| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 129,796 | G→C | 92.4% | intergenic (‑173/+212) | spa ← / ← sarH1 | immunoglobulin G binding protein A/staphylococcal accessory regulator H1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 129,796 | 0 | G | C | 92.4% | 164.1 / 6.4 | 55 | intergenic (‑173/+212) | spa/sarH1 | immunoglobulin G binding protein A/staphylococcal accessory regulator H1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base C (17/32); total (19/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTGTT > CP000730/129660‑129928 | tatTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATCAAATATAGACatat > 2:623762/1‑141 (MQ=255) atTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATAtt < 2:85801/141‑1 (MQ=255) atTTATAATTAAAATTAAAGGTAAGTTTCTCTACTTATAAAATAACCATTTCCCGAAAATATGTATTCACAAAAAAAAAGACTGAAAACCTCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATAtt < 2:58037/141‑1 (MQ=255) aaaTTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATg < 1:44741/141‑1 (MQ=255) 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2:166994/1‑141 (MQ=255) ttATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGtt > 1:506397/1‑141 (MQ=255) ataaaataaaTATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTaa > 2:525412/1‑141 (MQ=255) aaataaatATGTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAACCCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTaaaaa < 1:590494/141‑1 (MQ=255) aataaataTTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTATAATACATATGAGTTaaaaaa > 2:221659/1‑141 (MQ=255) ttGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACTCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAg < 2:435925/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAAt < 1:525412/141‑1 (MQ=255) aaTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAAt > 1:548932/1‑141 (MQ=255) aTCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTTTATTTTTAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATg > 2:653433/1‑141 (MQ=255) tCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATgg < 2:614669/141‑1 (MQ=255) tCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATAGTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATgg < 2:193788/141‑1 (MQ=255) tCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGa < 1:646347/141‑1 (MQ=255) tCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGa < 1:610468/141‑1 (MQ=255) taataaAAACAGATAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATatag < 1:438285/141‑1 (MQ=255) aaaaaCAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATATCGGAAATGGTTTTAAGTGATatagaaaa > 2:47376/1‑141 (MQ=255) aTAAAATATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgt > 1:396630/1‑141 (MQ=255) aaTATAGACATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAgttgtt > 1:132235/1‑141 (MQ=255) | TATTTATAATTAAATTTAAAGGTAAGTTTTACAACTTATAAAATAAATATTTTGCTGAAAGATTTATTCAGGAAGTAAAAGGCTTAAAACCGCAAAATCACGCTATTTCGATTAATAAAAACAGATAAAATATAGAGATATTTTTTATAATGAAAGCGGTTTAATACATATGAGTTAAAAAATATTTTTAAGAATAAAGTGGGGCTTTGAATGTGCTGAGGTTTAATTTCGGAAATGGTTTTAAGTGATATAGAAAATAGAAAGTTGTT > CP000730/129660‑129928 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |