| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP000730 | 629,681 | C→A | 100% | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_0564 → | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 629,681 | 0 | C | A | 100.0% | 172.7 / NA | 56 | L84I (CTA→ATA) | USA300HOU_0564 | possible 3‑hexulose‑6‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (26/30); total (26/30) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTG > CP000730/629552‑629816 | ttACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCa < 2:603269/141‑1 (MQ=255) tACCAGCATTTAAACATATGGCAGACAACAGTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCag < 2:171958/141‑1 (MQ=255) tACCAGCAGTGAAACATATGGCAGCCAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCag < 1:221875/141‑1 (MQ=255) aCCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCaga < 2:600251/141‑1 (MQ=255) ccAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGAAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCagaa > 1:232383/1‑141 (MQ=255) ccAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGGAAAACTATTAGCAGGCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGCTGTAATTACAATAATAGGTGTTGCagaa > 2:101955/1‑141 (MQ=255) cagTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATg > 1:260615/1‑141 (MQ=255) gTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCa < 1:360295/141‑1 (MQ=255) tAAACATATGGCAGACAACATTAGAAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATc < 1:217448/141‑1 (MQ=255) aaaCATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGTGGTAATTACAATAATAGGAGTTGAAGAAGATGCATCa > 2:247686/1‑141 (MQ=255) acaacaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCACTTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAACAATAGGTGTTGCGGAAGATGCATCAATTAAagcaagat > 1:152195/1‑137 (MQ=255) acaaaaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGTAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTa < 1:99408/141‑1 (MQ=255) acaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTCGCCAAGAAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGAAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg > 2:624477/1‑141 (MQ=255) acaTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTg < 1:147544/141‑1 (MQ=255) caTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTga > 2:139576/1‑141 (MQ=255) aTTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTgaa > 1:666983/1‑141 (MQ=255) aaTGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCt < 1:279799/141‑1 (MQ=255) aaaGTAATAGCAGACATGAAAATTATAGACGCAGCCGATTCTGAAGTCAGCCAAGCGATTAAATGTGGCGCGGATGTAATTACAATAAGAGGCGTGGCAGAAGAGGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaa < 2:487546/141‑1 (MQ=255) aaGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATaaaa > 2:461048/1‑141 (MQ=255) ggaTTAGAAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGGTAGCAAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaat < 1:83693/139‑1 (MQ=255) atATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaat < 2:201858/140‑1 (MQ=255) ttAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAaataat > 1:62668/1‑141 (MQ=255) tagcttaCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAGGCTGCCACAATAAAAACAGCTATTAAAGAAGCTCATAAAaataaaa > 2:504603/7‑139 (MQ=255) gCAGACATGAAAATTAGAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATaaa < 1:149943/141‑1 (MQ=255) cAGACATGAAAATTATAGATGGAGATGGTTATGAAGTTAGCAAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCCTAAAAATAATAAAc < 2:308404/141‑1 (MQ=255) cAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAc > 2:582487/1‑141 (MQ=255) aaGACATAAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAc < 2:616579/140‑1 (MQ=255) aaGACAGGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGCAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGCTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAAc < 2:371256/140‑1 (MQ=255) aaCATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACaa < 1:335018/140‑1 (MQ=255) aaTTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGt > 2:371209/1‑141 (MQ=255) aactGCAACTGATTATGAAGTTAGCCAAGTAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATATGTGATGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGatat < 2:359807/138‑1 (MQ=255) cAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGCAGCTCATAAAAATAATAAACAATTAATAGTTGGAATGATTg > 1:631500/1‑141 (MQ=255) gCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCt > 1:42030/1‑141 (MQ=255) gCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGAGATGATTGCt > 1:265294/1‑141 (MQ=255) cTGATTAAGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTg < 2:542515/141‑1 (MQ=255) aTGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAg < 2:204395/141‑1 (MQ=255) aaGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGAtt > 1:209178/1‑141 (MQ=255) aaGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGACTGCTGTTCAAGAtt > 2:459168/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) ttAAATATGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGGTCATAAAAAAAATAAACAATTACTCGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaa < 2:608419/141‑1 (MQ=255) tAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa < 1:338478/141‑1 (MQ=255) tAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaa < 1:473329/141‑1 (MQ=255) aaaTTTGGCGCGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCaaaa < 2:424604/141‑1 (MQ=255) gcgcGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTaa > 2:68845/1‑140 (MQ=255) gcgcGGATGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAAATAg > 1:228386/1‑141 (MQ=255) cgcgGAAGTAATTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAAGTCAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTCATATGATTGCTGTACAAGAGTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGa > 2:337467/1‑141 (MQ=255) cgaggATGTAATTACAAGAATAGGTGTTGCAGAAGATGCAGCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATGACTAGTTGAGATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGa < 2:152195/138‑1 (MQ=255) aTGTAAGTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTATTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGaaa < 1:443944/141‑1 (MQ=255) aTTACAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGt > 1:281539/1‑141 (MQ=255) aTTACAAGAATAGGTGTTGCAGAAGACGCGTCAATTAAAGCAGCTGTCGAAGAAGCTAATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCGAGATTTAGAAAAACGTGCAACAGAACTAGATGAAATGGGt > 2:404257/1‑141 (MQ=255) cAATAATAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTg < 1:139576/141‑1 (MQ=255) aaataatAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTg < 2:55334/140‑1 (MQ=255) | TTACCAGCAGTTAAACATATGGCAGACAACATTAGTAATGTAAAAGTATTAGCAGACATGAAAATTATAGATGCAGCTGATTATGAAGTTAGCCAAGCAATTAAATTTGGCGCGGATGTAATTACAATACTAGGTGTTGCAGAAGATGCATCAATTAAAGCAGCTATTGAAGAAGCTCATAAAAATAATAAACAATTACTAGTTGATATGATTGCTGTTCAAGATTTAGAAAAACGTGCAAAAGAACTAGATGAAATGGGTGCTG > CP000730/629552‑629816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |