Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP000730 | 1,851,260 | C→A | 100% | A115S (GCG→TCG) | acsA1 ← | acetate‑‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP000730 | 1,851,260 | 0 | C | A | 93.1% | 98.4 / 3.3 | 44 | A115S (GCG→TCG) | acsA1 | acetate‑‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/3); new base A (21/20); total (21/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.37e-02 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TACTCGAGGTAACAATGCCTTATTAGTAATTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGCAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCGCTGCTTTATTAGATAACCGTTGCATATCTTTATAAGTATACGATT > CP000730/1851123‑1851388 | tACCCGAGGTAACAATGCCTTATTAGTAATTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGaaaa < 1:615012/141‑1 (MQ=255) aGGTAACAATGCCTTATTAGTAATTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAg < 1:87059/141‑1 (MQ=255) ggTAACAATGCCTTATTAGTAATTAATGCTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATACGCAACTGCCTTTTCCATAAATCCTTCAAATAACGGCCCAACAATTCCACCAATTTTTTAAACACCTAACAACGAaaaaatgagt > 2:86671/1‑135 (MQ=255) aaCAATGCCTTATTAGTAATTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCa < 1:600291/141‑1 (MQ=255) aaTGCCTTATTAGTAATTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGgt < 1:304716/141‑1 (MQ=255) aTGCCTTATTAGTAATTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGgtg < 1:381171/141‑1 (MQ=255) aTGCCTTATTAGTAACTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGCAAAATATAGTTCAGgtg < 1:253036/141‑1 (MQ=255) gCCTTATTAGTAATTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTa < 2:547503/141‑1 (MQ=255) cTTATTAGTAATTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTAcg < 1:244552/141‑1 (MQ=255) taGTAATTACCACTTTAGCTTCACGGTTCTCTAATCTACCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACa < 2:624964/141‑1 (MQ=255) aGTAATTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACat > 1:72392/1‑141 (MQ=255) aGTAATTAACACTTTAGCTTCACTGTTCGCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTTCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACAAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACat < 2:250037/141‑1 (MQ=255) aaTTTATACTTTTTCTTCACTCTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCACCACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATTGTTCATGAGTACGCCAAataaa > 2:56105/1‑141 (MQ=255) aaTTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTACAGCACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACataaa > 2:269363/1‑141 (MQ=255) tAACACTTTAGCTTCACTTTTCTCTAATCTATCCGCAACAGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGTCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGCAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACatatatat < 2:461893/141‑1 (MQ=255) tAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACataaatat < 1:161098/141‑1 (MQ=255) aGCTTCACTGTTCTCTACTCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATActct < 1:262797/141‑1 (MQ=255) gCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTGACAGAGTTTATTCAACAGAGGGGCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTg > 1:319514/1‑141 (MQ=255) ctctAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACCTAACTATAAAAACTCTGTCACCTTTGTc > 2:328929/1‑141 (MQ=255) tctAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATCACAGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCa > 1:456740/1‑141 (MQ=255) ctAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCaa > 1:386116/1‑141 (MQ=255) ctAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAAATGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCaa > 2:477315/1‑141 (MQ=255) tATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCAGCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGTTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTg < 2:366602/141‑1 (MQ=255) tATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTg > 2:38214/1‑141 (MQ=255) aTCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGc < 2:623333/141‑1 (MQ=255) tCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCCACCATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCa > 2:436139/1‑141 (MQ=255) cGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGGCACCTTTGTCAACTTCTGCATg > 2:219203/1‑141 (MQ=255) cAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACACTTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACCACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATGTAACTACTCTGTCACCTGTTTCCACTGCCGCATGtc > 2:77260/1‑140 (MQ=255) cAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGtt > 2:495671/1‑141 (MQ=255) ccTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCATTACCACCTTCTGCACGTACAGACa > 2:291777/1‑141 (MQ=255) ccATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAGCAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGCAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACAt < 2:460563/141‑1 (MQ=255) ccATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACAt > 2:379487/1‑141 (MQ=255) cATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACAtt > 1:336404/1‑141 (MQ=255) aaTGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACGCCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCgct > 2:470466/1‑141 (MQ=255) ttCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAAAACTCTCTCACCTTTGTCGACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCACTGCttt > 2:505478/1‑141 (MQ=255) ttCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGAAATAAATATAAAAACTATGTTACCTTTGTCAATTTCTGCAGGTACAGACAAAACATTCGCTGCttt > 2:433771/1‑141 (MQ=255) aaTAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATCAATACTCTGTCACCTTTGTCACCTTCTGCATGTTCAGACAAACAATTCGCTGCTttgtta > 2:508575/1‑141 (MQ=255) ccAACAATTGCACCAAGTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCGCTGCTTTATTAGATAACCGt < 2:575708/141‑1 (MQ=255) caaTTGCACCATTTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCGCTGCTTTATTAGATAACCGTTGCa < 2:524575/141‑1 (MQ=255) caaTTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCGCTGCTTTATTAGATAACCGTTGCa < 2:118601/141‑1 (MQ=255) caaTTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCGCTGCTTTATTAGATAACCGTTGCa < 2:454874/141‑1 (MQ=255) aaTTTTTAAAACACCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCGCTGCTTTATTAGATAACCGTTGCATATCTTtata < 1:328929/141‑1 (MQ=255) ttAAAACTCCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCAACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCGCTGCTTTATTAGATAACCGTTGCATATCTTTATAAGtat < 2:258540/141‑1 (MQ=255) ttAAAACACCTGACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCAACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCGCTGCTTTATTAGATAACCGTTGCATATCTTTATAAGtat < 2:258611/141‑1 (MQ=255) cacCTAACAACGAAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCGCTGCTTTATTAGATAACCGTTGCATATCTTTATAAGTAGACGAtt < 2:407589/141‑1 (MQ=255) | TACTCGAGGTAACAATGCCTTATTAGTAATTAACACTTTAGCTTCACTGTTCTCTAATCTATCCGCAACTGCCTTTTCCATAAATGCTTCAAATAACGGCCCAACAATTGCACCAATTTTTAAAACACCTAACAACGCAAAATATAGTTCAGGTGTACGCGACATAAATATAAATACTCTGTCACCTTTGTCAACTTCTGCATGTTCAGACAAAACATTCGCTGCTTTATTAGATAACCGTTGCATATCTTTATAAGTATACGATT > CP000730/1851123‑1851388 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |