4 / 4.8 | 29 | intergenic (+669/‑404) | USA300HOU_2370/USA300HOU_2372 | hypothetical protein/MerR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/12); new base A (2/2); total (15/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 | |||||||||||
CTTGGAGATCGCCAAAAACCACTTATGTATCTAAATAAAAATCGCGGTGGTGATGGTGGCATACCAGGTTATATTATGATTTATTTAGTGCCGAGTACAAGTACAATTAATTCTATGAAAAGCTTAATTGCACATGAAGTAAATCATAATATGCGCTATCAATATATTGATTGGGATGGCGGAAGTTTGATTGAATTGATTATTGCAGAAGGATTAGCTGAAAACTATGTAGAATCATTGTATGGTAAAGCGCATATTGGACCGTGGGTAACA > CP000730/2510412‑2510684 | cTTGGAGATCGCCAAAAACCACTTATGTATCTAAATAAAAATCGCGGTGGTGATGGTGGCATACCAGGTTATATTATGATTTATTTAGTGCCGAGTACAAGTACAATTAATTCTATGAAAAGCTTAATTGCACATGAAGTa > 1:591/1‑141 (MQ=255) aaaaaCCACTTATGTATCTAAATAAAAATCGCGGTGGTGATGGTGGCATACCAGGTTATATTATGATTTATTTAGTGCCGAGTACAAGTACAATTAATTCTATGAAAAGCTTAATTGCACATGAAGTAAATCATAATATgc < 2:155982/141‑1 (MQ=255) aaaaaCCACTTATGTATCTAAATAAAAATCGCGGTGGTGATGGTGGCATACCAGGTTATATTATGATTTATTTAGTGCCGAGTACAAGTACAATTAATTCTATGAAAAGCTTAATTGCACATGAAGTAAATCATAATATgc < 2:100877/141‑1 (MQ=255) ccACTTATGTATCTAAATAAAAATCGCGGTGGTGATGGTGGCATACCAGGTTATATTATGATTTATTTAGTGCCGAGTACAAGTACAATTAATTCTATGAAAAGCTTAATTGCACATGAAGTAAATCATAATATGCGCTAt < 2:61494/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) caTGAAGTAAATCATAATATGCGCTATCAATATATTGATTGGGATGGCGGAAGTTTGATTGAATTGATTATTGCAGAAGGATTAGCTGAAAACTATGTAGAATCATTGTATGGTAAAGCGCATATTGGACCGTGGGTAACa > 1:86591/1‑141 (MQ=255) caTGAAGTAAATCATAATATGCGCTATCAATATATTGATTGGGATGGCGGAAGTTTGATTGAATTGATTATTGCAGAAGGATTAGCTGAAAACTATGTAGAATCATTGTATGGTAAAGCGCATATTGGACCGTGGGTAACa > 1:31096/1‑141 (MQ=255) | CTTGGAGATCGCCAAAAACCACTTATGTATCTAAATAAAAATCGCGGTGGTGATGGTGGCATACCAGGTTATATTATGATTTATTTAGTGCCGAGTACAAGTACAATTAATTCTATGAAAAGCTTAATTGCACATGAAGTAAATCATAATATGCGCTATCAATATATTGATTGGGATGGCGGAAGTTTGATTGAATTGATTATTGCAGAAGGATTAGCTGAAAACTATGTAGAATCATTGTATGGTAAAGCGCATATTGGACCGTGGGTAACA > CP000730/2510412‑2510684 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |