| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 195,286 | T→A | 100% | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183 ← / → USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 195,286 | 0 | T | A | 96.9% | 146.0 / ‑3.2 | 48 | intergenic (‑97/‑82) | USA300HOU_0183/USA300HOU_0184 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (24/22); total (25/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAG > CP000730/195150‑195422 | tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAaaaa > 1:524733/1‑141 (MQ=255)tGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGAAAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGTAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTaaaa > 2:47666/1‑141 (MQ=255) gTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTaaaaaa > 1:475176/1‑141 (MQ=255) cTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCTCCCTATATATATGTTTATTTACTTATATCCTATCATGTTTTTTATAGTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAATAAAAatt > 1:38674/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCt > 1:409999/1‑141 (MQ=255) tACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑Tg < 1:374707/141‑1 (MQ=255) gACTGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAGAAGATTAAATTAATATCTTAATATCCT‑TGTaa < 1:159869/141‑1 (MQ=255) aTTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTCTTTCCTTATCACATTACGTGATTTTTATCCTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGa < 1:126358/141‑1 (MQ=255) tttATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAg > 2:195658/1‑141 (MQ=255) tttATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAg < 1:87544/141‑1 (MQ=255) gATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTAATACCCTAAAATGATTTTTATAATCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑AGTAATACGATAAGGATTGTAGTAat > 1:195555/1‑141 (MQ=255) cccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttt < 1:4693/141‑1 (MQ=255) ccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata > 1:26781/1‑136 (MQ=255) ccccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAGAATTATAGTAata < 2:26781/136‑1 (MQ=255) cccTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATAtttttt < 2:20319/141‑1 (MQ=255) aatatatGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAAcc < 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1:646474/141‑1 (MQ=255) aTCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACg < 2:360605/141‑1 (MQ=255) tCTAAATATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGa > 2:655486/1‑141 (MQ=255) aaTATTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATACGATCAGAATTATAGTAATATTTTTTCACCCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATTACATTATTTTTATTAGAAGCTAAGAATCTTGTTTTTGCATCAACGAaaga > 2:657895/1‑141 (MQ=255) atatTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAaagaa < 1:195658/141‑1 (MQ=255) tatTAAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACAATTGTTATAGGGGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTCATTTTGTATCCACGAaagaag > 1:91839/1‑141 (MQ=255) | TGTTTCTAGCTAAACTTGCTACGACAGATTCTTTATCCATAATGATAGCCCCCTATATATATGTTTATTTACTTATACCCTAACATGATTTTTATACTCTTTGAAAATATATTTTACAGAATTTTATCTAAATATTTAAAAAAATATCTTAATATCCT‑TGTAATCCGATAAGAATTATAGTAATATTTTTTCAACCATTGTTATAGGAGGTCTTATTAATGACATTATTTTTATTAGAAGCTAACAATCTTGATTTTGCATCAACGAAAGAAG > CP000730/195150‑195422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |