| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 1,063,805:1 | +T | 72.3% | coding (684/1218 nt) | USA300HOU_1000 ← | LytR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 1,063,804 | 1 | . | T | 72.3% | 106.4 / 45.9 | 47 | coding (685/1218 nt) | USA300HOU_1000 | LytR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (9/4); new base T (19/15); total (28/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.51e-01 | |||||||||||
ATTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTAT > CP000730/1063665‑1063938 | aTTTCAACATCATTTGTTAAGTACGTTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑t > 1:486446/1‑141 (MQ=255) catcatTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑Ttaaaatt > 1:96309/1‑138 (MQ=255) tttGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCttaat < 1:599274/141‑1 (MQ=255) gTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTATTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACATCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCttaattaa > 2:371175/1‑141 (MQ=255) tGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGtt > 2:463594/1‑141 (MQ=255) tGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAACATCTTAATTAATTCCCTTTAACGttt > 1:240103/1‑140 (MQ=255) aaaGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAAGAGAATCAACTTCC‑CGGGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTcc < 1:140847/141‑1 (MQ=255) aaaGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCAGTTGTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTcc < 1:621101/141‑1 (MQ=255) aaGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTcga > 2:231635/1‑139 (MQ=255) aGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCAc < 2:233026/141‑1 (MQ=255) cTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGt < 2:141770/141‑1 (MQ=255) ttAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGCTTTTTTTTTT‑TTTTTTCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTTCACGttt > 2:600471/1‑141 (MQ=255) ttAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGttt > 2:364813/1‑141 (MQ=255) ttAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGatt > 2:512932/1‑141 (MQ=255) tAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGtttt > 2:252133/1‑141 (MQ=255) tttCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTCATTAATTACATTTGACGTTGTCCACGTTTTCAg > 2:649001/1‑141 (MQ=255) tttCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTAAAg > 2:442087/1‑141 (MQ=255) gttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATc > 1:574452/1‑141 (MQ=255) ttagttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATc > 2:382579/1‑141 (MQ=255) gttaAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCatga > 2:362106/1‑141 (MQ=255) taAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCatgat < 2:659788/141‑1 (MQ=255) aaaTTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCatgatg > 1:655419/1‑141 (MQ=255) aaaTTATGCTTTCCATTGTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATATAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTAGAATTAAAATATTAATTAATTCCACTTTACGTTGTCAACGTTTAACGTCTGCATctagctg > 2:55877/1‑135 (MQ=255) tttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTACGTCTGAATCATGATGTGTAGTTCTAGCaaa > 2:481214/1‑140 (MQ=255) tttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACt > 1:364292/1‑141 (MQ=255) ttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACt > 1:143792/1‑141 (MQ=255) ttttACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTg > 2:667076/1‑141 (MQ=255) tttACCTACAATTTGAATCACGTTATAAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTg > 2:113655/1‑141 (MQ=255) aTTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtc < 1:115023/141‑1 (MQ=255) aTTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtc < 1:173533/141‑1 (MQ=255) tctGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTTC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCtca < 1:411691/139‑1 (MQ=255) aTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTACAATCTTAATTAATTCCATTTGACATTGTCCACGTTTTATGTCCGAATCATGATGTCTCGTTGTGGCAACTGCTCACCACTCATCAcc > 1:169297/1‑141 (MQ=255) aTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCAcc < 2:284348/141‑1 (MQ=255) aTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCAcc > 2:56023/1‑141 (MQ=255) aTCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCa < 2:361726/141‑1 (MQ=255) aGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTgg < 1:83579/141‑1 (MQ=255) ttATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTa < 2:293885/141‑1 (MQ=255) ttATCAATAGAAGCAACTTCCTTGTCT‑TTTGTGAAT‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTCTTAAGCCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTa < 2:201609/141‑1 (MQ=255) tAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTAAATTGGGATGGGTACAACCGTGGTGGTTAAATCATGATGTCTGGTTCTGGCAACGGCTAAAGCCTCATCGCCATGTAATTTTTGGTACCCtttt > 1:657260/1‑141 (MQ=255) tAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCttttt > 2:595111/1‑141 (MQ=255) aGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCtttttt < 2:259525/141‑1 (MQ=255) cAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaatt < 1:252133/141‑1 (MQ=255) aaCTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaattt < 1:308086/141‑1 (MQ=255) aCTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaatttta > 2:91031/1‑141 (MQ=255) tCC‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTttttaattttact > 2:289717/1‑139 (MQ=255) cc‑TGTGC‑TTTTTGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATc > 1:640477/1‑141 (MQ=255) ttGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTat < 2:650263/141‑1 (MQ=255) ttGGAATTAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTat < 2:462950/141‑1 (MQ=255) | ATTTCAACATCATTTGTTAAGTACATTTTTGCTAAAGCTTTAATTTCAGAGTTAGTTAAATTATGCTTTGCATTTTTACCTACAATTTGAATCACGTTATCAAGTTTATCAATAGAATCAACTTCC‑TGTGC‑TTTTTGGAA‑TAAAATCTTAATTAATTCCATTTGACGTTGTCCACGTTTTAAGTCTGAATCATGATGTCTAGTTCTAGCAACTGCTAAAGCCTCATCACCATTTAATTTTTGGTACCCTTTTTTAATTTTAATCTTACCAGTAT > CP000730/1063665‑1063938 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |