| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 39,378 | C→T | 100% | D586N (GAT→AAT) | mecA ← | penicillin binding protein 2 prime |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 39,378 | 0 | C | T | 100.0% | 173.1 / NA | 53 | D586N (GAT→AAT) | mecA | penicillin binding protein 2 prime |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (27/26); total (27/26) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AATAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATCTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCATT > CP000730/39241‑39513 | aaTAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCCTAAGATCTATAAATAttttt > 2:529822/1‑140 (MQ=255)aaTAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGAGCTATAAATAttttt > 1:83204/1‑140 (MQ=255) aTAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATAtattct < 2:8607/141‑1 (MQ=255) catcattatGTTTGGATTATCTTTATCTTATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTAtg < 2:48410/141‑1 (MQ=255) 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2:2810/1‑141 (MQ=255) tGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAATTTTGCATATGATCTATAAATATTTTCTTTGTG‑TGCTTTGTTCCCTTCTTGTTGCATACCTTCAGTTAATGTATTGATAttt > 1:514082/1‑141 (MQ=255) gTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATAtttt > 2:90156/1‑141 (MQ=255) cAGTTTCTGCTTGTTTCATTTTGATTTCTGCAGTACCGTATTTTCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTgg < 2:374719/141‑1 (MQ=255) tctcCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAaata < 1:90156/141‑1 (MQ=255) aTTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTCTGGAAATAATATTTttcttc > 1:195763/1‑141 (MQ=255) 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2:188135/141‑1 (MQ=255) aCCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCgt > 2:631345/1‑141 (MQ=255) cGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCgtgt > 1:16567/1‑141 (MQ=255) ggATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCgtgtt > 1:278805/1‑140 (MQ=255) ggATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTc < 1:111343/141‑1 (MQ=255) aTTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATTTAAATTACG‑TGTTTTTCATATAACTAGATAAATAACCTATATATCTAGATTGCTATTTTCATTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCtt > 2:657729/1‑141 (MQ=255) 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2:497153/1‑141 (MQ=255) tGCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCTTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGc > 1:588117/1‑141 (MQ=255) tGCAAAAGAGCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATCTACGACTTGTTGCAGACCATCCGTTAATAGAGTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGc < 1:317075/141‑1 (MQ=255) ggaTAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATATCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCg < 2:263114/139‑1 (MQ=255) gCATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCg > 2:114052/1‑141 (MQ=255) cATAAGATCTATAAATATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTAAGAATTGTTGAATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTACCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGt < 1:14492/141‑1 (MQ=255) 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1:24638/141‑1 (MQ=255) aaTATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACTACTTGTTGCATTCTATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGACTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAatatcatatga < 2:203931/141‑8 (MQ=255) aaTATTTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCatt > 2:538253/1‑141 (MQ=255) | AATAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATCTTCTTTATG‑TGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCATT > CP000730/39241‑39513 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |