BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP000730	36,119	C→T	33.5%	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026 ←	IS431mec transposase

Read alignment evidence...
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*	CP000730	36,119	0	C	T	33.5%	888.6 / inf	820	V145I (GTA→ATA)	USA300HOU_0026	IS431mec transposase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (271/270); new base T (144/130); total (418/402)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 827 total aligned reads displayed.

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCG  >  CP000730/35979‑36230

  ttcaaGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAAGAGGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACtt                                                                                                               <  1:18684/138‑1 (MQ=255)

  ttAAAGTATTCTTTCCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACtt                                                                                                               >  1:366780/1‑141 (MQ=255)

    aaaGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTa                                                                                                             >  2:90055/1‑141 (MQ=255)

    aaaGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTa                                                                                                             >  1:596285/1‑141 (MQ=255)

    aaaGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTa                                                                                                             >  1:218211/1‑141 (MQ=255)

    aaaGTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTa                                                                                                             >  1:556844/1‑141 (MQ=255)

       gTATTCTTTGCCGTATTTATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                          <  1:253694/141‑1 (MQ=255)

       gTATTCTTTGCCGTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGcc                                                                                                          <  2:413381/141‑1 (MQ=255)

         aTTCTTTTCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCATTGAGGTTATTAGGATCTTACAATTTACAATGACATTCAGGTTTGAGTTTTAAACCTTTTATTTCTTTAGACAt                                                                                                        >  1:653845/1‑141 (MQ=14)

         aTTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAt                                                                                                        >  1:501399/1‑141 (MQ=255)

         aTTCTTTGCTGTATTGAAAATTTGATACATTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTGGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCAAt                                                                                                        >  2:624148/1‑141 (MQ=11)

          ttCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGCCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCAtt                                                                                                       >  1:95066/1‑141 (MQ=255)

            cTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTTATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGc                                                                                                     <  1:586037/141‑1 (MQ=255)

               tgccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCtgc                                                                                                  >  1:623350/5‑139 (MQ=255)

                 ccgTATTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTCGCCATTGCTGCCt                                                                                                >  2:112080/3‑141 (MQ=255)

                 cTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCt                                                                                                <  1:485493/141‑1 (MQ=255)

                     aTTGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGt                                                                                            <  1:170047/141‑1 (MQ=255)

                      ttGATACTTTGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTTCTGCCTTCGtt                                                                                           >  1:210154/1‑141 (MQ=255)

                      ttGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGGGATCTTGCTCAGTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGtt                                                                                           >  2:332364/1‑141 (MQ=255)

                              ttGATATTTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGCCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGc                                                                                   <  2:230785/141‑1 (MQ=11)

                               tGATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGcc                                                                                  <  1:295866/141‑1 (MQ=255)

                                gATCCCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                 <  2:380620/141‑1 (MQ=255)

                                gATATCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                 <  1:667946/141‑1 (MQ=255)

                                gATACTTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                 <  2:31587/141‑1 (MQ=255)

                                gATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTAGTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCt                                                                                 <  2:130435/141‑1 (MQ=255)

                                  tACCTTGTCTGTCTTACTTTAAGAGGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTACGTTTACCTGCACTTGGGACATTAACCATTGCTACCTTCGTTTAAGGTGCCTGa                                                                               >  2:138763/1‑141 (MQ=11)

                                       tGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGt                                                                          <  1:645427/141‑1 (MQ=255)

                                        gTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTa                                                                         <  1:143899/141‑1 (MQ=255)

                                           tttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGCACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATCGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaact                                                                      <  2:439158/141‑3 (MQ=11)

                                            ttcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGGTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTa                                                                     <  1:463416/141‑1 (MQ=255)

                                             tcttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTaaatcc                                                                    >  2:550439/1‑137 (MQ=255)

                                             tcttACTTTAATATGACGGTGACCTTGCTCAATGAGGTTATCCAGATATTTCGATGTACAATAGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGGTCTgcacttcc                                                                    >  1:304354/1‑134 (MQ=11)

                                              cttACTTTAATATGCCGGTGAAATTGCTCAATGAGGTTAGTCAGATATGTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTGATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc                                                                   >  2:556823/1‑141 (MQ=14)

                                              cttACTTTAATATGACGGTGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCATTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc                                                                   >  1:404015/1‑141 (MQ=255)

                                              cttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTAcc                                                                   >  2:187634/1‑141 (MQ=255)

                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                  >  2:374041/1‑141 (MQ=255)

                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                  >  1:536257/1‑141 (MQ=255)

                                               ttACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCt                                                                  >  1:542417/1‑141 (MQ=255)

                                                tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCtt                                                                 >  1:351231/1‑141 (MQ=255)

                                                tACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCtt                                                                 <  1:380207/141‑1 (MQ=255)

                                                tACTATAATATGACGGTGATCTTGCTCAGTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTGTTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTTACTACCtt                                                                 >  2:242626/1‑141 (MQ=11)

                                                 aCTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGCTATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCttt                                                                >  2:572626/1‑141 (MQ=255)

                                                  cTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCtttt                                                               <  2:657205/141‑1 (MQ=255)

                                                    ttAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTgg                                                             >  2:151691/1‑140 (MQ=25)

                                                     tAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAg                                                            >  2:120034/1‑141 (MQ=255)

                                                       atatGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACTATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAggc                                                          <  2:598556/141‑2 (MQ=255)

                                                          tGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTa                                                       <  2:615533/141‑1 (MQ=21)

                                                           gACGGTGACCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAc                                                      <  1:100669/141‑1 (MQ=255)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTCGCTTCGTTGACGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                     >  1:514345/1‑141 (MQ=11)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTCATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                     >  1:278931/1‑141 (MQ=255)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                     >  2:26384/1‑141 (MQ=255)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                     >  2:584814/1‑141 (MQ=25)

                                                            aCGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTAcc                                                     >  1:525630/1‑141 (MQ=21)

                                                             cGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCa                                                    <  1:260114/141‑1 (MQ=255)

                                                              ggTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCaa                                                   <  1:125904/141‑1 (MQ=11)

                                                               gTGATCTTGCTCGATGAGGTTATTCAGCTATTTCGAGGTACAATGACAGTCAGGGTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGACGGTGCCTGATCCGTCACTAACTGGTGAGGCTTAGCaca                                                  >  2:500931/1‑139 (MQ=11)

                                                               gTGATCTTGCTCACTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCaaa                                                  <  2:478984/141‑1 (MQ=12)

                                                                tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAt                                                 >  2:346468/1‑141 (MQ=17)

                                                                tGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAAt                                                 <  2:304453/141‑1 (MQ=255)

                                                                 gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAAtt                                                >  2:449476/1‑141 (MQ=17)

                                                                 gATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAACAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAAtt                                                <  1:449348/141‑1 (MQ=11)

                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAGGGTGCCTGATCTGTAACTACCTGTTGAGGCTTACCaacatgt                                              >  1:61314/1‑136 (MQ=11)

                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGt                                              >  1:389813/1‑141 (MQ=32)

                                                                   tCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGAAAATTCGATCTACAATGACAGTCATGGTTAAGTGGCAAGGCTTTAATTATCTGAGCCATCGCTGCCATCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGt                                              >  2:460142/1‑141 (MQ=11)

                                                                    cTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGtt                                             <  2:214828/141‑1 (MQ=17)

                                                                     ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGttt                                            >  2:465707/1‑141 (MQ=12)

                                                                     ttGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCGTGATCTGTAACTACCTTTTGAGACTTACCAAAtttttt                                            >  1:492662/1‑141 (MQ=11)

                                                                       gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                          <  1:81279/141‑1 (MQ=17)

                                                                       gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                          <  1:422732/141‑1 (MQ=17)

                                                                       gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTaa                                          >  2:36272/1‑141 (MQ=17)

                                                                       gCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTaa                                          >  1:438083/1‑141 (MQ=255)

                                                                        cTCAGTGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGACGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                         <  2:427086/141‑1 (MQ=255)

                                                                        cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTCAAt                                         <  2:390023/141‑1 (MQ=12)

                                                                        cTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAAt                                         >  2:51304/1‑141 (MQ=11)

                                                                        cTCAAGGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAAt                                         <  1:287010/141‑1 (MQ=12)

                                                                          cAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATga                                       >  2:357499/1‑141 (MQ=255)

                                                                                ggTTATTCTGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTACTTACTTTAACCCTTGCTCCCTTCGTTGTAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                 <  2:73216/141‑1 (MQ=11)

                                                                                ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                 >  1:394813/1‑141 (MQ=17)

                                                                                ggTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtt                                 <  2:160559/141‑1 (MQ=255)

                                                                                  ttATTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGtttt                               >  2:39758/1‑140 (MQ=12)

                                                                                    aTTCAGATATTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAGGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGAt                             >  2:20618/1‑141 (MQ=255)

                                                                                         gATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACg                        >  1:567090/1‑141 (MQ=11)

                                                                                           tatTTCGATTGACCATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCa                      <  1:109882/141‑1 (MQ=11)

                                                                                            atTTCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                     <  1:158581/141‑1 (MQ=17)

                                                                                            atTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATGATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCat                     <  2:274919/141‑1 (MQ=11)

                                                                                             tttCGATGTACAATGATAGTTAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCata                    <  2:292384/141‑1 (MQ=11)

                                                                                             tttCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCata                    >  1:230768/1‑141 (MQ=255)

                                                                                              ttCGATGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCatat                   <  2:667246/141‑1 (MQ=17)

                                                                                                cGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGc                 <  1:197844/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                 gATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCt                >  1:414477/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                  aTGTACAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg               >  2:542001/1‑141 (MQ=12)

                                                                                                  aTGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTg               >  1:572290/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                   tGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGa              >  2:632945/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                       cAATGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCCGAATGa          <  1:237104/141‑1 (MQ=12)

                                                                                                       cAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGa          >  2:494316/1‑141 (MQ=11)

                                                                                                        aaTGGCAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAACCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAt         >  1:373387/1‑141 (MQ=2)

                                                                                                         atcaCAGTCAGGTTTCAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGAtt        <  2:528353/138‑1 (MQ=1)

                                                                                                         aTGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGAAATAGGATAAACGCATATGCTGAATGAtt        <  1:322381/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                           gACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTTTTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTAt      <  2:175630/141‑1 (MQ=11)

                                                                                                           gACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTATTTTAGCCATTGCTGCCTTCGTTGAAGGTGCATGATCTGTAACTACCTTTTGAGGCTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAACCGCATATGCTGAATGATTAt      >  2:837/1‑141 (MQ=11)

TTTTAAAGTATTCTTTGCTGTATTGATACTTTGATACCTTGTCTTTCTTACTTTAATATGACGGTGATCTTGCTCAATGAGGTTATTCAGATATTTCGATGTACAATGACAGTCAGGTTTAAGTTTAAAAGCTTTAATTACTTTAGCCATTGCTACCTTCGTTGAAGGTGCCTGATCTGTAATTACCTTTTGAGGTTTACCAAATTGTTTAATGAGACGTTTGATAAACGCATATGCTGAATGATTATCTCG  >  CP000730/35979‑36230

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`